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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3603 | |||||||||
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タイトル | KaiCB circadian clock backbone model based on a Cryo-EM density | |||||||||
マップデータ | Circadian Clock Complex KaiBC | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / negative regulation of phosphorylation / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of circadian rhythm / 概日リズム / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 ...regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / negative regulation of phosphorylation / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of circadian rhythm / 概日リズム / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Synechococcus elongatus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Schuller JM / Snijder J / Loessl P / Heck AJR / Foerster F | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Structures of the cyanobacterial circadian oscillator frozen in a fully assembled state. 著者: Joost Snijder / Jan M Schuller / Anika Wiegard / Philip Lössl / Nicolas Schmelling / Ilka M Axmann / Jürgen M Plitzko / Friedrich Förster / Albert J R Heck / 要旨: Cyanobacteria have a robust circadian oscillator, known as the Kai system. Reconstituted from the purified protein components KaiC, KaiB, and KaiA, it can tick autonomously in the presence of ...Cyanobacteria have a robust circadian oscillator, known as the Kai system. Reconstituted from the purified protein components KaiC, KaiB, and KaiA, it can tick autonomously in the presence of adenosine 5'-triphosphate (ATP). The KaiC hexamers enter a natural 24-hour reaction cycle of autophosphorylation and assembly with KaiB and KaiA in numerous diverse forms. We describe the preparation of stoichiometrically well-defined assemblies of KaiCB and KaiCBA, as monitored by native mass spectrometry, allowing for a structural characterization by single-particle cryo-electron microscopy and mass spectrometry. Our data reveal details of the interactions between the Kai proteins and provide a structural basis to understand periodic assembly of the protein oscillator. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3603.map.gz | 2.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3603-v30.xml emd-3603.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3603.png | 73.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3603 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3603 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3603.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Circadian Clock Complex KaiBC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : KaiCB circadian clock complex
全体 | 名称: KaiCB circadian clock complex |
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要素 |
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-超分子 #1: KaiCB circadian clock complex
超分子 | 名称: KaiCB circadian clock complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 15.2 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL In silico モデル: 3D Shape with the approximate demensions of the 2D Classes |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5137 |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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