+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3075 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cyclophilin A Stabilizes HIV-1 Capsid through a Novel Non-canonical Binding Site | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of HIV-1 capsid with Cypa | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu C / Perilla JR / Ning J / Lu M / Hou G / Ramalhu R / Bedwell GJ / Ahn J / Shi J / Gronenborn AM ...Liu C / Perilla JR / Ning J / Lu M / Hou G / Ramalhu R / Bedwell GJ / Ahn J / Shi J / Gronenborn AM / Prevelige Jr PE / Rousso I / Aiken C / Polenova T / Schulten K / Zhang P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Cyclophilin A stabilizes the HIV-1 capsid through a novel non-canonical binding site. 著者: Chuang Liu / Juan R Perilla / Jiying Ning / Manman Lu / Guangjin Hou / Ruben Ramalho / Benjamin A Himes / Gongpu Zhao / Gregory J Bedwell / In-Ja Byeon / Jinwoo Ahn / Angela M Gronenborn / ...著者: Chuang Liu / Juan R Perilla / Jiying Ning / Manman Lu / Guangjin Hou / Ruben Ramalho / Benjamin A Himes / Gongpu Zhao / Gregory J Bedwell / In-Ja Byeon / Jinwoo Ahn / Angela M Gronenborn / Peter E Prevelige / Itay Rousso / Christopher Aiken / Tatyana Polenova / Klaus Schulten / Peijun Zhang / 要旨: The host cell factor cyclophilin A (CypA) interacts directly with the HIV-1 capsid and regulates viral infectivity. Although the crystal structure of CypA in complex with the N-terminal domain of the ...The host cell factor cyclophilin A (CypA) interacts directly with the HIV-1 capsid and regulates viral infectivity. Although the crystal structure of CypA in complex with the N-terminal domain of the HIV-1 capsid protein (CA) has been known for nearly two decades, how CypA interacts with the viral capsid and modulates HIV-1 infectivity remains unclear. We determined the cryoEM structure of CypA in complex with the assembled HIV-1 capsid at 8-Å resolution. The structure exhibits a distinct CypA-binding pattern in which CypA selectively bridges the two CA hexamers along the direction of highest curvature. EM-guided all-atom molecular dynamics simulations and solid-state NMR further reveal that the CypA-binding pattern is achieved by single-CypA molecules simultaneously interacting with two CA subunits, in different hexamers, through a previously uncharacterized non-canonical interface. These results provide new insights into how CypA stabilizes the HIV-1 capsid and is recruited to facilitate HIV-1 infection. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3075.map.gz | 91.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-3075-v30.xml emd-3075.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMDB_3075.png | 389.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3075 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3075 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3075.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstruction of HIV-1 capsid with Cypa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Helical assembly of HIV-1 capsid protein and host cell factor Cyc...
全体 | 名称: Helical assembly of HIV-1 capsid protein and host cell factor Cyclophilin A |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Helical assembly of HIV-1 capsid protein and host cell factor Cyc...
超分子 | 名称: Helical assembly of HIV-1 capsid protein and host cell factor Cyclophilin A タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: hexamer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 実験値: 42 KDa / 理論値: 42 KDa |
-分子 #1: Human immunodeficiency virus 1
分子 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: HIV-1 capsid protein with CypA / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 実験値: 42 KDa / 理論値: 42 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 1M NaCl,50mM Tris-Hcl |
グリッド | 詳細: Glow discharged perforated Quantifoil R2/1 grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 手法: With 2.5 uL sample on carbon side, add 3 uL dilution buffer (100 mM NaCl, 50 mM Tris, pH 8.0) to back side. Blot 3-5 seconds from back side. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
日付 | 2013年6月20日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.349 µm / 実像数: 19 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 7.393 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 138.133 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, IHRSR |
詳細 | The particles were aligned using IHRSR |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
---|---|
ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
---|---|
ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |