[日本語] English
万見
- EMDB-31116: TFIID lobe B subcomplex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31116
タイトルTFIID lobe B subcomplex
マップデータTFIID lobe B subcomplex
試料
  • 複合体: TFIID lobe B subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
機能・相同性
機能・相同性情報


SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / transcription factor TFTC complex / SLIK (SAGA-like) complex / positive regulation of response to cytokine stimulus / hepatocyte differentiation / maintenance of protein location in nucleus ...SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / transcription factor TFTC complex / SLIK (SAGA-like) complex / positive regulation of response to cytokine stimulus / hepatocyte differentiation / maintenance of protein location in nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / box C/D snoRNP assembly / SAGA complex / RNA polymerase binding / limb development / 転写開始前複合体 / regulation of fat cell differentiation / response to L-glutamate / inner cell mass cell proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / regulation of RNA splicing / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / MLL1 complex / aryl hydrocarbon receptor binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of cell cycle / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / embryonic placenta development / regulation of DNA repair / somitogenesis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / response to interleukin-1 / male germ cell nucleus / nuclear estrogen receptor binding / promoter-specific chromatin binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / G1/S transition of mitotic cell cycle / multicellular organism growth / mRNA transcription by RNA polymerase II / マイクロフィラメント / p53 binding / HATs acetylate histones / ATPase binding / DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / 細胞分化 / transcription coactivator activity / protein stabilization / transcription cis-regulatory region binding / Ub-specific processing proteases / クロマチンリモデリング / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / DNA damage response / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology ...Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Transcription initiation factor TFIID 23-30kDa subunit / Transcription initiation factor TFIID, 23-30kDa subunit / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone-fold / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Chen X / Wu Z / Li J / Zhao D / Xu Y
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structural insights into preinitiation complex assembly on core promoters.
著者: Xizi Chen / Yilun Qi / Zihan Wu / Xinxin Wang / Jiabei Li / Dan Zhao / Haifeng Hou / Yan Li / Zishuo Yu / Weida Liu / Mo Wang / Yulei Ren / Ze Li / Huirong Yang / Yanhui Xu /
要旨: Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the ...Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the structures of human TFIID-based PIC in three stepwise assembly states and revealed two-track PIC assembly: stepwise promoter deposition to Pol II and extensive modular reorganization on track I (on TATA-TFIID-binding element promoters) versus direct promoter deposition on track II (on TATA-only and TATA-less promoters). The two tracks converge at an ~50-subunit holo PIC in identical conformation, whereby TFIID stabilizes PIC organization and supports loading of cyclin-dependent kinase (CDK)-activating kinase (CAK) onto Pol II and CAK-mediated phosphorylation of the Pol II carboxyl-terminal domain. Unexpectedly, TBP of TFIID similarly bends TATA box and TATA-less promoters in PIC. Our study provides structural visualization of stepwise PIC assembly on highly diversified promoters.
履歴
登録2021年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月5日-
マップ公開2021年5月5日-
更新2021年5月19日-
現状2021年5月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7egg
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31116.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31116.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TFIID lobe B subcomplex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.37 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.9962667 - 3.5641859
平均 (標準偏差)-8.295925e-05 (±0.09974613)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 262.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z262.400262.400262.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-1.9963.564-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : TFIID lobe B subcomplex

全体名称: TFIID lobe B subcomplex
要素
  • 複合体: TFIID lobe B subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 12

-
超分子 #1: TFIID lobe B subcomplex

超分子名称: TFIID lobe B subcomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Transcription initiation factor TFIID subunit 4

