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- EMDB-3583: Cryo-EM structure of a Separase-Securin complex from Caenorhabdit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3583
タイトルCryo-EM structure of a Separase-Securin complex from Caenorhabditis elegans at 3.8 A resolution
マップデータMap of the C. elegans Separase-Securin complex. Manual B-factor sharpening of 140 applied.
試料
  • 複合体: Caenorhabditis elegans Separase-Securin complex
    • タンパク質・ペプチド: SEParaseセパラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Interactor of FizzY protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Separation of Sister Chromatids / separase-securin complex / eggshell formation / 紡錘体 / regulation of nematode larval development / セパラーゼ / cortical granule exocytosis / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic chromosome separation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion ...Separation of Sister Chromatids / separase-securin complex / eggshell formation / 紡錘体 / regulation of nematode larval development / セパラーゼ / cortical granule exocytosis / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic chromosome separation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / polarity specification of anterior/posterior axis / polar body extrusion after meiotic divisions / cortical granule / regulation of centriole-centriole cohesion / mitotic sister chromatid separation / regulation of exocytosis / multicellular organismal reproductive process / 紡錘体 / regulation of locomotion / centrosome localization / 分裂溝 / centrosome duplication / mitotic cytokinesis / condensed chromosome / condensed nuclear chromosome / spindle microtubule / protein localization / spindle / 紡錘体 / protein processing / 核膜 / 染色体 / 細胞皮質 / midbody / protease binding / protein stabilization / cysteine-type endopeptidase activity / 中心体 / ubiquitin protein ligase binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptidase family C50 / Peptidase C50, separase / SEPARIN core domain / SEPARIN core domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Separin homolog sep-1 / Securin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Boland A / Martin TG / Zhang Z / Yang J / Bai XC / Chang L / Scheres SHW / Barford D
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structure of a metazoan separase-securin complex at near-atomic resolution.
著者: Andreas Boland / Thomas G Martin / Ziguo Zhang / Jing Yang / Xiao-Chen Bai / Leifu Chang / Sjors H W Scheres / David Barford /
要旨: Separase is a caspase-family protease that initiates chromatid segregation by cleaving the kleisin subunits (Scc1 and Rec8) of cohesin, and regulates centrosome duplication and mitotic spindle ...Separase is a caspase-family protease that initiates chromatid segregation by cleaving the kleisin subunits (Scc1 and Rec8) of cohesin, and regulates centrosome duplication and mitotic spindle function through cleavage of kendrin and Slk19. To understand the mechanisms of securin regulation of separase, we used single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine a near-atomic-resolution structure of the Caenorhabditis elegans separase-securin complex. Separase adopts a triangular-shaped bilobal architecture comprising an N-terminal tetratricopeptide repeat (TPR)-like α-solenoid domain docked onto the conserved C-terminal protease domain. Securin engages separase in an extended antiparallel conformation, interacting with both lobes. It inhibits separase by interacting with the catalytic site through a pseudosubstrate mechanism, thus revealing that in the inhibited separase-securin complex, the catalytic site adopts a conformation compatible with substrate binding. Securin is protected from cleavage because an aliphatic side chain at the P1 position represses protease activity by disrupting the organization of catalytic site residues.
履歴
登録2017年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月15日-
マップ公開2017年3月8日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5mz6
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3583.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3583.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the C. elegans Separase-Securin complex. Manual B-factor sharpening of 140 applied.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.43 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.29977334 - 0.39163244
平均 (標準偏差)0.00042302595 (±0.009249026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 257.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.431.431.43
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z257.400257.400257.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.3000.3920.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Caenorhabditis elegans Separase-Securin complex

全体名称: Caenorhabditis elegans Separase-Securin complex
要素
  • 複合体: Caenorhabditis elegans Separase-Securin complex
    • タンパク質・ペプチド: SEParaseセパラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Interactor of FizzY protein

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超分子 #1: Caenorhabditis elegans Separase-Securin complex

超分子名称: Caenorhabditis elegans Separase-Securin complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: C. elegans Separase-Securin complex at 3.8 Angstrom resolution refined with Relion.
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 170 KDa

