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- EMDB-3407: Refinement of atomic models in high resolution EM reconstructions... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3407
タイトルRefinement of atomic models in high resolution EM reconstructions using Flex-EM and local assessment
マップデータUnsharpened C7 reconstruction of GroEL
試料
  • 試料: GroEL
  • タンパク質・ペプチド: GroEL
キーワードCryo-EM (低温電子顕微鏡法) / Refinement of atomic models / assessment
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / フォールディング / response to heat ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / フォールディング / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Joseph AP / Malhotra S / Burnley T / Wood C / Clare DK / Winn M / Topf M
引用ジャーナル: Methods / 年: 2016
タイトル: Refinement of atomic models in high resolution EM reconstructions using Flex-EM and local assessment.
著者: Agnel Praveen Joseph / Sony Malhotra / Tom Burnley / Chris Wood / Daniel K Clare / Martyn Winn / Maya Topf /
要旨: As the resolutions of Three Dimensional Electron Microscopic reconstructions of biological macromolecules are being improved, there is a need for better fitting and refinement methods at high ...As the resolutions of Three Dimensional Electron Microscopic reconstructions of biological macromolecules are being improved, there is a need for better fitting and refinement methods at high resolutions and robust approaches for model assessment. Flex-EM/MODELLER has been used for flexible fitting of atomic models in intermediate-to-low resolution density maps of different biological systems. Here, we demonstrate the suitability of the method to successfully refine structures at higher resolutions (2.5-4.5Å) using both simulated and experimental data, including a newly processed map of Apo-GroEL. A hierarchical refinement protocol was adopted where the rigid body definitions are relaxed and atom displacement steps are reduced progressively at successive stages of refinement. For the assessment of local fit, we used the SMOC (segment-based Manders' overlap coefficient) score, while the model quality was checked using the Qmean score. Comparison of SMOC profiles at different stages of refinement helped in detecting regions that are poorly fitted. We also show how initial model errors can have significant impact on the goodness-of-fit. Finally, we discuss the implementation of Flex-EM in the CCP-EM software suite.
履歴
登録2016年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月18日-
マップ公開2016年6月15日-
更新2016年6月22日-
現状2016年6月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3407imag...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened C7 reconstruction of GroEL
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.00854237 - 0.03263891
平均 (標準偏差)0.00035463 (±0.0021649)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin142142142
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 316.49997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0551.0551.055
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.500316.500316.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS142142142
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0090.0330.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GroEL

全体名称: GroEL
要素
  • 試料: GroEL
  • タンパク質・ペプチド: GroEL

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超分子 #1000: GroEL

超分子名称: GroEL / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: tetradecamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 56 KDa / 理論値: 56 KDa

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分子 #1: GroEL

分子名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: 60 kDa Chaperonin / 集合状態: tetradecamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa
配列UniProtKB: Chaperonin GroEL / GO: GroEL-GroES complex / InterPro: Chaperonin Cpn60/GroEL

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 50 mM KCl and 10 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 3.5ul of protein was added to glow discharged C-flat r2/2 grid which were then blotted and plunge frozen
グリッド詳細: 400 mesh C-flat r2/2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 40 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: 3.5ul of protein was added to glow discharged C-flat r2/2 grid which were then blotted and plunge frozen

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度最低: 90 K / 最高: 91 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at the magnification used to collect the data
詳細The images were recorded using a dose rate of ~8 electrons/A2/s (~9 electrons/pixel/s) with 20 movie frames collected over a 4 second exposure
日付2015年10月9日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 370 / 平均電子線量: 32 e/Å2
詳細: Each image is summation of 20 frames recorded over 4 seconds
ビット/ピクセル: 32
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion, Ctffind3 / 使用した粒子像数: 17400
詳細GroEL was aligned and reconstructed in Relion
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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