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万見
- EMDB-3506: cryoEM structure of bacterial holo-translocon -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3506
タイトルcryoEM structure of bacterial holo-translocon
マップデータmap of cross-linked HTL
試料
  • 複合体: bacterial holo-translocon (HTL)
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecY
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecE
    • タンパク質・ペプチド: Protein-export membrane protein SecG
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecD
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecF
    • タンパク質・ペプチド: Membrane protein insertase YidC生体膜
機能・相同性
機能・相同性情報


protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein insertion into membrane / protein transmembrane transporter activity ...protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein insertion into membrane / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / intracellular protein transport / protein transport / フォールディング / protein-containing complex assembly / membrane => GO:0016020 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
SecD export protein N-terminal TM domain / SecD export protein N-terminal TM region / Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / Protein export membrane protein / SecD/SecF GG Motif / Membrane insertase YidC, N-terminal ...SecD export protein N-terminal TM domain / SecD export protein N-terminal TM region / Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / Protein export membrane protein / SecD/SecF GG Motif / Membrane insertase YidC, N-terminal / YidC, periplasmic domain superfamily / YidC periplasmic domain / : / Membrane insertase YidC / Preprotein translocase SecG subunit / Preprotein translocase SecG subunit / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecD / Protein translocase subunit SecF / Protein translocase subunit SecE / Protein-export membrane protein SecG / Protein translocase subunit SecY / Membrane protein insertase YidC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Schaffitzel C / Botte M / Karuppasamy M / Papai G / Schultz P
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: A central cavity within the holo-translocon suggests a mechanism for membrane protein insertion.
著者: Mathieu Botte / Nathan R Zaccai / Jelger Lycklama À Nijeholt / Remy Martin / Kèvin Knoops / Gabor Papai / Juan Zou / Aurélien Deniaud / Manikandan Karuppasamy / Qiyang Jiang / Abhishek ...著者: Mathieu Botte / Nathan R Zaccai / Jelger Lycklama À Nijeholt / Remy Martin / Kèvin Knoops / Gabor Papai / Juan Zou / Aurélien Deniaud / Manikandan Karuppasamy / Qiyang Jiang / Abhishek Singha Roy / Klaus Schulten / Patrick Schultz / Juri Rappsilber / Giuseppe Zaccai / Imre Berger / Ian Collinson / Christiane Schaffitzel /
要旨: The conserved SecYEG protein-conducting channel and the accessory proteins SecDF-YajC and YidC constitute the bacterial holo-translocon (HTL), capable of protein-secretion and membrane-protein ...The conserved SecYEG protein-conducting channel and the accessory proteins SecDF-YajC and YidC constitute the bacterial holo-translocon (HTL), capable of protein-secretion and membrane-protein insertion. By employing an integrative approach combining small-angle neutron scattering (SANS), low-resolution electron microscopy and biophysical analyses we determined the arrangement of the proteins and lipids within the super-complex. The results guided the placement of X-ray structures of individual HTL components and allowed the proposal of a model of the functional translocon. Their arrangement around a central lipid-containing pool conveys an unexpected, but compelling mechanism for membrane-protein insertion. The periplasmic domains of YidC and SecD are poised at the protein-channel exit-site of SecY, presumably to aid the emergence of translocating polypeptides. The SecY lateral gate for membrane-insertion is adjacent to the membrane 'insertase' YidC. Absolute-scale SANS employing a novel contrast-match-point analysis revealed a dynamic complex adopting open and compact configurations around an adaptable central lipid-filled chamber, wherein polytopic membrane-proteins could fold, sheltered from aggregation and proteolysis.
履歴
登録2016年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月28日-
マップ公開2016年12月28日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 8.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5mg3
  • 表面レベル: 8.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3506.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3506.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of cross-linked HTL
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 8.5 / ムービー #1: 8.5
最小 - 最大-63.992626000000001 - 153.928089999999997
平均 (標準偏差)1.7283827 (±15.463875)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 190.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z190.400190.400190.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-63.993153.9281.728

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : bacterial holo-translocon (HTL)

全体名称: bacterial holo-translocon (HTL)
要素
  • 複合体: bacterial holo-translocon (HTL)
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecY
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecE
    • タンパク質・ペプチド: Protein-export membrane protein SecG
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecD
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecF
    • タンパク質・ペプチド: Membrane protein insertase YidC生体膜

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超分子 #1: bacterial holo-translocon (HTL)

超分子名称: bacterial holo-translocon (HTL) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Membrane Protein Complex consisting of SecYEG-SecDFYajC-YidC
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: PACEMBL_HTL3
分子量実験値: 250 KDa

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分子 #1: Protein translocase subunit SecY

分子名称: Protein translocase subunit SecY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 50.410523 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VWNCERITIS HRKQTMAKQP GLDFQSAKGG LGELKRRLLF VIGALIVFRI GSFIPIPGID AAVLAKLLEQ QRGTIIEMFN MFSGGALSR ASIFALGIMP YISASIIIQL LTVVHPTLAE IKKEGESGRR KISQYTRYGT LVLAIFQSIG IATGLPNMPG M QGLVINPG ...文字列:
VWNCERITIS HRKQTMAKQP GLDFQSAKGG LGELKRRLLF VIGALIVFRI GSFIPIPGID AAVLAKLLEQ QRGTIIEMFN MFSGGALSR ASIFALGIMP YISASIIIQL LTVVHPTLAE IKKEGESGRR KISQYTRYGT LVLAIFQSIG IATGLPNMPG M QGLVINPG FAFYFTAVVS LVTGTMFLMW LGEQITERGI GNGISIIIFA GIVAGLPPAI AHTIEQARQG DLHFLVLLLV AV LVFAVTF FVVFVERGQR RIVVNYAKRQ QGRRVYAAQS THLPLKVNMA GVIPAIFASS IILFPATIAS WFGGGTGWNW LTT ISLYLQ PGQPLYVLLY ASAIIFFCFF YTALVFNPRE TADNLKKSGA FVPGIRPGEQ TAKYIDKVMT RLTLVGALYI TFIC LIPEF MRDAMKVPFY FGGTSLLIVV VVIMDFMAQV QTLMMSSQYE SALKKANLKG YGR

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分子 #2: Protein translocase subunit SecE

分子名称: Protein translocase subunit SecE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.248021 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MHHHHHHDDD DKAMGANTEA QGSGRGLEAM KWVVVVALLL VAIVGNYLYR DIMLPLRALA VVILIAAAGG VALLTTKGKA TVAFAREAR TEVRKVIWPT RQETLHTTLI VAAVTAVMSL ILWGLDGILV RLVSFITGLR F

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分子 #3: Protein-export membrane protein SecG

分子名称: Protein-export membrane protein SecG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 14.326448 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VGTGWYSGSP GILYHWPEVL RIQELIMYEA LLVVFLIVAI GLVGLIMLQQ GKGADMGASF GAGASATLFG SSGSGNFMTR MTALLATLF FIISLVLGNI NSNKTNKGSE WENLSAPAKT EQTQPAAPAK PTSDIPN

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分子 #4: Protein translocase subunit SecD

分子名称: Protein translocase subunit SecD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 67.687984 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHMLN RYPLWKYVML IVVIVIGLLY ALPNLFGEDP AVQITGARGV AASEQTLIQV QKTLQEEKIT AKSVALEEGA ILARFDSTD TQLRAREALM GVMGDKYVVA LNLAPATPRW LAAIHAEPMK LGLDLRGGVH FLMEVDMDTV LGKLQEQNID S LRSDLREK ...文字列:
MHHHHHHMLN RYPLWKYVML IVVIVIGLLY ALPNLFGEDP AVQITGARGV AASEQTLIQV QKTLQEEKIT AKSVALEEGA ILARFDSTD TQLRAREALM GVMGDKYVVA LNLAPATPRW LAAIHAEPMK LGLDLRGGVH FLMEVDMDTV LGKLQEQNID S LRSDLREK GIPYTTVRKE NNYGLSITFR DAKARDEAIA YLSKRHPDLV ISSQGSNQLR AVMSDARLSE AREYAVQQNI NI LRNRVNQ LGVAEPVVQR QGADRIVVEL PGIQDTARAK EILGATATLE FRLVNTNVDQ AAAASGRVPG DSEVKQTREG QPV VLYKRV ILTGDHITDS TSSQDEYNQP QVNISLDSAG GNIMSNFTKD NIGKPMATLF VEYKDSGKKD ANGRAVLVKQ EEVI NIANI QSRLGNSFRI TGINNPNEAR QLSLLLRAGA LIAPIQIVEE RTIGPTLGMQ NIEQGLEACL AGLLVSILFM IIFYK KFGL IATSALIANL ILIVGIMSLL PGATLSMPGI AGIVLTLAVA VDANVLINER IKEELSNGRT VQQAIDEGYR GAFSSI FDA NITTLIKVII LYAVGTGAIK GFAITTGIGV ATSMFTAIVG TRAIVNLLYG GKRVKKLSI