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分子 #1: SEParase

分子名称: SEParase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 144.315984 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKITNKSVDK QHIEKLDELR KNVSCTVIGF AEQTAELQQE ISELFIAEFG VNGPIDMNSL SKLARITSYY ASSEYFQGLA KYQRTACKM FITWQTLRKE AMECRSKDRE IFASIPAKLC FFYFYNGELC RAVVCLLDYI DLSDDTLAKE AALRWLMFLG E TELIEKKL ...文字列:
MKITNKSVDK QHIEKLDELR KNVSCTVIGF AEQTAELQQE ISELFIAEFG VNGPIDMNSL SKLARITSYY ASSEYFQGLA KYQRTACKM FITWQTLRKE AMECRSKDRE IFASIPAKLC FFYFYNGELC RAVVCLLDYI DLSDDTLAKE AALRWLMFLG E TELIEKKL KTWKMDKSSK DMFSATEFAM NYLKKSEYRV EMLEKLMKLR DKVKSDPTRS FSRYELASYV SWLCSTLSNV PV GSALREC EFPDRVSHIQ EAALKSDSLV RNRIPGLASS QFDNSVNASI WPFLDGHQED SNYYVHIGST IAWHFEMRRE CAL VNVTTA QTRDSMSAMI LNLRVALKSA SFFRVLQTTN TLAYYSSIIE EAGSEKNAKL MRVSCVNLLS SNPIIVRCST PKET GATSR AHTPMAGSSV SEKQNTMRPD LADLLGDLEL LDEQSFHPIT RSCVCNVCTI YPLHSSFAAE YMMSYAIHSD FSQLS IKHF NDEFARIRER GMSSQVLMHR DSSVRPRPNI IQNEIFGMCV IRWLTKKLDS KESADEDTME IFNNALKIVR YLQQRT TDM ILAVTQLGRQ LEFPMECNYS WMRPTIRKPR VKATIDCAVD ILRAVSPFGR RPKVEKLEKN LQPFDKERFE KVRLAMR NE MNHYGHILYR EWRCRLFAYV GRTSRDPWEA AYAWAESTQI GARNAVQSRL EKCKRGLVTM SGHDRFKTCV QSMPDEMT L VQIAMADDKT IYLVKLHADR DPIIMPLAHY SQAVELMDKF TFLLDEDEMI AKYPGDITPE EFWKRRKIVD GRMMTFVDE VQKHFLGVAA SLLMPSGQLG PKAAELAIKI HKLSKGGLLL GEAKEMVYQS KLMDAKSWEA LILRFCEMRT TDEKFKSFLP LMHRNSVEV MNQDDSIVTE KKYTYLVICP HLSQFCWERL PIFDEYPYVG RQVSIHSTFS QLEAMKSQEK QIPLQIDVQN A YYILDPDN NLGETQKRMV EYINKFNWEG TVGSAPKSNE ISAALSQRDA FFFIGHGSGS SVMPRSVLKQ STCNAISLLM GC GSVRTIP QALGFDGKTA ILDYAMAKCP LIVGCLWTVT DGEIDRFLIR MIDDCFEDSK SLTGIDKLRQ LSEAMHEARS KAR LKYLTG AAVVMYGLPV VAKQTTPFVE KDQRNLPQTP KTSARTSMRM ETVPKTPKQE FVTSKSVPMT PIFSNNENKS PSRA RMPSR VLKTPRQVKT FQEEDDEAPK RSTTRQLKPL VAPPIPATPT TRTTRSSART PSRSRNL

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分子 #2: Interactor of FizzY protein

分子名称: Interactor of FizzY protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 27.027646 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEDLNFEERG STQIPASLQQ HFSAKLGRQN ELEKTPSRGG LGLVVNSSKT PGGKSLQSLA SACKVPPSTK KNTIPIAFEC YEDETDDQI ADVATIKKTE KHPCSPIDTA NRCETFDSLA ADIEDDMLNL EDQDVVLSED RPYGDVIDPA ESEAEALAEL G VEEWDSYP ...文字列:
MEDLNFEERG STQIPASLQQ HFSAKLGRQN ELEKTPSRGG LGLVVNSSKT PGGKSLQSLA SACKVPPSTK KNTIPIAFEC YEDETDDQI ADVATIKKTE KHPCSPIDTA NRCETFDSLA ADIEDDMLNL EDQDVVLSED RPYGDVIDPA ESEAEALAEL G VEEWDSYP PIDPASRIGD DFNYVLRTED FAEEGDVKLE ETRHRTVIAD IDEVKMSKAE RNELFSMLAD DLDSYDLLAE EA NLPL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Glow discharging was performed before applying graphene oxide solution onto the grid. Grid was washed three times, dried and sample was applied. For detailed information see: https://figshare. ...詳細: Glow discharging was performed before applying graphene oxide solution onto the grid. Grid was washed three times, dried and sample was applied. For detailed information see: https://figshare.com/articles/Graphene_Oxide_Grid_Preparation/3178669
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 詳細: Custom Manual Plunger.
詳細Monodisperse sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: -20 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均露光時間: 0.8 sec. / 平均電子線量: 1.25 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Initial model was created using SIMPLE PRIME
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 103696

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-5mz6:
Cryo-EM structure of a Separase-Securin complex from Caenorhabditis elegans at 3.8 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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