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万見
- EMDB-31117: TFIID lobe C subcomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31117
タイトルTFIID lobe C subcomplex
マップデータTFIID lobe C subcomplex
試料
  • 複合体: TFIID lobe C subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 8
    • DNA: DNA (45-MER)
    • DNA: DNA (45-MER)
機能・相同性
機能・相同性情報


spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / DNA-templated transcription open complex formation / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / SLIK (SAGA-like) complex ...spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / DNA-templated transcription open complex formation / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / SLIK (SAGA-like) complex / maintenance of protein location in nucleus / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / SAGA complex / nuclear vitamin D receptor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / cellular response to ATP / regulation of fat cell differentiation / inner cell mass cell proliferation / histone acetyltransferase binding / midbrain development / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / ubiquitin conjugating enzyme activity / MLL1 complex / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / aryl hydrocarbon receptor binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / P-TEFb complex binding / negative regulation of cell cycle / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / intracellular estrogen receptor signaling pathway / regulation of DNA repair / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of protein kinase activity / lysine-acetylated histone binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to organic cyclic compound / protein polyubiquitination / cellular response to UV / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / p53 binding / positive regulation of protein binding / kinase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / peptidyl-serine phosphorylation / DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / protein autophosphorylation / 細胞分化 / transcription coactivator activity / protein stabilization / transcription cis-regulatory region binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / 細胞周期 / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAFII55 protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins ...TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAFII55 protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Chen X / Wu Z / Li J / Zhao D / Xu Y
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structural insights into preinitiation complex assembly on core promoters.
著者: Xizi Chen / Yilun Qi / Zihan Wu / Xinxin Wang / Jiabei Li / Dan Zhao / Haifeng Hou / Yan Li / Zishuo Yu / Weida Liu / Mo Wang / Yulei Ren / Ze Li / Huirong Yang / Yanhui Xu /
要旨: Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the ...Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the structures of human TFIID-based PIC in three stepwise assembly states and revealed two-track PIC assembly: stepwise promoter deposition to Pol II and extensive modular reorganization on track I (on TATA-TFIID-binding element promoters) versus direct promoter deposition on track II (on TATA-only and TATA-less promoters). The two tracks converge at an ~50-subunit holo PIC in identical conformation, whereby TFIID stabilizes PIC organization and supports loading of cyclin-dependent kinase (CDK)-activating kinase (CAK) onto Pol II and CAK-mediated phosphorylation of the Pol II carboxyl-terminal domain. Unexpectedly, TBP of TFIID similarly bends TATA box and TATA-less promoters in PIC. Our study provides structural visualization of stepwise PIC assembly on highly diversified promoters.
履歴
登録2021年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月12日-
マップ公開2021年5月12日-
更新2021年5月12日-
現状2021年5月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.222
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.222
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7egh
  • 表面レベル: 0.3
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31117.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31117.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TFIID lobe C subcomplex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.222 / ムービー #1: 0.222
最小 - 最大-3.1059234 - 5.395505
平均 (標準偏差)0.0013952557 (±0.045913033)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 540.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0551.0551.055
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z540.160540.160540.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-3.1065.3960.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TFIID lobe C subcomplex

全体名称: TFIID lobe C subcomplex
要素
  • 複合体: TFIID lobe C subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 8
    • DNA: DNA (45-MER)
    • DNA: DNA (45-MER)

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超分子 #1: TFIID lobe C subcomplex

超分子名称: TFIID lobe C subcomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transcription initiation factor TFIID subunit 1

