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- EMDB-3532: Cryo-EM reconstruction of the small subunit of the chloroplast ri... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3532
タイトルCryo-EM reconstruction of the small subunit of the chloroplast ribosome
マップデータCryo-EM reconstruction of the 30S small subunit of the chloroplast ribosome
試料
  • 複合体: Chloroplast 70S ribosome
    • タンパク質・ペプチド: x 26種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / primary metabolic process / mitochondrial small ribosomal subunit / 色素体 / 葉緑体 / ribosomal small subunit binding / 葉緑体 / ribosomal small subunit biogenesis ...plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / primary metabolic process / mitochondrial small ribosomal subunit / 色素体 / 葉緑体 / ribosomal small subunit binding / 葉緑体 / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / ミトコンドリア / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA ...Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS13c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c ...Small ribosomal subunit protein uS13c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Small ribosomal subunit protein uS2c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Small ribosomal subunit protein uS8c / Small ribosomal subunit protein uS4c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein bS16c / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS13c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein cS22 / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Small ribosomal subunit protein cS23 / Small ribosomal subunit protein uS15c / Small ribosomal subunit protein bS18c / Small ribosomal subunit protein uS5c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / Spinach (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Bieri P / Leibundgut M / Saurer M / Boehringer D / Ban N
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2017
タイトル: The complete structure of the chloroplast 70S ribosome in complex with translation factor pY.
著者: Philipp Bieri / Marc Leibundgut / Martin Saurer / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: Chloroplasts are cellular organelles of plants and algae that are responsible for energy conversion and carbon fixation by the photosynthetic reaction. As a consequence of their endosymbiotic origin, ...Chloroplasts are cellular organelles of plants and algae that are responsible for energy conversion and carbon fixation by the photosynthetic reaction. As a consequence of their endosymbiotic origin, they still contain their own genome and the machinery for protein biosynthesis. Here, we present the atomic structure of the chloroplast 70S ribosome prepared from spinach leaves and resolved by cryo-EM at 3.4 Å resolution. The complete structure reveals the features of the 4.5S rRNA, which probably evolved by the fragmentation of the 23S rRNA, and all five plastid-specific ribosomal proteins. These proteins, required for proper assembly and function of the chloroplast translation machinery, bind and stabilize rRNA including regions that only exist in the chloroplast ribosome. Furthermore, the structure reveals plastid-specific extensions of ribosomal proteins that extensively remodel the mRNA entry and exit site on the small subunit as well as the polypeptide tunnel exit and the putative binding site of the signal recognition particle on the large subunit. The translation factor pY, involved in light- and temperature-dependent control of protein synthesis, is bound to the mRNA channel of the small subunit and interacts with 16S rRNA nucleotides at the A-site and P-site, where it protects the decoding centre and inhibits translation by preventing tRNA binding. The small subunit is locked by pY in a non-rotated state, in which the intersubunit bridges to the large subunit are stabilized.
履歴
登録2016年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月11日-
マップ公開2017年1月11日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-5mmj
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3532.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3532.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the 30S small subunit of the chloroplast ribosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.10384296 - 0.34530732
平均 (標準偏差)0.0009308014 (±0.010387902)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 444.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z444.800444.800444.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1040.3450.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chloroplast 70S ribosome

全体名称: Chloroplast 70S ribosome
要素
  • 複合体: Chloroplast 70S ribosome
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein bS1c
    • RNA: 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein bS6c
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uS9c
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uS10c
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uS13c
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uS17c
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein bS20c
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein bS21c
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein 2, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein 3, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S31, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Chloroplast 70S ribosome

超分子名称: Chloroplast 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#27
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 組織: leaf / Organelle: chloroplast
分子量理論値: 2.4 MDa

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分子 #1: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.748201 KDa
配列文字列:
MVLTLSNQFL AKIPATPKTL TLPKTSSSTL RPQWSCRKSD IHPEFREDAK VYCNGELVMT TGGTQKDYTV EVWSGNHPFY LGNRSALLL DADQVEKFRK KYGELTQIME IPVLKGEIIL PPKKKSKAKK K

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分子 #2: plastid ribosomal protein bS1c

分子名称: plastid ribosomal protein bS1c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Residues were built as poly-alanine and deposited as UNK.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.826253 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #4: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 26.736141 KDa
配列文字列: MTRRYWNINL EEMMEAGVHF GHGTRKWNPR MSPYISAKCK GIHIINLTRT ARFLSEACDL VFDASSRGKQ FLIVGTKNKA ADSVARAAI RARCHYVNKK WLGGMLTNWS TTETRLHKFR DLRMEQTAGR LARLPKRDAA VVKRQLSHLQ TYLGGIKYMT G LPDIVIIV ...文字列:
MTRRYWNINL EEMMEAGVHF GHGTRKWNPR MSPYISAKCK GIHIINLTRT ARFLSEACDL VFDASSRGKQ FLIVGTKNKA ADSVARAAI RARCHYVNKK WLGGMLTNWS TTETRLHKFR DLRMEQTAGR LARLPKRDAA VVKRQLSHLQ TYLGGIKYMT G LPDIVIIV DQQEEYTALR ECITLGIPTI CLIDTNCNPD LADISIPAND DAIASIRLIL TKLVFAICEG RSSYIRNP

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.965156 KDa
配列文字列: MGQKINPLGF RLGTTQSHYS LWFSQPKNYA EGLQEDQKIR DCIKNYVQKN TKTSSGVEGI ARIEIQKRID LIQVIIHMGF PKLLIENRP QGVEDLKINV QKELNCVNRK LNIAITRIAK PYGDPNILAE FIAGQLKSRV SFRKAMKKAI ELTEQADTKG I QIQIAGRI ...文字列:
MGQKINPLGF RLGTTQSHYS LWFSQPKNYA EGLQEDQKIR DCIKNYVQKN TKTSSGVEGI ARIEIQKRID LIQVIIHMGF PKLLIENRP QGVEDLKINV QKELNCVNRK LNIAITRIAK PYGDPNILAE FIAGQLKSRV SFRKAMKKAI ELTEQADTKG I QIQIAGRI DGKEIARIEW IREGRVPLQT IRAKIDYCAY TVRTIYGVLG IKIWIFMGEE

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 23.454531 KDa
配列文字列: MSRYRGPRFK KIRRLGALPG LTNKRPRAGS DLRNQSRSGK RSQYRIRLEE KQKLRFHYGI TERQLLKYVR IARKAKGSTG QVLLQLLEM RLDNILFRLG MAPTIPGARQ LVNHRHILVN GRIVDIPSYR CKPQDTIMAR DEQKSIALIQ NSLDLSPREE L PKHLTLNP ...文字列:
MSRYRGPRFK KIRRLGALPG LTNKRPRAGS DLRNQSRSGK RSQYRIRLEE KQKLRFHYGI TERQLLKYVR IARKAKGSTG QVLLQLLEM RLDNILFRLG MAPTIPGARQ LVNHRHILVN GRIVDIPSYR CKPQDTIMAR DEQKSIALIQ NSLDLSPREE L PKHLTLNP FPYKGLVNQI IDSKWVGLKI NELLVVEYYS RQT

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7
詳細: Residues 122-150 were built as poly-alanine and deposited as UNK.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 33.626363 KDa
配列文字列: MATTATTTPS ATSLTTLHRR IPLFPTTTTL LSLSSSSKPL FLSLSSTRSF PTHLYCIKKD DIDITFFEQD NPDEEITFDP PEKPEGYIP PRAVDEPPFE SEEEIALAYE ELYGAAYSGE SLLGNDVYAM DSKIKKATGF GSKSKKEKIR DGFEENVVQV R RVTKVVKG ...文字列:
MATTATTTPS ATSLTTLHRR IPLFPTTTTL LSLSSSSKPL FLSLSSTRSF PTHLYCIKKD DIDITFFEQD NPDEEITFDP PEKPEGYIP PRAVDEPPFE SEEEIALAYE ELYGAAYSGE SLLGNDVYAM DSKIKKATGF GSKSKKEKIR DGFEENVVQV R RVTKVVKG GKHMRFRAIV VVGDKKGQVG VGVGKAKEVV SAVQKAAVDA RRNIITVPMT KYLTFPHRNE ADYGAARVML RP AAPGTGV IAGGAVRTVL EMAGVENALG KQLGSNNALN NARATIVAVQ TMRQFSDVAR DRGIPMEELW K

