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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3405 | |||||||||
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タイトル | Mammalian 80S Ribosomes Associate with a Novel Vesicular Organelle | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome (リボソーム) / secretion (分泌) / vesicle | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Carter SD / Hampton CM / Langlois R / Grassucci RA / Farino ZJ / Morgenstern TM / Rice WJ / Velasco KR / Wigge C / Xu Y ...Carter SD / Hampton CM / Langlois R / Grassucci RA / Farino ZJ / Morgenstern TM / Rice WJ / Velasco KR / Wigge C / Xu Y / Koller A / Melero R / Mitchell WG / Yi E / Aguilar JI / Levy ES / Greenberg NL / Li W / Courel M / Mahata SK / Freyberg R / Javitch JA / Di Paolo G / Chen EI / Chan RB / Carazo JM / Area-Gomez E / Jensen GJ / Frank J / Freyberg Z | |||||||||
引用 | ジャーナル: NAT.COMMUN. タイトル: Mammalian 80S Ribosomes Associate with a Novel Vesicular Organelle 著者: Carter SD / Hampton CM / Langlois R / Grassucci RA / Farino ZJ / Morgenstern TM / Rice WJ / Velasco KR / Wigge C / Xu Y / Koller A / Melero R / Mitchell WG / Yi E / Aguilar JI / Levy ES / ...著者: Carter SD / Hampton CM / Langlois R / Grassucci RA / Farino ZJ / Morgenstern TM / Rice WJ / Velasco KR / Wigge C / Xu Y / Koller A / Melero R / Mitchell WG / Yi E / Aguilar JI / Levy ES / Greenberg NL / Li W / Courel M / Mahata SK / Freyberg R / Javitch JA / Di Paolo G / Chen EI / Chan RB / Carazo JM / Area-Gomez E / Jensen GJ / Frank J / Freyberg Z | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3405.map.gz | 22.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3405-v30.xml emd-3405.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3406.tif | 664.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3405 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3405 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3405.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome
全体 | 名称: Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome
超分子 | 名称: Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Membrane-bound 80S ribosome
超分子 | 名称: Membrane-bound 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 80S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: Rat / 細胞: INS-1E insulinoma cells / Organelle: Ribosome Associated Vesicles / 細胞中の位置: Cytoplasm |
分子量 | 実験値: 3 MDa / 理論値: 3 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
グリッド | 詳細: 200 mesh gold grid with thin carbon support |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 150 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 8 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 18977 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 倍率(公称値): 15500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
温度 | 最低: 80 K / 最高: 93 K / 平均: 80 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
詳細 | Weak beam illumination |
日付 | 2014年3月30日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 100 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 角度割当 | 詳細: SPIDER: theta +/- 60 degrees |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: ETOMO/Serial, EM 詳細: Final maps were calculated from five averaged datasets 使用したサブトモグラム数: 1230 |
詳細 | The subtomograms were manually selected using the EMAN2 software package. |