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 212.956172 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGPGCDLLLR TAATITAAAI MSDTDSDEDS AGGGPFSLAG FLFGNINGAG QLEGESVLDD ECKKHLAGLG ALGLGSLITE LTANEELTG TDGALVNDEG WVRSTEDAVD YSDINEVAED ESRRYQQTMG SLQPLCHSDY DEDDYDADCE DIDCKLMPPP P PPPGPMKK ...文字列:
MGPGCDLLLR TAATITAAAI MSDTDSDEDS AGGGPFSLAG FLFGNINGAG QLEGESVLDD ECKKHLAGLG ALGLGSLITE LTANEELTG TDGALVNDEG WVRSTEDAVD YSDINEVAED ESRRYQQTMG SLQPLCHSDY DEDDYDADCE DIDCKLMPPP P PPPGPMKK DKDQDSITGE KVDFSSSSDS ESEMGPQEAT QAESEDGKLT LPLAGIMQHD ATKLLPSVTE LFPEFRPGKV LR FLRLFGP GKNVPSVWRS ARRKRKKKHR ELIQEEQIQE VECSVESEVS QKSLWNYDYA PPPPPEQCLS DDEITMMAPV ESK FSQSTG DIDKVTDTKP RVAEWRYGPA RLWYDMLGVP EDGSGFDYGF KLRKTEHEPV IKSRMIEEFR KLEENNGTDL LADE NFLMV TQLHWEDDII WDGEDVKHKG TKPQRASLAG WLPSSMTRNA MAYNVQQGFA ATLDDDKPWY SIFPIDNEDL VYGRW EDNI IWDAQAMPRL LEPPVLTLDP NDENLILEIP DEKEEATSNS PSKESKKESS LKKSRILLGK TGVIKEEPQQ NMSQPE VKD PWNLSNDEYY YPKQQGLRGT FGGNIIQHSI PAVELRQPFF PTHMGPIKLR QFHRPPLKKY SFGALSQPGP HSVQPLL KH IKKKAKMREQ ERQASGGGEM FFMRTPQDLT GKDGDLILAE YSEENGPLMM QVGMATKIKN YYKRKPGKDP GAPDCKYG E TVYCHTSPFL GSLHPGQLLQ AFENNLFRAP IYLHKMPETD FLIIRTRQGY YIRELVDIFV VGQQCPLFEV PGPNSKRAN THIRDFLQVF IYRLFWKSKD RPRRIRMEDI KKAFPSHSES SIRKRLKLCA DFKRTGMDSN WWVLKSDFRL PTEEEIRAMV SPEQCCAYY SMIAAEQRLK DAGYGEKSFF APEEENEEDF QMKIDDEVRT APWNTTRAFI AAMKGKCLLE VTGVADPTGC G EGFSYVKI PNKPTQQKDD KEPQPVKKTV TGTDADLRRL SLKNAKQLLR KFGVPEEEIK KLSRWEVIDV VRTMSTEQAR SG EGPMSKF ARGSRFSVAE HQERYKEECQ RIFDLQNKVL SSTEVLSTDT DSSSAEDSDF EEMGKNIENM LQNKKTSSQL SRE REEQER KELQRMLLAA GSAASGNNHR DDDTASVTSL NSSATGRCLK IYRTFRDEEG KEYVRCETVR KPAVIDAYVR IRTT KDEEF IRKFALFDEQ HREEMRKERR RIQEQLRRLK RNQEKEKLKG PPEKKPKKMK ERPDLKLKCG ACGAIGHMRT NKFCP LYYQ TNAPPSNPVA MTEEQEEELE KTVIHNDNEE LIKVEGTKIV LGKQLIESAD EVRRKSLVLK FPKQQLPPKK KRRVGT TVH CDYLNRPHKS IHRRRTDPMV TLSSILESII NDMRDLPNTY PFHTPVNAKV VKDYYKIITR PMDLQTLREN VRKRLYP SR EEFREHLELI VKNSATYNGP KHSLTQISQS MLDLCDEKLK EKEDKLARLE KAINPLLDDD DQVAFSFILD NIVTQKMM A VPDSWPFHHP VNKKFVPDYY KVIVNPMDLE TIRKNISKHK YQSRESFLDD VNLILANSVK YNGPESQYTK TAQEIVNVC YQTLTEYDEH LTQLEKDICT AKEAALEEAE LESLDPMTPG PYTPQPPDLY DTNTSLSMSR DASVFQDESN MSVLDIPSAT PEKQVTQEG EDGDGDLADE EEGTVQQPQA SVLYEDLLMS EGEDDEEDAG SDEEGDNPFS AIQLSESGSD SDVGSGGIRP K QPRMLQEN TRMDMENEES MMSYEGDGGE ASHGLEDSNI SYGSYEEPDP KSNTQDTSFS SIGGYEVSEE EEDEEEEEQR SG PSVLSQV HLSEDEEDSE DFHSIAGDSD LDSDE

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分子 #2: Transcription initiation factor TFIID subunit 2

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 137.159984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPLTGVEPAR MNRKKGDKGF ESPRPYKLTH QVVCINNINF QRKSVVGFVE LTIFPTVANL NRIKLNSKQC RIYRVRINDL EAAFIYNDP TLEVCHSESK QRNLNYFSNA YAAAVSAVDP DAGNGELCIK VPSELWKHVD ELKVLKIHIN FSLDQPKGGL H FVVPSVEG ...文字列:
MPLTGVEPAR MNRKKGDKGF ESPRPYKLTH QVVCINNINF QRKSVVGFVE LTIFPTVANL NRIKLNSKQC RIYRVRINDL EAAFIYNDP TLEVCHSESK QRNLNYFSNA YAAAVSAVDP DAGNGELCIK VPSELWKHVD ELKVLKIHIN FSLDQPKGGL H FVVPSVEG SMAERGAHVF SCGYQNSTRF WFPCVDSYSE LCTWKLEFTV DAAMVAVSNG DLVETVYTHD MRKKTFHYML TI PTAASNI SLAIGPFEIL VDPYMHEVTH FCLPQLLPLL KHTTSYLHEV FEFYEEILTC RYPYSCFKTV FIDEAYVEVA AYA SMSIFS TNLLHSAMII DETPLTRRCL AQSLAQQFFG CFISRMSWSD EWVLKGISGY IYGLWMKKTF GVNEYRHWIK EELD KIVAY ELKTGGVLLH PIFGGGKEKD NPASHLHFSI KHPHTLSWEY YSMFQCKAHL VMRLIENRIS MEFMLQVFNK LLSLA STAS SQKFQSHMWS QMLVSTSGFL KSISNVSGKD IQPLIKQWVD QSGVVKFYGS FAFNRKRNVL ELEIKQDYTS PGTQKY VGP LKVTVQELDG SFNHTLQIEE NSLKHDIPCH SKSRRNKKKK IPLMNGEEVD MDLSAMDADS PLLWIRIDPD MSVLRKV EF EQADFMWQYQ LRYERDVVAQ QESILALEKF PTPASRLALT DILEQEQCFY RVRMSACFCL AKIANSMVST WTGPPAMK S LFTRMFCCKS CPNIVKTNNF MSFQSYFLQK TMPVAMALLR DVHNLCPKEV LTFILDLIKY NDNRKNKFSD NYYRAEMID ALANSVTPAV SVNNEVRTLD NLNPDVRLIL EEITRFLNME KLLPSYRHTI TVSCLRAIRV LQKNGHVPSD PALFKSYAEY GHFVDIRIA ALEAVVDYTK VDRSYEELQW LLNMIQNDPV PYVRHKILNM LTKNPPFTKN MESPLCNEAL VDQLWKLMNS G TSHDWRLR CGAVDLYFTL FGLSRPSCLP LPELGLVLNL KEKKAVLNPT IIPESVAGNQ EAANNPSSHP QLVGFQNPFS SS QDEEEID MDTVHDSQAF ISHHLNMLER PSTPGLSKYR PASSRSALIP QHSAGCDSTP TTKPQWSLEL ARKGTGKEQA PLE MSMHPA ASAPLSVFTK ESTASKHSDH HHHHHHEHKK KKKKHKHKHK HKHKHDSKEK DKEPFTFSSP ASGRSIRSPS LSD

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分子 #3: Transcription initiation factor TFIID subunit 6

