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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31910 | ||||||||||||||||||
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タイトル | 1.96 A structure of human apoferritin obtained from Talos Arctica microscope | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / Scavenging by Class A Receptors / intracellular ferritin complex / オートファゴソーム / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / Scavenging by Class A Receptors / intracellular ferritin complex / オートファゴソーム / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / ferrous iron binding / Iron uptake and transport / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.96 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Fan HC / Zhang Y / Sun F | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: A cryo-electron microscopy support film formed by 2D crystals of hydrophobin HFBI. 著者: Hongcheng Fan / Bo Wang / Yan Zhang / Yun Zhu / Bo Song / Haijin Xu / Yujia Zhai / Mingqiang Qiao / Fei Sun / 要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful tool to resolve high-resolution structures of biomacromolecules in solution. However, air-water interface induced preferred orientations, ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful tool to resolve high-resolution structures of biomacromolecules in solution. However, air-water interface induced preferred orientations, dissociation or denaturation of biomacromolecules during cryo-vitrification remains a limiting factor for many specimens. To solve this bottleneck, we developed a cryo-EM support film using 2D crystals of hydrophobin HFBI. The hydrophilic side of the HFBI film adsorbs protein particles via electrostatic interactions and sequesters them from the air-water interface, allowing the formation of sufficiently thin ice for high-quality data collection. The particle orientation distribution can be regulated by adjusting the buffer pH. Using this support, we determined the cryo-EM structures of catalase (2.29 Å) and influenza haemagglutinin trimer (2.56 Å), which exhibited strong preferred orientations using a conventional cryo-vitrification protocol. We further show that the HFBI film is suitable to obtain high-resolution structures of small proteins, including aldolase (150 kDa, 3.28 Å) and haemoglobin (64 kDa, 3.6 Å). Our work suggests that HFBI films may have broad future applications in increasing the success rate and efficiency of cryo-EM. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31910.map.gz | 39.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31910-v30.xml emd-31910.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31910_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31910.png | 248.4 KB | ||
その他 | emd_31910_additional_1.map.gz emd_31910_half_map_1.map.gz emd_31910_half_map_2.map.gz | 394.9 MB 331.6 MB 331.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31910 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31910 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31910.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.588 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_31910_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_31910_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_31910_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human apoferritin
全体 | 名称: Human apoferritinフェリチン |
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要素 |
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-超分子 #1: Human apoferritin
超分子 | 名称: Human apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 480 KDa |
-分子 #1: Ferritin heavy chain
分子 | 名称: Ferritin heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 20.116547 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: TSQVRQNYHQ DSEAAINRQI NLELYASYVY LSMSYYFDRD DVALKNFAKY FLHQSHEERE HAEKLMKLQN QRGGRIFLQD IKKPDCDDW ESGLNAMECA LHLEKNVNQS LLELHKLATD KNDPHLCDFI ETHYLNEQVK AIKELGDHVT NLRKMGAPES G LAEYLFDK HTLG |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 254 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #3: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 75 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2472 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 6.5 構成要素:
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グリッド | 材質: NICKEL/TITANIUM / メッシュ: 300 | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 165000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 2649 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |