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- EMDB-31348: Barley photosystem I-LHCI-Lhca5 supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31348
タイトルBarley photosystem I-LHCI-Lhca5 supercomplex光化学系I
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI-LHCI-Lhca5 supercomplex of Barley
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
  • リガンド: x 11種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding ...photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI ...Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I iron-sulfur center ...Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang WD / Shen L / Tang K / Han GY / Zhang X / Shen JR
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesQYZDY-SSW-SMC003 中国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Architecture of the chloroplast PSI-NDH supercomplex in Hordeum vulgare.
著者: Liangliang Shen / Kailu Tang / Wenda Wang / Chen Wang / Hangjun Wu / Zhiyuan Mao / Shaoya An / Shenghai Chang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han / Xing Zhang /
要旨: The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex ...The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex associates with PSI to form the PSI-NDH supercomplex and fulfil its function. Here, we report cryo-electron microscopy structures of a PSI-NDH supercomplex from barley (Hordeum vulgare). The structures reveal that PSI-NDH is composed of two copies of the PSI-light-harvesting complex I (LHCI) subcomplex and one NDH complex. Two monomeric LHCI proteins, Lhca5 and Lhca6, mediate the binding of two PSI complexes to NDH. Ten plant chloroplast-specific NDH subunits are presented and their exact positions as well as their interactions with other subunits in NDH are elucidated. In all, this study provides a structural basis for further investigations on the functions and regulation of PSI-NDH-dependent CET.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Photosynthesis. Structural basis for energy transfer pathways in the plant PSI-LHCI supercomplex
著者: Qin XC / Suga M / Kuang TY / Shen JR
履歴
登録2021年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月22日-
マップ公開2021年12月22日-
更新2022年2月9日-
現状2022年2月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.72
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7ew6
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31348.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31348.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.307 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.72 / ムービー #1: 0.72
最小 - 最大-2.0786717 - 5.0564976
平均 (標準偏差)-0.00090195425 (±0.0821656)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 575.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3071.3071.307
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z575.080575.080575.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-2.0795.056-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PSI-LHCI-Lhca5 supercomplex of Barley

全体名称: PSI-LHCI-Lhca5 supercomplex of Barley
要素
  • 複合体: PSI-LHCI-Lhca5 supercomplex of Barley
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein Lhca1
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein Lhca5
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

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超分子 #1: PSI-LHCI-Lhca5 supercomplex of Barley

超分子名称: PSI-LHCI-Lhca5 supercomplex of Barley / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 83.217219 KDa
配列文字列: MIIRSPEPEV KIVVDRDPVK TSFEEWARPG HFSRTLAKGP DTTTWIWNLH ADAHDFDSHT GDLEEISRKV FSAHFGQLSI IFLWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIG PSAQVVWPIV GQEILNGDVG GGFRGIQITS GFFQLWRASG ITSELQLYCT A IGALVFAA ...文字列:
MIIRSPEPEV KIVVDRDPVK TSFEEWARPG HFSRTLAKGP DTTTWIWNLH ADAHDFDSHT GDLEEISRKV FSAHFGQLSI IFLWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIG PSAQVVWPIV GQEILNGDVG GGFRGIQITS GFFQLWRASG ITSELQLYCT A IGALVFAA LMLFAGWFHY HKAAPKLAWF QDVESMLNHH LAGLLGLGSL SWAGHQIHVS LPINQFLDAG VDPKEIPLPH EF ILNRDLL AQLYPSFAEG ATPFFTLNWS KYAEFLTFRG GLDPVTGGLW LTDIAHHHLA IAILFLIAGH MYRTNWGIGH GLK DILEAH KGPFTGQGHK GLYEILTTSW HAQLSLNLAM LGSTTIVVAH HMYSMPPYPY LATDYGTQLS LFTHHMWIGG FLIV GAAAH AAIFMVRDYD PTTRYNDLLD RVLRHRDAII SHLNWVCIFL GFHSFGLYIH NDTMSALGRP QDMFSDTAIQ LQPIF AQWV QNIHATAPGV TAPGATTSTS LTWGGGELVA VGGKVALLPI PLGTADFLVH HIHAFTIHVT VLILLKGVLF ARSSRL IPD KANLGFRFPC DGPGRGGTCQ VSAWDHVFLG LFWMYNAISV VIFHFSWKMQ SDVWGTISDQ GVVTHITGGN FAQSSIT IN GWLRDFLWAQ ASQVIQSYGS SLSAYGLFFL GAHFVWAFSL MFLFSGRGYW QELIESIVWA HNKLKVAPAT QPRALSII Q GRAVGVTHYL LGGIATTWAF FLARIIAVG

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分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 82.693914 KDa
配列文字列: MELRFPRFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATAHD FESHDDITEE RLYQNIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFESWIQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA AGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNEDLYTGA LFLLFLSTLS LIASWLHLQP K WKPSLSWF ...文字列:
MELRFPRFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATAHD FESHDDITEE RLYQNIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFESWIQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA AGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNEDLYTGA LFLLFLSTLS LIASWLHLQP K WKPSLSWF KNAESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPASRGEYVR WNNFLDVLPY PQGLGPLLTG QWNLYAQNPD SS NHLFGTA QGAGTAILTL LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAFIFLIA GHMYRTNFGI GHSIKDLLEA HTPPGGRLGR GHK GLYDTI NNSIHFQLGL ALASLGVITS LVAQHMYSLP PYAFIAQDFT TQAALYTHHQ YIAGFIMTGA FAHGAIFFIR DYNP EQNED NVLARMLDHK EAIISHLSWA SLFLGFHTLG LYVHNDVMLA FGTPEKQILI EPIFAQWIQS AHGKTTYGFD ILLSS TNGP AFNAGRSLWL PGWLNAVNEN SNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAVFWM LNTIGWVTFY WHWKHITLWQ GNVSQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LSVWAWMFLF GHLVWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLAWAH ERTPLANLIR WRDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYIFT Y AAFLIASTSG KFG

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分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 8.909345 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMIP WDGCKAKQIA SAPRTEDCVG CKRCESACPT DFLSVRVYLG PETTRSMALS Y

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 21.958137 KDa
配列文字列: MAMATQASAA TRHLITAAWS PSAKPRPATL AMPSSARGPA PLFAAAPDTP APAAPPAEPA PAGFVPPQLD PSTPSPIFGG STGGLLRKA QVEEFYVITW TSPKEQVFEM PTGGAAIMRE GPNLLKLARK EQCLALGNRL RSKYKIAYQF YRVFPNGEVQ Y LHPKDGVY ...文字列:
MAMATQASAA TRHLITAAWS PSAKPRPATL AMPSSARGPA PLFAAAPDTP APAAPPAEPA PAGFVPPQLD PSTPSPIFGG STGGLLRKA QVEEFYVITW TSPKEQVFEM PTGGAAIMRE GPNLLKLARK EQCLALGNRL RSKYKIAYQF YRVFPNGEVQ Y LHPKDGVY PEKVNAGRQG VGQNFRSIGK NVSPIEVKFT GKNSFDI

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分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 15.476541 KDa
配列文字列:
MASTNMASAT SRFMLAAGIP SGANGGVSSR VSFLPSNRLG LKLVARAEEP TAAAPAEPAP AADEKPEAAV ATKEPAKAKP PPRGPKRGT KVKILRRESY WYNGTGSVVT VDQDPNTRYP VVVRFAKVNY AGVSTNNYAL DEIKEVAA

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分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 24.866574 KDa
配列文字列: MAALAASIAT STAFAAKPRL SRPPARLSVS CSASSGDNNN STATPSLSAS IKTFSAALAL SSVLLSSAAT SPPPAAADIA GLTPCKESK AFAKREKQSV KKLNSSLKKY APDSAPALAI QATIDKTKRR FENYGKFGLL CGSDGLPHLI VSGDQRHWGE F ITPGVLFL ...文字列:
MAALAASIAT STAFAAKPRL SRPPARLSVS CSASSGDNNN STATPSLSAS IKTFSAALAL SSVLLSSAAT SPPPAAADIA GLTPCKESK AFAKREKQSV KKLNSSLKKY APDSAPALAI QATIDKTKRR FENYGKFGLL CGSDGLPHLI VSGDQRHWGE F ITPGVLFL YIAGWIGWVG RSYLIAVSGE KKPAMREIII DVELAARIIP RGFIWPVAAY RELINGDLVV DDADIGY

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分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 14.900113 KDa
配列文字列:
MASLVAVQPA AVKGLSGSSI SGRKLAVRPS SAAVSRSTRR ARGAAVVAKY GEKSVYFDLD DIANTTGQWD LYGSDAPSPY NGLQSKFFN TFAAPFTKRG LLLKFLLIGG GSLVAYVSAS ASPDLLPIKK GPQLPPTPGP RGKI

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分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 4.010949 KDa
配列文字列:
MTDLNLPSIF VPLVGLVFPA IAMTSLFLYV QKKKIV

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 4.74762 KDa
配列文字列:
MRDIKTYLSV APVLSTLWFG ALAGLLIEIN RLFPDALSFP FF

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 13.742934 KDa
配列文字列:
MASQLSAMTS VPQFHGLRTY SSPRSMATLP SLRRRRSQGI RCDYIGSSTN LIMVTTTTLM LFAGRFGLAP SANRKATAGL KLEARESGL QTGDPAGFTL ADTLACGAVG HIMGVGIVLG LKNTGVLDQI IG

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分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 22.22973 KDa
配列文字列: MATAYAPPMA SQVMKSGLAC SKPRGMSGAS LTRRPRFVVK AVKSDKPTYQ VVQPINGDPF IGSLETPVTS SPLVAWYLSN LPAYRTAVS PLLRGIEVGL AHGYLLVGPF ALTGPLRNTP VHGQAGTLGA IGLVSILSVC LTMYGVASFN EGEPSTAPVL T LTGRKKEA ...文字列:
MATAYAPPMA SQVMKSGLAC SKPRGMSGAS LTRRPRFVVK AVKSDKPTYQ VVQPINGDPF IGSLETPVTS SPLVAWYLSN LPAYRTAVS PLLRGIEVGL AHGYLLVGPF ALTGPLRNTP VHGQAGTLGA IGLVSILSVC LTMYGVASFN EGEPSTAPVL T LTGRKKEA DKLQTAEGWS QFTGGFFFGG VSGAVWAYFL LYVLDLPYFF K

