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万見
- EMDB-3594: RNA polymerase I initially transcribing complex with visible tand... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3594
タイトルRNA polymerase I initially transcribing complex with visible tandem Winged Helix domain
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA polymerase I initially transcribing complex
    • 複合体: RNA polymerase IRNAポリメラーゼI
    • 複合体: Initiation factor Rrn3
    • 複合体: Core Factor
    • 複合体: Initial transcription DNA/RNA scaffold
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core binding / rDNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation ...RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core binding / rDNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / regulation of cell size / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / TBP-class protein binding / promoter-specific chromatin binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / リボソーム生合成 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / Transcription initiation factor Rrn11 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn6 / Transcription initiation factor Rrn11, budding yeast / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6-like / : / : / : / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn11 ...RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / Transcription initiation factor Rrn11 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn6 / Transcription initiation factor Rrn11, budding yeast / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6-like / : / : / : / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn11 / Rrn6, beta-propeller / RRN6, K-rich C-terminal domain / Rrn6, helical bundle domain / Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger / RNA polymerase I transcription initiation factor TAF1B/Rrn7 / : / : / Zinc-finger of RNA-polymerase I-specific TFIIB, Rrn7 / Rrn7/TAF1B, N-terminal cyclin domain / Rrn7/TAF1B, C-terminal cyclin domain / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 ...DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Engel C / Gubbey T / Neyer S / Sainsbury S / Oberthuer C / Baejen C / Bernecky C / Cramer P
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
European Research Council693023 ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of RNA Polymerase I Transcription Initiation.
著者: Christoph Engel / Tobias Gubbey / Simon Neyer / Sarah Sainsbury / Christiane Oberthuer / Carlo Baejen / Carrie Bernecky / Patrick Cramer /
要旨: Transcription initiation at the ribosomal RNA promoter requires RNA polymerase (Pol) I and the initiation factors Rrn3 and core factor (CF). Here, we combine X-ray crystallography and cryo-electron ...Transcription initiation at the ribosomal RNA promoter requires RNA polymerase (Pol) I and the initiation factors Rrn3 and core factor (CF). Here, we combine X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to obtain a molecular model for basal Pol I initiation. The three-subunit CF binds upstream promoter DNA, docks to the Pol I-Rrn3 complex, and loads DNA into the expanded active center cleft of the polymerase. DNA unwinding between the Pol I protrusion and clamp domains enables cleft contraction, resulting in an active Pol I conformation and RNA synthesis. Comparison with the Pol II system suggests that promoter specificity relies on a distinct "bendability" and "meltability" of the promoter sequence that enables contacts between initiation factors, DNA, and polymerase.
履歴
登録2017年2月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年3月22日-
マップ公開2017年4月12日-
更新2020年1月22日-
現状2020年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5n61
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3594.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3594.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.050090574 - 0.13193528
平均 (標準偏差)0.0006353547 (±0.008975409)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 372.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.131.131.13
M x/y/z330330330
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z372.900372.900372.900
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS330330330
D min/max/mean-0.0500.1320.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase I initially transcribing complex

全体名称: RNA polymerase I initially transcribing complex
要素
  • 複合体: RNA polymerase I initially transcribing complex
    • 複合体: RNA polymerase IRNAポリメラーゼI
    • 複合体: Initiation factor Rrn3
    • 複合体: Core Factor
    • 複合体: Initial transcription DNA/RNA scaffold

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超分子 #1: RNA polymerase I initially transcribing complex

超分子名称: RNA polymerase I initially transcribing complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21

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超分子 #2: RNA polymerase I

超分子名称: RNA polymerase I / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 590 KDa

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超分子 #3: Initiation factor Rrn3

超分子名称: Initiation factor Rrn3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #15
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 70 KDa

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超分子 #4: Core Factor

超分子名称: Core Factor / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #16-#18
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 220 KDa

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超分子 #5: Initial transcription DNA/RNA scaffold

超分子名称: Initial transcription DNA/RNA scaffold / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #19-#21
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 60 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 345000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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