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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3596 | |||||||||
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タイトル | The structure of the ESX-5 mycobacterial type VII secretion system membrane complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 13.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Ciccarelli L / Marlovits TC | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017 タイトル: Structure of the mycobacterial ESX-5 type VII secretion system membrane complex by single-particle analysis. 著者: Katherine S H Beckham / Luciano Ciccarelli / Catalin M Bunduc / Haydyn D T Mertens / Roy Ummels / Wolfgang Lugmayr / Julia Mayr / Mandy Rettel / Mikhail M Savitski / Dmitri I Svergun / ...著者: Katherine S H Beckham / Luciano Ciccarelli / Catalin M Bunduc / Haydyn D T Mertens / Roy Ummels / Wolfgang Lugmayr / Julia Mayr / Mandy Rettel / Mikhail M Savitski / Dmitri I Svergun / Wilbert Bitter / Matthias Wilmanns / Thomas C Marlovits / Annabel H A Parret / Edith N G Houben / 要旨: Mycobacteria are characterized by their impermeable outer membrane, which is rich in mycolic acids. To transport substrates across this complex cell envelope, mycobacteria rely on type VII (also ...Mycobacteria are characterized by their impermeable outer membrane, which is rich in mycolic acids. To transport substrates across this complex cell envelope, mycobacteria rely on type VII (also known as ESX) secretion systems. In Mycobacterium tuberculosis, these ESX systems are essential for growth and full virulence and therefore represent an attractive target for anti-tuberculosis drugs. However, the molecular details underlying type VII secretion are largely unknown, due to a lack of structural information. Here, we report the molecular architecture of the ESX-5 membrane complex from Mycobacterium xenopi determined at 13 Å resolution by electron microscopy. The four core proteins of the ESX-5 complex (EccB, EccC, EccD and EccE) assemble with equimolar stoichiometry into an oligomeric assembly that displays six-fold symmetry. This membrane-associated complex seems to be embedded exclusively in the inner membrane, which indicates that additional components are required to translocate substrates across the mycobacterial outer membrane. Furthermore, the extended cytosolic domains of the EccC ATPase, which interact with secretion effectors, are highly flexible, suggesting an as yet unseen mode of substrate interaction. Comparison of our results with known structures of other bacterial secretion systems demonstrates that the architecture of type VII secretion system is fundamentally different, suggesting an alternative secretion mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3596.map.gz | 9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3596-v30.xml emd-3596.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3596.jpg emd_3596.png | 141.8 KB 85.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3596 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3596 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ESX-5 T7SS membrane complex
全体 | 名称: ESX-5 T7SS membrane complex |
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要素 |
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-超分子 #1: ESX-5 T7SS membrane complex
超分子 | 名称: ESX-5 T7SS membrane complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Solubilized in amphipol A8-35 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア) 株: RIVM700367 |
組換発現 | 生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 組換プラスミド: pMV |
分子量 | 理論値: 1.8 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris pH 8, 100 mM NaCl, 5 % (v/v) glycerol |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate 詳細: A drop of 2% (w/v) uranyl acetate was added to a carbon-coated grid with absorbed protein and blotted after 30 s. |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 44000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.4 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 65 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1418 詳細: A total of 1,418 particles were boxed out manually using e2boxer.py in the EMAN2 software package using a box size of 320 pixels. |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2) |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: The initial 3D model was obtained using the EMAN2 initial-model generation program e2initialmodel.py without applying symmetry. |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2) / 使用した粒子像数: 1418 |