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- EMDB-3603: KaiCB circadian clock backbone model based on a Cryo-EM density -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 3603
タイトルKaiCB circadian clock backbone model based on a Cryo-EM density
マップデータCircadian Clock Complex KaiBC
試料KaiCB circadian clock complex:
機能・相同性KaiB domain / Circadian clock protein kinase KaiC / Circadian clock KaiC, bacteria / KaiC-like domain / Circadian clock protein KaiB / KaiC domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Thioredoxin-like superfamily / Circadian clock protein KaiB-like / KaiC ...KaiB domain / Circadian clock protein kinase KaiC / Circadian clock KaiC, bacteria / KaiC-like domain / Circadian clock protein KaiB / KaiC domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Thioredoxin-like superfamily / Circadian clock protein KaiB-like / KaiC / KaiB domain / KaiC domain profile. / regulation of phosphorelay signal transduction system / entrainment of circadian clock / negative regulation of circadian rhythm / negative regulation of phosphorylation / regulation of circadian rhythm / rhythmic process / 概日リズム / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / regulation of transcription, DNA-templated / transcription, DNA-templated / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 / Circadian clock protein kinase KaiC / Circadian clock protein KaiB
機能・相同性情報
由来Synechococcus elongatus (藍藻)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 7Å分解能
データ登録者Schuller JM / Snijder J / Loessl P / Heck AJR / Foerster F
引用ジャーナル: Science / : 2017
タイトル: Structures of the cyanobacterial circadian oscillator frozen in a fully assembled state.
著者: Joost Snijder / Jan M Schuller / Anika Wiegard / Philip Lössl / Nicolas Schmelling / Ilka M Axmann / Jürgen M Plitzko / Friedrich Förster / Albert J R Heck
要旨: Cyanobacteria have a robust circadian oscillator, known as the Kai system. Reconstituted from the purified protein components KaiC, KaiB, and KaiA, it can tick autonomously in the presence of ...Cyanobacteria have a robust circadian oscillator, known as the Kai system. Reconstituted from the purified protein components KaiC, KaiB, and KaiA, it can tick autonomously in the presence of adenosine 5'-triphosphate (ATP). The KaiC hexamers enter a natural 24-hour reaction cycle of autophosphorylation and assembly with KaiB and KaiA in numerous diverse forms. We describe the preparation of stoichiometrically well-defined assemblies of KaiCB and KaiCBA, as monitored by native mass spectrometry, allowing for a structural characterization by single-particle cryo-electron microscopy and mass spectrometry. Our data reveal details of the interactions between the Kai proteins and provide a structural basis to understand periodic assembly of the protein oscillator.
日付登録: 2017年2月24日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年3月29日 / マップ公開: 2017年4月12日 / 最新の更新: 2017年7月12日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0095
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0095
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_3603.map.gz (map file in CCP4 format, 30119 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
196 pix
1.35 Å/pix.
= 264.6 Å
196 pix
1.35 Å/pix.
= 264.6 Å
196 pix
1.35 Å/pix.
= 264.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面のレベル:0.0095 (by author), 0.0095 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.024160026 - 0.037031062
平均 (標準偏差)0.0001429749 (0.001844588)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions196196196
Origin000
Limit195195195
Spacing196196196
セルA=B=C: 264.6 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z196196196
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.600264.600264.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS196196196
D min/max/mean-0.0240.0370.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 KaiCB circadian clock complex

全体名称: KaiCB circadian clock complex / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, KaiCB circadian clock complex

タンパク質名称: KaiCB circadian clock complex / 組換発現: No
由来生物種: Synechococcus elongatus (藍藻)
由来(合成)発現系: Synechococcus elongatus (藍藻)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 45 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラディテクター: GATAN K2 (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 5137
3次元再構成分解能: 7 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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