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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 3594
タイトルRNA polymerase I initially transcribing complex with visible tandem Winged Helix domain
試料RNA polymerase I initially transcribing complex
由来Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /
マップデータ
手法単粒子再構成法, 6.9Å分解能
データ登録者Engel C / Gubbey T / Neyer S / Sainsbury S / Oberthuer C / Baejen C / Bernecky C / Cramer P
引用Cell, 2017, 169, 120-131.e22

Cell, 2017, 169, 120-131.e22 万見文献
Structural Basis of RNA Polymerase I Transcription Initiation.
Christoph Engel / Tobias Gubbey / Simon Neyer / Sarah Sainsbury / Christiane Oberthuer / Carlo Baejen / Carrie Bernecky / Patrick Cramer

構造検証レポートPDB-ID: 5n61

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年2月14日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年3月22日 / マップ公開: 2017年4月12日 / 最新の更新: 2017年9月13日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-5n61
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
3D viewer


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中心
拡大
スケール
断面手前 <=> 奥

固定: /
方向
方向 Rotation
その他 /
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添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_3594.map.gz (map file in CCP4 format, 143749 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
330 pix
1.13 Å/pix.
= 372.9 Å
330 pix
1.13 Å/pix.
= 372.9 Å
330 pix
1.13 Å/pix.
= 372.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度
表面のレベル:0.05 (by author), 0.05 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.050090574 - 0.13193528
平均 (標準偏差)0.0006353547 (0.008975409)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions330330330
Origin000
Limit329329329
Spacing330330330
セルA=B=C: 372.9 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.131.131.13
M x/y/z330330330
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z372.900372.900372.900
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS330330330
D min/max/mean-0.0500.1320.001

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 RNA polymerase I initially transcribing complex

全体名称: RNA polymerase I initially transcribing complex / 構成要素数: 5

+
構成要素 #1: タンパク質, RNA polymerase I initially transcribing complex

タンパク質名称: RNA polymerase I initially transcribing complex / 組換発現: No

+
構成要素 #2: タンパク質, RNA polymerase I

タンパク質名称: RNA polymerase I / 組換発現: No
分子量理論値: 590 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /

+
構成要素 #3: タンパク質, Initiation factor Rrn3

タンパク質名称: Initiation factor Rrn3 / 組換発現: No
分子量理論値: 70 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /
由来(合成)発現系: Escherichia coli / バクテリア / エシェリキア・コリ, 大腸菌 /

+
構成要素 #4: タンパク質, Core Factor

タンパク質名称: Core Factor / 組換発現: No
分子量理論値: 220 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /
由来(合成)発現系: Escherichia coli / バクテリア / エシェリキア・コリ, 大腸菌 /

+
構成要素 #5: タンパク質, Initial transcription DNA/RNA scaffold

タンパク質名称: Initial transcription DNA/RNA scaffold / 組換発現: No
分子量理論値: 60 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /
由来(合成)発現系: Synthetic construct / 人工物

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実験情報

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試料調製

試料の状態粒子
試料溶液pH: 7.8
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 60 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: FEI FALCON II (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 345000
3次元再構成分解能: 6.9 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

-
原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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