[日本語] English
- EMDB-3438: Three-dimensional reconstruction of W1118 strain Rosellinia necat... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3438
タイトルThree-dimensional reconstruction of W1118 strain Rosellinia necatrix quadrivirus 1
マップデータReconstruction of Rosellinia necatrix quadrivirus 1 strain W1075
試料
  • 試料: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 empty particles W1118 strain
  • ウイルス: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 (ウイルス)
キーワードdsRNA virus / quadrivirus / 3DR / fungal virus
生物種Rosellinia necatrix quadrivirus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.1 Å
データ登録者Luque D / Mata CP / Gonzalez-Camacho F / Gonzalez JM / Gomez-Blanco J / Alfonso C / Rivas G / Havens WM / Kanematsu S / Suzuki N ...Luque D / Mata CP / Gonzalez-Camacho F / Gonzalez JM / Gomez-Blanco J / Alfonso C / Rivas G / Havens WM / Kanematsu S / Suzuki N / Ghabrial SA / Trus BL / Caston JR
引用ジャーナル: J Virol / : 2016
タイトル: Heterodimers as the Structural Unit of the T=1 Capsid of the Fungal Double-Stranded RNA Rosellinia necatrix Quadrivirus 1.
著者: Daniel Luque / Carlos P Mata / Fernando González-Camacho / José M González / Josué Gómez-Blanco / Carlos Alfonso / Germán Rivas / Wendy M Havens / Satoko Kanematsu / Nobuhiro Suzuki / ...著者: Daniel Luque / Carlos P Mata / Fernando González-Camacho / José M González / Josué Gómez-Blanco / Carlos Alfonso / Germán Rivas / Wendy M Havens / Satoko Kanematsu / Nobuhiro Suzuki / Said A Ghabrial / Benes L Trus / José R Castón /
要旨: Most double-stranded RNA (dsRNA) viruses are transcribed and replicated in a specialized icosahedral capsid with a T=1 lattice consisting of 60 asymmetric capsid protein (CP) dimers. These capsids ...Most double-stranded RNA (dsRNA) viruses are transcribed and replicated in a specialized icosahedral capsid with a T=1 lattice consisting of 60 asymmetric capsid protein (CP) dimers. These capsids help to organize the viral genome and replicative complex(es). They also act as molecular sieves that isolate the virus genome from host defense mechanisms and allow the passage of nucleotides and viral transcripts. Rosellinia necatrix quadrivirus 1 (RnQV1), the type species of the family Quadriviridae, is a dsRNA fungal virus with a multipartite genome consisting of four monocistronic segments (segments 1 to 4). dsRNA-2 and dsRNA-4 encode two CPs (P2 and P4, respectively), which coassemble into ∼450-Å-diameter capsids. We used three-dimensional cryo-electron microscopy combined with complementary biophysical techniques to determine the structures of RnQV1 virion strains W1075 and W1118. RnQV1 has a quadripartite genome, and the capsid is based on a single-shelled T=1 lattice built of P2-P4 dimers. Whereas the RnQV1-W1118 capsid is built of full-length CP, P2 and P4 of RnQV1-W1075 are cleaved into several polypeptides, maintaining the capsid structural organization. RnQV1 heterodimers have a quaternary organization similar to that of homodimers of reoviruses and other dsRNA mycoviruses. The RnQV1 capsid is the first T=1 capsid with a heterodimer as an asymmetric unit reported to date and follows the architectural principle for dsRNA viruses that a 120-subunit capsid is a conserved assembly that supports dsRNA replication and organization.
IMPORTANCE: Given their importance to health, members of the family Reoviridae are the basis of most structural and functional studies and provide much of our knowledge of dsRNA viruses. Analysis of ...IMPORTANCE: Given their importance to health, members of the family Reoviridae are the basis of most structural and functional studies and provide much of our knowledge of dsRNA viruses. Analysis of bacterial, protozoal, and fungal dsRNA viruses has improved our understanding of their structure, function, and evolution, as well. Here, we studied a dsRNA virus that infects the fungus Rosellinia necatrix, an ascomycete that is pathogenic to a wide range of plants. Using three-dimensional cryo-electron microscopy and analytical ultracentrifugation analysis, we determined the structure and stoichiometry of Rosellinia necatrix quadrivirus 1 (RnQV1). The RnQV1 capsid is a T=1 capsid with 60 heterodimers as the asymmetric units. The large amount of genetic information used by RnQV1 to construct a simple T=1 capsid is probably related to the numerous virus-host and virus-virus interactions that it must face in its life cycle, which lacks an extracellular phase.
履歴
登録2016年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年8月10日-
マップ公開2017年8月2日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Rosellinia necatrix quadrivirus 1 strain W1075
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-0.91213852 - 1.70096147
平均 (標準偏差)0.01264894 (±0.23093329)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ232232232
Spacing232232232
セルA=B=C: 589.27997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z232232232
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z589.280589.280589.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS232232232
D min/max/mean-0.9121.7010.013

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Rosellinia necatrix quadrivirus 1 empty particles W1118 strain

全体名称: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 empty particles W1118 strain
要素
  • 試料: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 empty particles W1118 strain
  • ウイルス: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 (ウイルス)

-
超分子 #1000: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 empty particles W1118 strain

超分子名称: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 empty particles W1118 strain
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1
分子量実験値: 15.9 MDa / 理論値: 15.6 MDa / 手法: Sedimentation

-
超分子 #1: Rosellinia necatrix quadrivirus 1

超分子名称: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: RnQV1 / NCBI-ID: 1000373 / 生物種: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 / Sci species strain: W1118 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: RnQV1
宿主生物種: Rosellinia necatrix (シロモンパビョウキン)
: W1118 / 別称: FUNGI
分子量実験値: 15.9 MDa / 理論値: 15.6 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 470 Å / T番号(三角分割数): 1

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.8, 5 mM EDTA, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were applied to grids, blotted and plunged into liquid ethane
グリッド詳細: R 2/2 Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
日付2014年2月18日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 324 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping & amplitude decay
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 23926

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る