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- EMDB-30420: Structure of the far-red light utilizing photosystem I of Acaryoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30420
タイトルStructure of the far-red light utilizing photosystem I of Acaryochloris marina光化学系I
マップデータPostprocess_masked.mrc
試料
  • 複合体: Photosystem I complex from Acaryochloris marina光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 9種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 ...photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I iron-sulfur center
類似検索 - 構成要素
生物種Acaryochloris marina (バクテリア) / Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) / Acaryochloris marina MBIC110017 (バクテリア) / Acaryochloris marina MBIC 11017 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kawakami K / Yonekura K / Hamaguchi T / Kashino Y / Shinzawa-Itoh K / Inoue-Kashino N / Itoh S / Ifuku K / Yamashita E
資金援助 日本, 5件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H05175 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H04757 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H06554 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06684 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of the far-red light utilizing photosystem I of Acaryochloris marina.
著者: Tasuku Hamaguchi / Keisuke Kawakami / Kyoko Shinzawa-Itoh / Natsuko Inoue-Kashino / Shigeru Itoh / Kentaro Ifuku / Eiki Yamashita / Kou Maeda / Koji Yonekura / Yasuhiro Kashino /
要旨: Acaryochloris marina is one of the cyanobacterial species that can use far-red light to drive photochemical reactions for oxygenic photosynthesis. Here, we report the structure of A. marina ...Acaryochloris marina is one of the cyanobacterial species that can use far-red light to drive photochemical reactions for oxygenic photosynthesis. Here, we report the structure of A. marina photosystem I (PSI) reaction center, determined by cryo-electron microscopy at 2.58 Å resolution. The structure reveals an arrangement of electron carriers and light-harvesting pigments distinct from other type I reaction centers. The paired chlorophyll, or special pair (also referred to as P740 in this case), is a dimer of chlorophyll d and its epimer chlorophyll d'. The primary electron acceptor is pheophytin a, a metal-less chlorin. We show the architecture of this PSI reaction center is composed of 11 subunits and we identify key components that help explain how the low energy yield from far-red light is efficiently utilized for driving oxygenic photosynthesis.
履歴
登録2020年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2021年5月5日-
現状2021年5月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0064
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0064
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • 原子モデル: PDB-7coy
  • 表面レベル: 0.0055
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7coy
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30420.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30420.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocess_masked.mrc
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00637 / ムービー #1: 0.0064
最小 - 最大-0.046826307 - 0.07514111
平均 (標準偏差)2.1081954e-05 (±0.0014213339)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 356.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z330330330
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z356.400356.400356.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS330330330
D min/max/mean-0.0470.0750.000

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添付データ

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追加マップ: Local resolution map

ファイルemd_30420_additional_1.map
注釈Local_resolution_map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: run half1 class001 unfil.mrc

ファイルemd_30420_half_map_1.map
注釈run_half1_class001_unfil.mrc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: run half2 class001 unfil.mrc

ファイルemd_30420_half_map_2.map
注釈run_half2_class001_unfil.mrc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I complex from Acaryochloris marina

全体名称: Photosystem I complex from Acaryochloris marina光化学系I
要素
  • 複合体: Photosystem I complex from Acaryochloris marina光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I protein PsaD光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I protein PsaF光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I protein Psa27光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I protein PsaL光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I protein PsaM光化学系I
  • リガンド: CHLOROPHYLL D ISOMER
  • リガンド: PHEOPHYTIN Aフェオフィチン
  • リガンド: CHLOROPHYLL D
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Photosystem I complex from Acaryochloris marina

超分子名称: Photosystem I complex from Acaryochloris marina / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina (バクテリア)

