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エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 3594
タイトルRNA polymerase I initially transcribing complex with visible tandem Winged Helix domain
マップデータ
試料RNA polymerase I initially transcribing complex:
RNA polymerase I / Initiation factor Rrn3 / Core Factor / Initial transcription DNA/RNA scaffold
機能・相同性Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 ...Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase I transcription initiation factor TAF1B/Rrn7 / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Transcription initiation factor Rrn11, budding yeast / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase RPB5 subunit, eukaryote/virus / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn6 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6-like / RNA polymerase subunit RPB10 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / Archaeal RpoH /eukaryotic RPB5 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Zinc finger TFIIS-type signature. / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I-specific transcription-initiation factor / Zinc-finger of RNA-polymerase I-specific TFIIB, Rrn7 / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / A49-like RNA polymerase I associated factor / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerases beta chain signature. / Zinc finger TFIIS-type profile. / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase Rpb6 / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase I specific initiation factor / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / Zinc finger, TFIIS-type / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit N/Rpb10 / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase, Rpb8 / Formation of the Early Elongation Complex / RNA polymerase Rpb7, N-terminal / Transcription initiation factor Rrn11 / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type
機能・相同性情報
由来Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 6.9Å分解能
データ登録者Engel C / Gubbey T / Neyer S / Sainsbury S / Oberthuer C / Baejen C / Bernecky C / Cramer P
引用ジャーナル: Cell / : 2017
タイトル: Structural Basis of RNA Polymerase I Transcription Initiation.
著者: Christoph Engel / Tobias Gubbey / Simon Neyer / Sarah Sainsbury / Christiane Oberthuer / Carlo Baejen / Carrie Bernecky / Patrick Cramer
要旨: Transcription initiation at the ribosomal RNA promoter requires RNA polymerase (Pol) I and the initiation factors Rrn3 and core factor (CF). Here, we combine X-ray crystallography and cryo-electron ...Transcription initiation at the ribosomal RNA promoter requires RNA polymerase (Pol) I and the initiation factors Rrn3 and core factor (CF). Here, we combine X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to obtain a molecular model for basal Pol I initiation. The three-subunit CF binds upstream promoter DNA, docks to the Pol I-Rrn3 complex, and loads DNA into the expanded active center cleft of the polymerase. DNA unwinding between the Pol I protrusion and clamp domains enables cleft contraction, resulting in an active Pol I conformation and RNA synthesis. Comparison with the Pol II system suggests that promoter specificity relies on a distinct "bendability" and "meltability" of the promoter sequence that enables contacts between initiation factors, DNA, and polymerase.
構造検証レポートPDB-ID: 5n61

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年2月14日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年3月22日 / マップ公開: 2017年4月12日 / 最新の更新: 2017年9月13日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.05
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  • 原子モデル: : PDB-5n61
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_3594.map.gz (map file in CCP4 format, 143749 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
330 pix
1.13 Å/pix.
= 372.9 Å
330 pix
1.13 Å/pix.
= 372.9 Å
330 pix
1.13 Å/pix.
= 372.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度
表面のレベル:0.05 (by author), 0.05 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.050090574 - 0.13193528
平均 (標準偏差)0.0006353547 (0.008975409)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions330330330
Origin000
Limit329329329
Spacing330330330
セルA=B=C: 372.9 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.131.131.13
M x/y/z330330330
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z372.900372.900372.900
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS330330330
D min/max/mean-0.0500.1320.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 RNA polymerase I initially transcribing complex

全体名称: RNA polymerase I initially transcribing complex / 構成要素数: 5

+
構成要素 #1: タンパク質, RNA polymerase I initially transcribing complex

タンパク質名称: RNA polymerase I initially transcribing complex / 組換発現: No

+
構成要素 #2: タンパク質, RNA polymerase I

タンパク質名称: RNA polymerase I / 組換発現: No
分子量理論値: 590 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
構成要素 #3: タンパク質, Initiation factor Rrn3

タンパク質名称: Initiation factor Rrn3 / 組換発現: No
分子量理論値: 70 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #4: タンパク質, Core Factor

タンパク質名称: Core Factor / 組換発現: No
分子量理論値: 220 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #5: タンパク質, Initial transcription DNA/RNA scaffold

タンパク質名称: Initial transcription DNA/RNA scaffold / 組換発現: No
分子量理論値: 60 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(合成)発現系: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.8
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 60 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: FEI FALCON II (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 345000
3次元再構成分解能: 6.9 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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