+
分子 #8: plastid ribosomal protein bS6c

分子名称: plastid ribosomal protein bS6c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 23.510664 KDa
配列文字列: MATFSLTSTL PSSSPTTSLH SIPKPKLKPS TINFTHNLNP FNPNLKPSRH HYLSNYGPYV KAIALDFSGS FFEGGFGGLD EDPPSTPPA GLAVEEKPEP QCPPGLRQYE TMAVLRPDMT EDERLTLTQK YEELLVAGGA MYVEVFNRGV IPLAYSIKRK N KAGETNNY ...文字列:
MATFSLTSTL PSSSPTTSLH SIPKPKLKPS TINFTHNLNP FNPNLKPSRH HYLSNYGPYV KAIALDFSGS FFEGGFGGLD EDPPSTPPA GLAVEEKPEP QCPPGLRQYE TMAVLRPDMT EDERLTLTQK YEELLVAGGA MYVEVFNRGV IPLAYSIKRK N KAGETNNY LDGIYLLFTY FTKPESISPL EAALVTDDDV IRSSSFKIRK RKY

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分子 #9: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.378309 KDa
配列文字列:
MSRRGTVEEK TAKSDPIYRN RLVNMLVNRI LKHGKKSLAY QILYRAVKKI QQKTETNPLS VLRQAIRGVT PDIAVKARRV GGSTHQVPI EIGSTQGKAL AIRWLLGAAR KRPGRNMAFK LSSELVDAAK GSGDAVRKKE ETHRMAEANR AFAHFR

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.527256 KDa
配列文字列:
MGKDTIADII TCIRNADMNR KGTVRIVSTN ITENIVKILL REGFIENARK HQERNKYFLV LTLRHRRNKK GPYLNTFHLK RVSRPGLRI YSNYQRIPRI LGGMGIAILS TSRGIMTDRE ARLEGIGGEI LCYIW

+
分子 #11: plastid ribosomal protein uS9c

分子名称: plastid ribosomal protein uS9c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 22.415057 KDa
配列文字列: MAVSISSLTS SFASLSFTSN LTPKPQTLPM ARTKPFSLSN PAVVKPLVIT ATSATAPVEV AETADLEKFV KSRLPGGFAA QTVIGTGRR KCAIARVVLQ EGTGKFIINY RDAKEYLQGN PLWLQYVKTP LATLGYETNY DVFVKAHGGG LSGQAQAISL G VARALLKV ...文字列:
MAVSISSLTS SFASLSFTSN LTPKPQTLPM ARTKPFSLSN PAVVKPLVIT ATSATAPVEV AETADLEKFV KSRLPGGFAA QTVIGTGRR KCAIARVVLQ EGTGKFIINY RDAKEYLQGN PLWLQYVKTP LATLGYETNY DVFVKAHGGG LSGQAQAISL G VARALLKV SASHRAPLKQ EGLLTRDSRI VERKKPGLKK ARKAPQFSKR

+
分子 #12: plastid ribosomal protein uS10c

分子名称: plastid ribosomal protein uS10c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 21.440539 KDa
配列文字列: MATSSISAAL LSPLTLRNAS SSSTKQDFST LSSLNLRRTL TPTLQSGHTL SNSSNFATFA APGALEVLET SPDSFEDGSE TSKISIAAD SDQMAPKQKI RIKLRSYWVP LIEDSCKQIM DAARTTNAKI MGPVPLPTKK RIYCVLKSPH VHKDARFHFE I RTHQRLID ...文字列:
MATSSISAAL LSPLTLRNAS SSSTKQDFST LSSLNLRRTL TPTLQSGHTL SNSSNFATFA APGALEVLET SPDSFEDGSE TSKISIAAD SDQMAPKQKI RIKLRSYWVP LIEDSCKQIM DAARTTNAKI MGPVPLPTKK RIYCVLKSPH VHKDARFHFE I RTHQRLID ILYPTAQTID SLMQLDLPAG VDVEVKL