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) / 株: MBIC 11017
分子量理論値: 83.470539 KDa
配列文字列: MTTSPGGPET KGRTAEVDIN PVSASLEVAG KPGHFNKSLS KGPQTTTWIW NLHALAHDFD TQTNDLEEIS RKIFSAHFGH LSIIFVWIS GMIFHAARFS NYYAWLADPL GNKPSAHVVW PIVGQDILNA DVGNGFRGVQ ITSGLFHILR GAGMTDPGEL Y SAAIGALV ...文字列:
MTTSPGGPET KGRTAEVDIN PVSASLEVAG KPGHFNKSLS KGPQTTTWIW NLHALAHDFD TQTNDLEEIS RKIFSAHFGH LSIIFVWIS GMIFHAARFS NYYAWLADPL GNKPSAHVVW PIVGQDILNA DVGNGFRGVQ ITSGLFHILR GAGMTDPGEL Y SAAIGALV AAVVMMYAGY YHYHKKAPKL EWFQNAESTM THHLIVLLGL GNLAWTGHLI HVSLPVNKLL DSGVAPQDIP IP HEFLFDN GFMADLYPSF AQGLMPYFTL NWGAYSDFLT FKGGLDPTTG GLWMTDIAHH HLALAVMYII AGHMYRTNWG IGH SMKEIM ESHKGPFTGE GHKGLYEVLT TSWHAQLAIN LATWGSFSII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLNLFVHHMW IGGF LIVGG AAHAAIFMVR DYDPAVNQNN VLDRMLRHRD TIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDNMRSL GRPQDMFSDT AIQLQ PIFS QWVQNLQANV AGTIRAPLAE GASSLAWGGD PLFVGGKVAM QHVSLGTADF MIHHIHAFQI HVTVLILIKG VLYARS SRL IPDKANLGFR FPCDGPGRGG TCQSSGWDHI FLGLFWMYNC ISIVNFHFFW KMQSDVWGAA NANGGVNYLT AGNWAQS SI TINGWLRDFL WAQSVQVINS YGSALSAYGI LFLGAHFIWA FSLMFLFSGR GYWQELIESI VWAHSKLKIA PAIQPRAM S ITQGRAVGLG HYLLGGIVTS WSFYLARILA LG

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC110017 (バクテリア)
株: MBIC 11017
分子量理論値: 82.210555 KDa
配列文字列: MATKFPSFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATVHD FETHDGMTEE NLYQKIFATH FGHLSIIFLW SAGHLFHVAW QGNFEQWIQD PLTIRPIAH AIWDPHLGDA ATQAFTQAGA SGPVDLCYSG LYQWWYTIGM RTNGDLYIGS VFLMIVAAVM LFAGWLHLQP K FRPSLAWF ...文字列:
MATKFPSFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATVHD FETHDGMTEE NLYQKIFATH FGHLSIIFLW SAGHLFHVAW QGNFEQWIQD PLTIRPIAH AIWDPHLGDA ATQAFTQAGA SGPVDLCYSG LYQWWYTIGM RTNGDLYIGS VFLMIVAAVM LFAGWLHLQP K FRPSLAWF RDAESQMNHH LAVLFGASSL GWTGHLIHVA IPEARGQHVG WDNFLSTMPH PAGLAPFFTG RWGVYAQNPD TA GHIFGTS EGAGTAIITF IGGFHPQTEA LWLTDIAHHH LAIAVMYIIA GHMYRTQFGI GHSMKEILEA HTPPSGMLGD AHK GLYDTY NESLHFQLGF HLAALGVITS VVAQHMYSLP SYAFISQDHV TQAALYTHHQ YIAGILAIGA FAHGGIFFVR DYDP ERNKN NVLARALEHK EAIISHLSWV SMFSGFHTLG VYVHNDTVVA FGTPEKQILV EPIFAQWIQA AHGKLLLGFE TLLSN PNGL AYNPPNISPD VFVPGWVEAM NNPVIGPFMS QGPGDFLVHH GIAFSLHVTV LICVKGCLDA RGSKLMPDKK DFGYSF PCD GPGRGGTCDI SAWDSFYLAF FWMLNTIGWI VFYFNWKHLA IWSGNEAQFN TNSTYLMGWL RDYLWGYSAQ LINGYTP FG VNSLSVWAWI FLLGHLCWAT GFLFLISWRG YWQELIETLV WAHQRTPLAN LVTWKDKPVA LSIVQGRLVG LVHFAVGY Y VTYAAFVIGA TAPLG

