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- EMDB-30277: Cryo EM map of the interface between NTD of SARS-CoV-2 and 4A8 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30277
タイトルCryo EM map of the interface between NTD of SARS-CoV-2 and 4A8
マップデータcryo EM map of the interface between NTD of SARS-CoV-2 and 4A8
試料
  • 複合体: interface between NTD of SARS-CoV-2 and 4A8
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yan RH / Zhang YY / Guo YY / Li YN / Xia L / Zhou Q
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971123 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81920108015 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: A neutralizing human antibody binds to the N-terminal domain of the Spike protein of SARS-CoV-2.
著者: Xiangyang Chi / Renhong Yan / Jun Zhang / Guanying Zhang / Yuanyuan Zhang / Meng Hao / Zhe Zhang / Pengfei Fan / Yunzhu Dong / Yilong Yang / Zhengshan Chen / Yingying Guo / Jinlong Zhang / ...著者: Xiangyang Chi / Renhong Yan / Jun Zhang / Guanying Zhang / Yuanyuan Zhang / Meng Hao / Zhe Zhang / Pengfei Fan / Yunzhu Dong / Yilong Yang / Zhengshan Chen / Yingying Guo / Jinlong Zhang / Yaning Li / Xiaohong Song / Yi Chen / Lu Xia / Ling Fu / Lihua Hou / Junjie Xu / Changming Yu / Jianmin Li / Qiang Zhou / Wei Chen /
要旨: Developing therapeutics against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) could be guided by the distribution of epitopes, not only on the receptor binding domain (RBD) of the ...Developing therapeutics against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) could be guided by the distribution of epitopes, not only on the receptor binding domain (RBD) of the Spike (S) protein but also across the full Spike (S) protein. We isolated and characterized monoclonal antibodies (mAbs) from 10 convalescent COVID-19 patients. Three mAbs showed neutralizing activities against authentic SARS-CoV-2. One mAb, named 4A8, exhibits high neutralization potency against both authentic and pseudotyped SARS-CoV-2 but does not bind the RBD. We defined the epitope of 4A8 as the N-terminal domain (NTD) of the S protein by determining with cryo-eletron microscopy its structure in complex with the S protein to an overall resolution of 3.1 angstroms and local resolution of 3.3 angstroms for the 4A8-NTD interface. This points to the NTD as a promising target for therapeutic mAbs against COVID-19.
履歴
登録2020年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月1日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2020年8月19日-
現状2020年8月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30277.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30277.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo EM map of the interface between NTD of SARS-CoV-2 and 4A8
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.07347295 - 0.124248266
平均 (標準偏差)0.0002534746 (±0.0023612755)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 313.056 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z313.056313.056313.056
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ510510510
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0730.1240.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : interface between NTD of SARS-CoV-2 and 4A8

全体名称: interface between NTD of SARS-CoV-2 and 4A8
要素
  • 複合体: interface between NTD of SARS-CoV-2 and 4A8

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超分子 #1: interface between NTD of SARS-CoV-2 and 4A8

超分子名称: interface between NTD of SARS-CoV-2 and 4A8 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 217743

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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