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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3382 | |||||||||
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タイトル | Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (OC5) | |||||||||
マップデータ | sharpened OC5 map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Gene expression (遺伝子発現) / Transcription initiation (転写 (生物学)) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / transcription factor TFIIE complex / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding ...RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / transcription factor TFIIE complex / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RPB4-RPB7 complex / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / transcription factor TFIIF complex / transcription factor TFIIA complex / : / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 転写開始前複合体 / DNA binding, bending / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription factor TFIID complex / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / protein phosphatase activator activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / DNA修復 / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / cytoplasmic stress granule / disordered domain specific binding / single-stranded DNA binding / リボソーム生合成 / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ミトコンドリア 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Plaschka C / Hantsche M / Dienemann C / Burzinski C / Plitzko J / Cramer P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening. 著者: C Plaschka / M Hantsche / C Dienemann / C Burzinski / J Plitzko / P Cramer / 要旨: Transcription of eukaryotic protein-coding genes begins with assembly of the RNA polymerase (Pol) II initiation complex and promoter DNA opening. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) ...Transcription of eukaryotic protein-coding genes begins with assembly of the RNA polymerase (Pol) II initiation complex and promoter DNA opening. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of yeast initiation complexes containing closed and open DNA at resolutions of 8.8 Å and 3.6 Å, respectively. DNA is positioned and retained over the Pol II cleft by a network of interactions between the TATA-box-binding protein TBP and transcription factors TFIIA, TFIIB, TFIIE, and TFIIF. DNA opening occurs around the tip of the Pol II clamp and the TFIIE 'extended winged helix' domain, and can occur in the absence of TFIIH. Loading of the DNA template strand into the active centre may be facilitated by movements of obstructing protein elements triggered by allosteric binding of the TFIIE 'E-ribbon' domain. The results suggest a unified model for transcription initiation with a key event, the trapping of open promoter DNA by extended protein-protein and protein-DNA contacts. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3382.map.gz | 93.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3382-v30.xml emd-3382.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3382.png | 109.6 KB | ||
その他 | pp_3dref-run23_0113_57_0B_1.map | 103 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3382 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3382 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3382.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened OC5 map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: pp 3dref-run23 0113 57 0B 1.map
ファイル | pp_3dref-run23_0113_57_0B_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA)
全体 | 名称: yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA) |
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要素 |
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-超分子 #1000: yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA)
超分子 | 名称: yeast Pol II transcription initiation complex (open DNA) タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomer / Number unique components: 7 |
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分子量 | 理論値: 890 KDa |
-分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNA polymerase II / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 理論値: 513 KDa |
-分子 #2: Transcription Factor IIA
分子 | 名称: Transcription Factor IIA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TFIIA / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 理論値: 45 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)RIL / 組換プラスミド: pOPINE |
-分子 #3: Transcription Factor IIB
分子 | 名称: Transcription Factor IIB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: TFIIB / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 理論値: 38 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)RIL / 組換プラスミド: pET21b |
-分子 #4: TATA-box-binding protein
分子 | 名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: TBP, SPT15 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 理論値: 27 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)RIL / 組換プラスミド: pOPINE |
-分子 #5: Transcription Factor IIE
分子 | 名称: Transcription Factor IIE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: TFIIE / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 理論値: 91 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)RIL / 組換プラスミド: pET21 |
-分子 #6: Transcription Factor IIF
分子 | 名称: Transcription Factor IIF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: TFIIF / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 理論値: 129 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)RIL / 組換プラスミド: pETDuet-1 |
-分子 #7: synthetic promoter DNA construct
分子 | 名称: synthetic promoter DNA construct / タイプ: dna / ID: 7 詳細: closed promoter DNA was opened by transcription machinery 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 44 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 25 mM HEPES-KOH pH 7.5, 150 mM potassium acetate, 2 mM MgCl2, 5 mM DTT |
グリッド | 詳細: R3.5/1 holey carbon grids (Quantifoil) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: Quantifoil R 3.5/1 holey carbon grids were glow-discharged before deposition of 4.5 microliters of sample. Grids were then blotted for 8.5 s and plunge-frozen in liquid ethane. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 37000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2016年6月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 959 / 平均電子線量: 40 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 79797 |