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分子 #13: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.927551 KDa
配列文字列:
MAKPIPKIGS RRNGRISSRK SARKIPKGVI HVQASFNNTI VTVTDVRGRV VSWASAGTCG FRGTKRGTPF AAQTAAGNAI RTVVEQGMQ RAEVMIKGPG LGRDAALRAI RRSGILLSFV RDVTPMPHNG CRPPKKRRV

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.794261 KDa
配列文字列:
MPTIKQLIRN TRQPIRNVTK SPALRGCPQR RGTCTRVYTI TPKKPNSALR KVARVRLTSG FEITAYIPGI GHNLQEHSVV LVRGGRVKD LPGVRYHIVR GTLDAVGVKD RQQGRSKYGV KKPK

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分子 #15: plastid ribosomal protein uS13c

分子名称: plastid ribosomal protein uS13c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 19.310641 KDa
配列文字列:
MAHTLATPVA PSVSLICNTK LSVSLSSSSL AFRPVNPKNG GGLSIKCVRV GNVEIPNNKR VEYSLQYIHG IGRSRARQIL CDLTLENKL TKELSEDELL QVRDEVTKYM IEGDLRRFNA IAIRRLKEIQ CYRGVRHIQG LPCRGQRTKN NCRTLKRGKR V QIAGKKKP PGPK

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分子 #16: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 11.809832 KDa
配列文字列:
MARKSLIQRE KKRRNLEQKY HLIRRSSKQE IRKVTSLSDK WEIHGKLQSP PRNSAPARLH RRCFLTGRPR ANIRDFGLSG HILREMVHT CLLPGATRSS W

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.778763 KDa
配列文字列:
MKKNSFISVI SDEKKEENKG SVEFQVFCFT NKIRRLTLHL ELHKKDYSSQ RGLRKTLGKR QRLLAYLLKI NGVRYKELIS KLNIRELKT R

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.454237 KDa
配列文字列:
MVKLRLKRCG RKQRAVYRIV AIDVRSRREG RDLQKVGFYD PIKSQTYLNV PAILDFLEKG AQPTETVYDI LKRAEVFKEF RLNQTKFN

+
分子 #19: plastid ribosomal protein uS17c

分子名称: plastid ribosomal protein uS17c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 18.151936 KDa
配列文字列:
MSLSFSLLKP PLSSSNPNPF LHGTTTKLSL LPSFSALSLS SSPPSSSTTY TFPVIKAMRS MQGKVICATN DKTVNVEVVR LAPHPKYKR RVRKKKKYQA HDPDNQFKVG DWVQLDKCRP ISKTKTFLAV APEGRQSSAT RPKPIQAASD ELGIPLESQV E GDKTV

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.079137 KDa
配列文字列:
MDKSKRPFIK SKRSFRRRLP PIQSGDRIDY RNMSLISRFI SEQGKILSRR VNRLTLKQQR LITSAIKQAR ILSLLPFLNN EKQFERTES TTRTANFRTK NK

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.6325 KDa
配列文字列:
MTRSLKKNPF VANHLLRKIE KLNKKAEKEI IVTWSRASTI IPTMIGHTIA IHNGREHLPI YITDRMVGHK LGEFAPTLNF RGHAKNDNK SRR

+
分子 #22: plastid ribosomal protein bS20c

分子名称: plastid ribosomal protein bS20c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 20.147291 KDa
配列文字列:
MAAISMACVS SQCLSISSKL HNLSFSSTQF PNSSLKPLTF SANLSQPLFS QGCSSLGSFQ RRGFSVVCEV ATLKKADSAA KRTRQAETR RLRNKARKSE VKTRMRKVFE ALDALKKKSG ASTEELVPID NLIAEAYSAI DKAVVKGTLH RNTAARRKSR L ARNKKVVE IHHGWYTPSL APTNV

