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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3439 | |||||||||
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タイトル | RNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 A resolution | |||||||||
マップデータ | S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3 | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / transciption | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase I core binding / rDNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter ...RNA polymerase I core binding / rDNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / regulation of cell size / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / promoter-specific chromatin binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / リボソーム生合成 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Engel C / Plitzko J / Cramer P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: RNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 Å resolution. 著者: Christoph Engel / Jürgen Plitzko / Patrick Cramer / 要旨: Transcription of ribosomal DNA by RNA polymerase I (Pol I) requires the initiation factor Rrn3. Here we report the cryo-EM structure of the Pol I-Rrn3 complex at 4.8 Å resolution. The structure ...Transcription of ribosomal DNA by RNA polymerase I (Pol I) requires the initiation factor Rrn3. Here we report the cryo-EM structure of the Pol I-Rrn3 complex at 4.8 Å resolution. The structure reveals how Rrn3 binding converts an inactive Pol I dimer into an initiation-competent monomeric complex and provides insights into the mechanisms of Pol I-specific initiation and regulation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3439.map.gz | 48.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3439-v30.xml emd-3439.xml | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 3439-EMDB-thumbnail.png | 1.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3439 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3439 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3
全体 | 名称: S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3 |
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要素 |
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-超分子 #1000: S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3
超分子 | 名称: S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3 タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomeric / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 663 KDa / 理論値: 663 KDa / 手法: Size exclusion chromatography |
-分子 #1: RNA polymerase I
分子 | 名称: RNA polymerase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Pol I / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 別称: Bakers yeast / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 590 KDa / 理論値: 590 KDa |
配列 | GO: RNA polymerase I complex |
-分子 #2: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
分子 | 名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Rrn3 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 別称: Bakers yeast / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 73 KDa / 理論値: 73 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)RIL / 組換プラスミド: pET28 |
配列 | UniProtKB: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 InterPro: RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 詳細: 150mM NaCl, 5mM Hepes, 1mM MgCl2, 0.01 mM ZnCl2, 5 mM DTT |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: no staining |
グリッド | 詳細: R2/1 holey carbon grids (Quantifoil) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: 4.5 microliters of sample was applied to glow-discharged Quantifoil R 2/1 holey carbon grids, which were then blotted for 8.5s and plunge-frozen in liquid ethane |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 37000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
アライメント法 | Legacy - Electron beam tilt params: 0 |
日付 | 2015年3月27日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1174 / 平均電子線量: 40 e/Å2 詳細: Movies with 33 frames were collected over 9.9 seconds |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 63445 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I / Chain - #9 - Chain ID: J / Chain - #10 - Chain ID: K / Chain - #11 - Chain ID: L / Chain - #12 - Chain ID: M / Chain - #13 - Chain ID: N |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, COOT |
詳細 | Initial placement was performed in Chimera. Domains as specified in the PDB file were fitted as rigid bodies an hinges regularized in COOT. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 165 |
得られたモデル | PDB-5g5l: |