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.749297 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAEEKKLKLS NTVLPSESMK VVAESMGIAQ IQEETCQLLT DEVSYRIKEI AQDALKFMHM GKRQKLTTSD IDYALKLKNV EPLYGFHAQ EFIPFRFASG GGRELYFYEE KEVDLSDIIN TPLPRVPLDV CLKAHWLSIE GCQPAIPENP PPAPKEQQKA E ATEPLKSA ...文字列:
MAEEKKLKLS NTVLPSESMK VVAESMGIAQ IQEETCQLLT DEVSYRIKEI AQDALKFMHM GKRQKLTTSD IDYALKLKNV EPLYGFHAQ EFIPFRFASG GGRELYFYEE KEVDLSDIIN TPLPRVPLDV CLKAHWLSIE GCQPAIPENP PPAPKEQQKA E ATEPLKSA KPGQEEDGPL KGKGQGATTA DGKGKEKKAP PLLEGAPLRL KPRSIHELSV EQQLYYKEIT EACVGSCEAK RA EALQSIA TDPGLYQMLP RFSTFISEGV RVNVVQNNLA LLIYLMRMVK ALMDNPTLYL EKYVHELIPA VMTCIVSRQL CLR PDVDNH WALRDFAARL VAQICKHFST TTNNIQSRIT KTFTKSWVDE KTPWTTRYGS IAGLAELGHD VIKTLILPRL QQEG ERIRS VLDGPVLSNI DRIGADHVQS LLLKHCAPVL AKLRPPPDNQ DAYRAEFGSL GPLLCSQVVK ARAQAALQAQ QVNRT TLTI TQPRPTLTLS QAPQPGPRTP GLLKVPGSIA LPVQTLVSAR AAAPPQPSPP PTKFIVMSSS SSAPSTQQVL SLSTSA PGS GSTTTSPVTT TVPSVQPIVK LVSTATTAPP STAPSGPGSV QKYIVVSLPP TGEGKGGPTS HPSPVPPPAS SPSPLSG SA LCGGKQEAGD SPPPAPGTPK ANGSQPNSGS PQPAP

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分子 #4: Transcription initiation factor TFIID subunit 7

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.325117 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSKSKDDAPH ELESQFILRL PPEYASTVRR AVQSGHVNLK DRLTIELHPD GRHGIVRVDR VPLASKLVDL PCVMESLKTI DKKTFYKTA DICQMLVSTV DGDLYPPVEE PVASTDPKAS KKKDKDKEKK FIWNHGITLP LKNVRKRRFR KTAKKKYIES P DVEKEVKR ...文字列:
MSKSKDDAPH ELESQFILRL PPEYASTVRR AVQSGHVNLK DRLTIELHPD GRHGIVRVDR VPLASKLVDL PCVMESLKTI DKKTFYKTA DICQMLVSTV DGDLYPPVEE PVASTDPKAS KKKDKDKEKK FIWNHGITLP LKNVRKRRFR KTAKKKYIES P DVEKEVKR LLSTDAEAVS TRWEIIAEDE TKEAENQGLD ISSPGMSGHR QGHDSLEHDE LREIFNDLSS SSEDEDETQH QD EEDINII DTEEDLERQL QDKLNESDEQ HQENEGTNQL VMGIQKQIDN MKGKLQETQD RAKRQEDLIM KVENLALKNR FQA VLDELK QKEDREKEQL SSLQEELESL LEK

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分子 #5: Transcription initiation factor TFIID subunit 8

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.304359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADAAATAGA GGSGTRSGSK QSTNPADNYH LARRRTLQVV VSSLLTEAGF ESAEKASVET LTEMLQSYIS EIGRSAKSYC EHTARTQPT LSDIVVTLVE MGFNVDTLPA YAKRSQRMVI TAPPVTNQPV TPKALTAGQN RPHPPHIPSH FPEFPDPHTY I KTPTYREP ...文字列:
MADAAATAGA GGSGTRSGSK QSTNPADNYH LARRRTLQVV VSSLLTEAGF ESAEKASVET LTEMLQSYIS EIGRSAKSYC EHTARTQPT LSDIVVTLVE MGFNVDTLPA YAKRSQRMVI TAPPVTNQPV TPKALTAGQN RPHPPHIPSH FPEFPDPHTY I KTPTYREP VSDYQVLREK AASQRRDVER ALTRFMAKTG ETQSLFKDDV STFPLIAARP FTIPYLTALL PSELEMQQME ET DSSEQDE QTDTENLALH ISMEDSGAEK ENTSVLQQNP SLSGSRNGEE NIIDNPYLRP VKKPKIRRKK SLS

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分子 #6: DNA (45-MER)

分子名称: DNA (45-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.317238 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC) (DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG) (DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DA) ...文字列:
(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC) (DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG) (DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DC)(DA) (DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DA)(DC)(DG)

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分子 #7: DNA (45-MER)

分子名称: DNA (45-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.814336 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT) (DC) (DG)(DA)(DT)(DC)(DG) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT) (DC) (DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA) (DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA) (DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT) (DA)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC) (DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッド材質: GOLD / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 121285

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7egh:
TFIID lobe C subcomplex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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