+
分子 #23: plastid ribosomal protein bS21c

分子名称: plastid ribosomal protein bS21c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 20.61615 KDa
配列文字列:
MASTSSLLNF LSPLFPSNTS LPPSSNPKFP NPNSLSSQQN SISISSKKHE NAAIAKKEEY PGDLMAVVCP SLAFSNTLYF RSAYNVQVL VDDNENEERL LNRFRREVMR AGVIQECKRR RYFENKQEEK KRKHREAAKR NSRRRRGPFR GPFPGKEEAT K VDKKEDDG DNWDMPEGGA PF

+
分子 #24: 30S ribosomal protein 2, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein 2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 28.327863 KDa
配列文字列: MATISSILPC HGLLQHCSSS SSSSKPKFSS QNLVQLQSFS NGFGLKLKTR VSTNPPLLKV RAVVTEETSS SSTASSSSDG EGARRLYVG NIPRNLNNDE LRTIVEEHGA IEIAEVMYDK YSGRSRRFGF VTMKTVEDAN AVIEKLNDTE IGGRKIKVNI T EKPLEGMD ...文字列:
MATISSILPC HGLLQHCSSS SSSSKPKFSS QNLVQLQSFS NGFGLKLKTR VSTNPPLLKV RAVVTEETSS SSTASSSSDG EGARRLYVG NIPRNLNNDE LRTIVEEHGA IEIAEVMYDK YSGRSRRFGF VTMKTVEDAN AVIEKLNDTE IGGRKIKVNI T EKPLEGMD IATTQAEDSQ FVESPYKVYI GNLAKTVTNE LLKDFFSEKG KVLGAKVQRT PGTSKSNGFG FVSFSSEEEV EA AIQALNN SVLEGQKIRV NKA

+
分子 #25: 30S ribosomal protein 3, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein 3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 20.31275 KDa
配列文字列:
MLSMAVQPNI NAIAKPSIYQ SPKLSLKPFK TPAFANPKPF FSSPSFSQLK KKNNWSLFVA PETISDVAIM GNEVDIDDDL LVNKEKLKV LVKPMDKPRL VLKFIWMEKN IGLALDQTIP GHGTVPLSPY YFWPRKDAWE ELKVLLENKP WISQKQMIIL L NQATDIIN LWQQSGGNLA S

+
分子 #26: 30S ribosomal protein S31, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S31, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.602076 KDa
配列文字列:
MASLLLGTPS MACHSVSFSF SHSQSVAGVS LSSPPTLSLS SSVSTSPALP LIYCGRGDRK TAKGKRFNHS FGNARPKNKN KGRGPPKAP IFPKGDPSQK ED

+
分子 #27: Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic

分子名称: Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 33.799266 KDa
配列文字列: MATLCTSAIN MNPNLTNSLS NSINLSSTPT NLSSLRSTFT NSCSLGLNVA VKSVQISRNK PNVVCMSWDG PLSSVKLILQ GRNLEVSDN VRSHVEDKVG KSVAKHSHLV REVDVRLSAR GGDLSKGPKL RRCEVTLFTK RHGVIRAEED AESLYSSIDL V SSIIQRKL ...文字列:
MATLCTSAIN MNPNLTNSLS NSINLSSTPT NLSSLRSTFT NSCSLGLNVA VKSVQISRNK PNVVCMSWDG PLSSVKLILQ GRNLEVSDN VRSHVEDKVG KSVAKHSHLV REVDVRLSAR GGDLSKGPKL RRCEVTLFTK RHGVIRAEED AESLYSSIDL V SSIIQRKL RKIKDKVSDH GRHMKGFNRS KVRDPEPVRI TREEVLEEVE SAPAPVSVED DDFIEEVVRT KYFDMPPLTI TE AVEQLEN VDHDFYAFRN EETGDINILY KRKEGGYGLI IPKDGKTEKL ESLPVQTDKQ PSFAE

+
分子 #3: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 483.4665 KDa
配列文字列: UCUCAUGGAG AGUUCGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCAUGCUU AACACAUGCA AGUCGGACGG GAAGUGGUGU UUCCAGUGG CGGACGGGUG AGUAACGCGU AAGAACCUGC CCUUGGGAGG GGAACAACAG CUGGAAACGG CUGCUAAUAC C CCGUAGGC ...文字列:
UCUCAUGGAG AGUUCGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCAUGCUU AACACAUGCA AGUCGGACGG GAAGUGGUGU UUCCAGUGG CGGACGGGUG AGUAACGCGU AAGAACCUGC CCUUGGGAGG GGAACAACAG CUGGAAACGG CUGCUAAUAC C CCGUAGGC UGAGAAGCAA AAGGAGGAAU CCGCCCGAGG AGGGGCUCGC GUCUGAUUAG CUAGUUGGUG AGGUAAUAGC UU ACCAAGG CGAUGAUCAG UAGCUGGUCC GAGAGGAUGA UCAGCCACAC UGGGACUGAG ACACGGCCCA GACUCCUACG GGA GGCAGC AGUGGGGAAU UUUCCGCAAU GGGCGAAAGC CUGACGGAGC AAUGCCGCGU GGAGGCAGAA GGCCCACGGG UCGU GAACU UCUUUUCCCG GAGAAGAAGC AAUGACGGUA UCCGGGGAAU AAGCAUCGGC UAACUCUGUG CCAGCAGCCG CGGUA AGAC AGAGGAUGCA AGCGUUAUCC GGAAUGAUUG GGCGUAAAGC GUCUGUAGGU GGCUUUUUAA GUCCGCCGUC AAAUCC CAG GGCUCAACCC UGGACAGGCG GUGGAAACUA CCAAGCUGGA GUACGGUAGG GGCAGAGGGA AUUUCCGGUG GAGCGGU GA AAUGCGUAGA GAUCGGAAAG AACACCAACG GCGAAAGCAC UCUGCUGGGC CGACACUGAC ACUGAGAGAC GAAAGCUA G GGGAGCGAAU GGGAUUAGAU ACCCCAGUAG UCCUAGCCGU AAACGAUGGA UACUAGGCGC UGUGCGUAUC GACCCGUGC AGUGUUGUAG CUAACGCGUU AAGUAUCCCG CCUGGGGAGU ACGUUCGCAA GAAUGAAACU CAAAGGAAUU GACGGGGGCC CGCACAAGC GGUGGAGCAU GUGGUUUAAU UCGAUGCAAA GCGAAGAACC UUACCAGGGC UUGACAUGCC GCGAAUCCUC U UGAAAGAG AGGGGUGCCU UCGGGAACGC GGACACAGGU GGUGCAUGGC UGUCGUCAGC UCGUGCCGUA AGGUGUUGGG UU AAGUCCC GCAACGAGCG CAACCCUCGU GUUUAGUUGC CAACGUUGAG UUUGGAACCC UGAACAGACU GCCGGUGAUA AGC CGGAGG AAGGUGAGGA UGACGUCAAG UCAUCAUGCC CCUUAUGCCC UGGGCGACAC ACGUGCUACA AUGGCCGGGA CAAA GGGUC GCGAUCCCGC GAGGGUGAGC UAACCCCAAA AACCCGUCCU CAGUUCGGAU UGCAGGCUGC AACUCGCCUG CAUGA AGCC GGAAUCGCUA GUAAUCGCCG GUCAGCCAUA CGGCGGUGAA UUCGUUCCCG GGCCUUGUAC ACACCGCCCG UCACAC UAU GGGAGCUGGC CAUGCCCGAA GUCGUUACCU UAACCGCAAG GAGGGGGAUG CCGAAGGCAG GGCUAGUGAC UGGAGUG AA GUCGUAACAA GGUAGCCGUA CUGGAAGGUG CGGCUGGAUC ACCUCCUUU

+
分子 #28: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 185 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタンTris hydrochloride
25.0 mMKClPotassium chloride
25.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium acetate
2.0 mMDTTDithiothreitolジチオトレイトール
0.05 mMSpermineスペルミン
2.0 mMSpermidineスペルミジン
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-8 / 実像数: 2796 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 326094
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFIND (ver. 3)CTF estimation
RELION (ver. 1.4)Amplitude correction
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2847

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 127031
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 111.6
得られたモデル

PDB-5mmj:
Structure of the small subunit of the chloroplast ribosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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