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分子 #5: Protein translocase subunit SecF

分子名称: Protein translocase subunit SecF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 35.41325 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAQEYTVEQL NHGRKVYDFM RWDYWAFGIS GLLLIAAIVI MGVRGFNWGL DFTGGTVIEI TLEKPAEIDV MRDALQKAGF EEPMLQNFG SSHDIMVRMP PAEGETGGQV LGSQVLKVIN ESTNQNAAVK RIEFVGPSVG ADLAQTGAMA LMAALLSILV Y VGFRFEWR ...文字列:
MAQEYTVEQL NHGRKVYDFM RWDYWAFGIS GLLLIAAIVI MGVRGFNWGL DFTGGTVIEI TLEKPAEIDV MRDALQKAGF EEPMLQNFG SSHDIMVRMP PAEGETGGQV LGSQVLKVIN ESTNQNAAVK RIEFVGPSVG ADLAQTGAMA LMAALLSILV Y VGFRFEWR LAAGVVIALA HDVIITLGIL SLFHIEIDLT IVASLMSVIG YSLNDSIVVS DRIRENFRKI RRGTPYEIFN VS LTQTLHR TLITSGTTLM VILMLYLFGG PVLEGFSLTM LIGVSIGTAS SIYVASALAL KLGMKREHML QQKVEKEGAD QPS ILP

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分子 #6: Membrane protein insertase YidC

分子名称: Membrane protein insertase YidC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 62.658582 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDPSSRDSQR NLLVIALLFV SFMIWQAWEQ DKNPQPQAQQ TTQTTTTAAG SAADQGVPAS GQGKLISVKT DVLDLTINTR GGDVEQALL PAYPKELNST QPFQLLETSP QFIYQAQSGL TGRDGPDNPA NGPRPLYNVE KDAYVLAEGQ NELQVPMTYT D AAGNTFTK ...文字列:
MDPSSRDSQR NLLVIALLFV SFMIWQAWEQ DKNPQPQAQQ TTQTTTTAAG SAADQGVPAS GQGKLISVKT DVLDLTINTR GGDVEQALL PAYPKELNST QPFQLLETSP QFIYQAQSGL TGRDGPDNPA NGPRPLYNVE KDAYVLAEGQ NELQVPMTYT D AAGNTFTK TFVLKRGDYA VNVNYNVQNA GEKPLEISSF GQLKQSITLP PHLDTGSSNF ALHTFRGAAY STPDAAYAAY AF DTIADNE NLNISSKGGW VAMLQQYFAT AWIPHNDGTN NFYTANLGNG IAAIGYKSQP VLVQPGQTGA MNSTLWVGPE IQD KMAAVA PHLDLTVDYG WLWFISQPLF KLLKWIHSFV GNWGFSIIII TFIVRGIMYP LTKAQYTSMA KMRMLQPKIQ AMRE RLGDD KQRISQEMMA LYKAEKVNPL GGCFPLLIQM PIFLALYYML MGSVELRQAP FALWIHDLSA QDPYYILPIL MGVTM FFIQ KMSPTTVTDP MQQKIMTFMP VIFTVFFLWF PSGLVLYYIV SNLVTIIQQQ LIYRGLEKRG LHSREKKKSH HHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 5 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
平均電子線量: 10.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 84732
CTF補正ソフトウェア - 名称: Bsoft
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPIDER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPIDER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 53648
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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