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分子 #12: Chlorophyll a-b binding protein Lhca1

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein Lhca1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 26.691438 KDa
配列文字列: MAMASSSGLR SCSAVGVPSL LAPSSRSGRS GLPFCAYATT SGRVTMSAEW FPGQPRPAHL DGSSPGDFGF DPLGLATVPE NFERFKESE IYHCRWAMLC VPGVLVPEAL GLGNWVKAQE WAALPDGQAT YLGNPVPWGN LPTILAIEFL AIAFAEQQRT M EKDPEKKK ...文字列:
MAMASSSGLR SCSAVGVPSL LAPSSRSGRS GLPFCAYATT SGRVTMSAEW FPGQPRPAHL DGSSPGDFGF DPLGLATVPE NFERFKESE IYHCRWAMLC VPGVLVPEAL GLGNWVKAQE WAALPDGQAT YLGNPVPWGN LPTILAIEFL AIAFAEQQRT M EKDPEKKK YPGGAFDPLG FSKDPAKFEE LKLKEIKNGR LAMLAFVGFC VQQSAYPGTG PLENLATHLA DPWHNNIGDI VI PRNIYGP

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分子 #13: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 27.320039 KDa
配列文字列: MALVSSSSAT AVAALPSNGL AGARTSFLGA AGKAAASRTS FAVRAAAPER PIWFPGSTPP PWLDGSLPGD FGFDPWGLGS DPESLRWNV QAELVHCRWA MLGAAGIFIP ELLTKIGILN TPSWYTAGEQ EYFTDTTTLF IVELILIGWA EGRRWADIIK P GCVNTDPI ...文字列:
MALVSSSSAT AVAALPSNGL AGARTSFLGA AGKAAASRTS FAVRAAAPER PIWFPGSTPP PWLDGSLPGD FGFDPWGLGS DPESLRWNV QAELVHCRWA MLGAAGIFIP ELLTKIGILN TPSWYTAGEQ EYFTDTTTLF IVELILIGWA EGRRWADIIK P GCVNTDPI FPNNKLTGTD VGYPGGLWFD PLGYGTGSPE KLKELRTKEI KNGRLAMLAV MGAWFQAEYT GTGPIDNLFA HL ADPGHAT IFRAFAPK

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分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 29.374547 KDa
配列文字列: MAAQGLLSGR QLLGRPLQSS FSRSSSSRKS PFVVRASSSP PAKQNDNRQL WFASKQSLTY LDGTLPGDFG FDPLGLSDPE GTGGFIEPR WLAYGEIFNG RTAMMGVVGM IAPEALGKVG LVPPETAIPW FQAGAIPPAG TYQYWADPYT LFVFEMALIG F AEHRRLQD ...文字列:
MAAQGLLSGR QLLGRPLQSS FSRSSSSRKS PFVVRASSSP PAKQNDNRQL WFASKQSLTY LDGTLPGDFG FDPLGLSDPE GTGGFIEPR WLAYGEIFNG RTAMMGVVGM IAPEALGKVG LVPPETAIPW FQAGAIPPAG TYQYWADPYT LFVFEMALIG F AEHRRLQD WYNPGSMGKQ YFLGLEKYLG GSGDPAYPGG PIFNPLGFGT KSEKEMKELK LKEIKNGRLA MLAFLGMSLQ AI FTGVGPF QNLLDHLSDP VNNNILTSLK FH

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分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein Lhca5

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein Lhca5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
分子量理論値: 27.618691 KDa
配列文字列: MALAANAHGR VCTLSSRPPA PFSSRSTVAM PGHHSESPRA RFAVRAIAER ATWLPGLDPP AYLDGTLPGD YGFDPLGLGE QPEDLKWYV QAELVHCRFA MAGVAGILGT DLIRVSGIGN LPVWFEAGAT KFDFANTTAL FFVQLLLMGF VETKRYMDFV S PGSQAKEG ...文字列:
MALAANAHGR VCTLSSRPPA PFSSRSTVAM PGHHSESPRA RFAVRAIAER ATWLPGLDPP AYLDGTLPGD YGFDPLGLGE QPEDLKWYV QAELVHCRFA MAGVAGILGT DLIRVSGIGN LPVWFEAGAT KFDFANTTAL FFVQLLLMGF VETKRYMDFV S PGSQAKEG TFLGIEASLE GLQPGYPGGP LFNPMGLAKD IENANEVKLK EIKNGRLAMV AMLGFIVQAS VTHAGPIDNL LT HLSDPFN KNIIHALTLS

+
分子 #16: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

+
分子 #17: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 136 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

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分子 #18: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

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分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 5 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

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分子 #20: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 25 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

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分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

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分子 #22: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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分子 #23: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 5 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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分子 #24: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 6 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

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分子 #25: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 12 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

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分子 #26: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 103844

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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