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 110.221883 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAGSDLLDE VFFNSEVDEK VVSDLVGSLE SQLAASAAHH HHLAPRTPEV RAAAAGALGN HVVSGSPAGA AGAGPAAPAE GAPGAAPEP PPAGRARPGG GGPQRPGPPS PRRPLVPAGP APPAAKLRPP PEGSAGSCAP VPAAAAVAAG PEPAPAGPAK P AGPAALAA ...文字列:
MAAGSDLLDE VFFNSEVDEK VVSDLVGSLE SQLAASAAHH HHLAPRTPEV RAAAAGALGN HVVSGSPAGA AGAGPAAPAE GAPGAAPEP PPAGRARPGG GGPQRPGPPS PRRPLVPAGP APPAAKLRPP PEGSAGSCAP VPAAAAVAAG PEPAPAGPAK P AGPAALAA RAGPGPGPGP GPGPGPGPGK PAGPGAAQTL NGSAALLNSH HAAAPAVSLV NNGPAALLPL PKPAAPGTVI QT PPFVGAA APPAPAAPSP PAAPAPAAPA AAPPPPPPAP ATLARPPGHP AGPPTAAPAV PPPAAAQNGG SAGAAPAPAP AAG GPAGVS GQPGPGAAAA APAPGVKAES PKRVVQAAPP AAQTLAASGP ASTAASMVIG PTMQGALPSP AAVPPPAPGT PTGL PKGAA GAVTQSLSRT PTATTSGIRA TLTPTVLAPR LPQPPQNPTN IQNFQLPPGM VLVRSENGQL LMIPQQALAQ MQAQA HAQP QTTMAPRPAT PTSAPPVQIS TVQAPGTPII ARQVTPTTII KQVSQAQTTV QPSATLQRSP GVQPQLVLGG AAQTAS LGT ATAVQTGTPQ RTVPGATTTS SAATETMENV KKCKNFLSTL IKLASSGKQS TETAANVKEL VQNLLDGKIE AEDFTSR LY RELNSSPQPY LVPFLKRSLP ALRQLTPDSA AFIQQSQQQP PPPTSQATTA LTAVVLSSSV QRTAGKTAAT VTSALQPP V LSLTQPTQVG VGKQGQPTPL VIQQPPKPGA LIRPPQVTLT QTPMVALRQP HNRIMLTTPQ QIQLNPLQPV PVVKPAVLP GTKALSAVSA QAAAAQKNKL KEPGGGSFRD DDDINDVASM AGVNLSEESA RILATNSELV GTLTRSCKDE TFLLQAPLQR RILEIGKKH GITELHPDVV SYVSHATQQR LQNLVEKISE TAQQKNFSYK DDDRYEQASD VRAQLKFFEQ LDQIEKQRKD E QEREILMR AAKSRSRQED PEQLRLKQKA KEMQQQELAQ MRQRDANLTA LAAIGPRKKR KVDCPGPGSG AEGSGPGSVV PG SSGVGTP RQFTRQRITR VNLRDLIFCL ENERETSHSL LLYKAFLK

-
分子 #2: Transcription initiation factor TFIID subunit 5

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.932109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAALAEEQTE VAVKLEPEGP PTLLPPQAGD GAGEGSGGTT NNGPNGGGGN VAASSSTGGD GGTPKPTVAV SAAAPAGAAP VPAAAPDAG APHDRQTLLA VLQFLRQSKL REAEEALRRE AGLLEEAVAG SGAPGEVDSA GAEVTSALLS RVTASAPGPA A PDPPGTGA ...文字列:
MAALAEEQTE VAVKLEPEGP PTLLPPQAGD GAGEGSGGTT NNGPNGGGGN VAASSSTGGD GGTPKPTVAV SAAAPAGAAP VPAAAPDAG APHDRQTLLA VLQFLRQSKL REAEEALRRE AGLLEEAVAG SGAPGEVDSA GAEVTSALLS RVTASAPGPA A PDPPGTGA SGATVVSGSA SGPAAPGKVG SVAVEDQPDV SAVLSAYNQQ GDPTMYEEYY SGLKHFIECS LDCHRAELSQ LF YPLFVHM YLELVYNQHE NEAKSFFEKF HGDQECYYQD DLRVLSSLTK KEHMKGNETM LDFRTSKFVL RISRDSYQLL KRH LQEKQN NQIWNIVQEH LYIDIFDGMP RSKQQIDAMV GSLAGEAKRE ANKSKVFFGL LKEPEIEVPL DDEDEEGENE EGKP KKKKP KKDSIGSKSK KQDPNAPPQN RIPLPELKDS DKLDKIMNMK ETTKRVRLGP DCLPSICFYT FLNAYQGLTA VDVTD DSSL IAGGFADSTV RVWSVTPKKL RSVKQASDLS LIDKESDDVL ERIMDEKTAS ELKILYGHSG PVYGASFSPD RNYLLS SSE DGTVRLWSLQ TFTCLVGYKG HNYPVWDTQF SPYGYYFVSG GHDRVARLWA TDHYQPLRIF AGHLADVNCT RFHPNSN YV ATGSADRTVR LWDVLNGNCV RIFTGHKGPI HSLTFSPNGR FLATGATDGR VLLWDIGHGL MVGELKGHTD TVCSLRFS R DGEILASGSM DNTVRLWDAI KAFEDLETDD FTTATGHINL PENSQELLLG TYMTKSTPVV HLHFTRRNLV LAAGAYSPQ

-
分子 #3: Transcription initiation factor TFIID subunit 6

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.749297 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAEEKKLKLS NTVLPSESMK VVAESMGIAQ IQEETCQLLT DEVSYRIKEI AQDALKFMHM GKRQKLTTSD IDYALKLKNV EPLYGFHAQ EFIPFRFASG GGRELYFYEE KEVDLSDIIN TPLPRVPLDV CLKAHWLSIE GCQPAIPENP PPAPKEQQKA E ATEPLKSA ...文字列:
MAEEKKLKLS NTVLPSESMK VVAESMGIAQ IQEETCQLLT DEVSYRIKEI AQDALKFMHM GKRQKLTTSD IDYALKLKNV EPLYGFHAQ EFIPFRFASG GGRELYFYEE KEVDLSDIIN TPLPRVPLDV CLKAHWLSIE GCQPAIPENP PPAPKEQQKA E ATEPLKSA KPGQEEDGPL KGKGQGATTA DGKGKEKKAP PLLEGAPLRL KPRSIHELSV EQQLYYKEIT EACVGSCEAK RA EALQSIA TDPGLYQMLP RFSTFISEGV RVNVVQNNLA LLIYLMRMVK ALMDNPTLYL EKYVHELIPA VMTCIVSRQL CLR PDVDNH WALRDFAARL VAQICKHFST TTNNIQSRIT KTFTKSWVDE KTPWTTRYGS IAGLAELGHD VIKTLILPRL QQEG ERIRS VLDGPVLSNI DRIGADHVQS LLLKHCAPVL AKLRPPPDNQ DAYRAEFGSL GPLLCSQVVK ARAQAALQAQ QVNRT TLTI TQPRPTLTLS QAPQPGPRTP GLLKVPGSIA LPVQTLVSAR AAAPPQPSPP PTKFIVMSSS SSAPSTQQVL SLSTSA PGS GSTTTSPVTT TVPSVQPIVK LVSTATTAPP STAPSGPGSV QKYIVVSLPP TGEGKGGPTS HPSPVPPPAS SPSPLSG SA LCGGKQEAGD SPPPAPGTPK ANGSQPNSGS PQPAP

-
分子 #4: Transcription initiation factor TFIID subunit 8

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.304359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADAAATAGA GGSGTRSGSK QSTNPADNYH LARRRTLQVV VSSLLTEAGF ESAEKASVET LTEMLQSYIS EIGRSAKSYC EHTARTQPT LSDIVVTLVE MGFNVDTLPA YAKRSQRMVI TAPPVTNQPV TPKALTAGQN RPHPPHIPSH FPEFPDPHTY I KTPTYREP ...文字列:
MADAAATAGA GGSGTRSGSK QSTNPADNYH LARRRTLQVV VSSLLTEAGF ESAEKASVET LTEMLQSYIS EIGRSAKSYC EHTARTQPT LSDIVVTLVE MGFNVDTLPA YAKRSQRMVI TAPPVTNQPV TPKALTAGQN RPHPPHIPSH FPEFPDPHTY I KTPTYREP VSDYQVLREK AASQRRDVER ALTRFMAKTG ETQSLFKDDV STFPLIAARP FTIPYLTALL PSELEMQQME ET DSSEQDE QTDTENLALH ISMEDSGAEK ENTSVLQQNP SLSGSRNGEE NIIDNPYLRP VKKPKIRRKK SLS

-
分子 #5: Transcription initiation factor TFIID subunit 9

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.006838 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MESGKTASPK SMPKDAQMMA QILKDMGITE YEPRVINQML EFAFRYVTTI LDDAKIYSSH AKKATVDADD VRLAIQCRAD QSFTSPPPR DFLLDIARQR NQTPLPLIKP YSGPRLPPDR YCLTAPNYRL KSLQKKASTS AGRITVPRLS VGSVTSRPST P TLGTPTPQ ...文字列:
MESGKTASPK SMPKDAQMMA QILKDMGITE YEPRVINQML EFAFRYVTTI LDDAKIYSSH AKKATVDADD VRLAIQCRAD QSFTSPPPR DFLLDIARQR NQTPLPLIKP YSGPRLPPDR YCLTAPNYRL KSLQKKASTS AGRITVPRLS VGSVTSRPST P TLGTPTPQ TMSVSTKVGT PMSLTGQRFT VQMPTSQSPA VKASIPATSA VQNVLINPSL IGSKNILITT NMMSSQNTAN ES SNALKRK REDDDDDDDD DDDYDNL

-
分子 #6: Transcription initiation factor TFIID subunit 10

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.731248 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSCSGSGADP EAAPASAASA PGPAPPVSAP AALPSSTAAE NKASPAGTAG GPGAGAAAGG TGPLAARAGE PAERRGAAPV SAGGAAPPE GAISNGVYVL PSAANGDVKP VVSSTPLVDF LMQLEDYTPT IPDAVTGYYL NRAGFEASDP RIIRLISLAA Q KFISDIAN ...文字列:
MSCSGSGADP EAAPASAASA PGPAPPVSAP AALPSSTAAE NKASPAGTAG GPGAGAAAGG TGPLAARAGE PAERRGAAPV SAGGAAPPE GAISNGVYVL PSAANGDVKP VVSSTPLVDF LMQLEDYTPT IPDAVTGYYL NRAGFEASDP RIIRLISLAA Q KFISDIAN DALQHCKMKG TASGSSRSKS KDRKYTLTME DLTPALSEYG INVKKPHYFT

-
分子 #7: Transcription initiation factor TFIID subunit 12

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.948467 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MNQFGPSALI NLSNFSSIKP EPASTPPQGS MANSTAVVKI PGTPGAGGRL SPENNQVLTK KKLQDLVREV DPNEQLDEDV EEMLLQIAD DFIESVVTAA CQLARHRKSS TLEVKDVQLH LERQWNMWIP GFGSEEIRPY KKACTTEAHK QRMALIRKTT K K

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッド材質: GOLD / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 63.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84427

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7egg:
TFIID lobe B subcomplex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る