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC110017 (バクテリア)
株: MBIC 11017
分子量理論値: 8.825207 KDa
配列文字列:
MSHTVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAGQIA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

+
分子 #4: Photosystem I protein PsaD

分子名称: Photosystem I protein PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC110017 (バクテリア)
株: MBIC 11017
分子量理論値: 15.114146 KDa
配列文字列:
MAETLTGQTP LFGGSTGGLL SSAETEEKYA ITWTSPKQQV FEMPTGGAAV MNEGENLLYL ARKEQCLALG LRQLRTKKIM DYKIYRVLP DGSNTLLHPK DGVFPEKSNE GRAAVNSVAR SIGENPNPGA IKYTGKKAYD

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC110017 (バクテリア)
株: MBIC 11017
分子量理論値: 9.560822 KDa
配列文字列:
MVQRGSKVRI LRPESYWFRE IGTVASVDQS GIKYPVIVRF DTCNYNGISG TAAGINTNNF GVHELEEVEA PKGGKKPAAK PAAAPKAEG

+
分子 #6: Photosystem I protein PsaF

分子名称: Photosystem I protein PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC110017 (バクテリア)
株: MBIC 11017
分子量理論値: 17.844621 KDa
配列文字列:
MRRLFAVLLV MTLFLGVVPP ASADIGGLVP CSESPKFQER AAKARNTTAD PNSGQKRFEM YSSALCGPED GLPRIIAGGP MRRAGDFLI PGLFFIYIAG GIGNSSRNYQ IANRKKNAKN PAMGEIIIDV PLAVSSTIAG MAWPLTAFRE LTSGELTVPD S DVTVSPR

+
分子 #7: Photosystem I protein Psa27

分子名称: Photosystem I protein Psa27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) / 株: MBIC 11017
分子量理論値: 3.648337 KDa
配列文字列:
MISDILPAIM TPLVVLIGGG AAMTAFFYYV EREG

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC110017 (バクテリア)
株: MBIC 11017
分子量理論値: 5.900939 KDa
配列文字列:
MGDVPLKIDS EKDFMKFFST APVIALVFFT LTAGFLVELN RFFPDILFFP Y

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC 11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017
分子量理論値: 9.289071 KDa
配列文字列:
MHPILLTTFE SHPWTVNTGI LMLFINLLMV FLGRYAIKYP GQGPALPIGV PDSMKDFGVP EMLATGVFAH WIGAGMILGL RSAGAL

+
分子 #10: Photosystem I protein PsaL

分子名称: Photosystem I protein PsaL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC 11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017
分子量理論値: 15.349588 KDa
配列文字列:
MTMDLVKHGG DPLVGDLATP VNSSGIVKAW INNLPAYRKG MSANARGLEI GMAHGYYLYG PFATSGPIRG TTMSLVSGVL SASAVVIVL SVAIQIYSSV SSAKPLPSVT TADPGSDFGT KEGWSAVGSG FLIGGCGGAV IAGVLSYAIA AFVG

+
分子 #11: Photosystem I protein PsaM

分子名称: Photosystem I protein PsaM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア) / 株: MBIC 11017
分子量理論値: 3.190899 KDa
配列文字列:
MELSDLQIVI ALVVALLPAL LALNLGSALS K

+
分子 #12: CHLOROPHYLL D ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL D ISOMER / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: G9R
分子量理論値: 895.462 Da
Chemical component information

ChemComp-G9R:
CHLOROPHYLL D ISOMER

+
分子 #13: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 6 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン

+
分子 #14: CHLOROPHYLL D

分子名称: CHLOROPHYLL D / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 210 / 式: CL7
分子量理論値: 895.462 Da
Chemical component information

ChemComp-CL7:
CHLOROPHYLL D / Chlorophyll d

+
分子 #15: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 36 / 式: UNL
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #16: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #17: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 6 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #18: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 9 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #19: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #20: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 84 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 85.7 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 86419
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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