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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30233 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human pathogen Mycoplasma pneumoniae P1 | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Sialic acid receptor / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 attachment organelle / adhesion of symbiont to microvasculature / cell projection / 細胞膜 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Kawamoto A / Kenri T | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Immunodominant proteins P1 and P40/P90 from human pathogen Mycoplasma pneumoniae. 著者: David Vizarraga / Akihiro Kawamoto / U Matsumoto / Ramiro Illanes / Rosa Pérez-Luque / Jesús Martín / Rocco Mazzolini / Paula Bierge / Oscar Q Pich / Mateu Espasa / Isabel Sanfeliu / ...著者: David Vizarraga / Akihiro Kawamoto / U Matsumoto / Ramiro Illanes / Rosa Pérez-Luque / Jesús Martín / Rocco Mazzolini / Paula Bierge / Oscar Q Pich / Mateu Espasa / Isabel Sanfeliu / Juliana Esperalba / Miguel Fernández-Huerta / Margot P Scheffer / Jaume Pinyol / Achilleas S Frangakis / Maria Lluch-Senar / Shigetarou Mori / Keigo Shibayama / Tsuyoshi Kenri / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Ignacio Fita / Makoto Miyata / David Aparicio / 要旨: Mycoplasma pneumoniae is a bacterial human pathogen that causes primary atypical pneumonia. M. pneumoniae motility and infectivity are mediated by the immunodominant proteins P1 and P40/P90, which ...Mycoplasma pneumoniae is a bacterial human pathogen that causes primary atypical pneumonia. M. pneumoniae motility and infectivity are mediated by the immunodominant proteins P1 and P40/P90, which form a transmembrane adhesion complex. Here we report the structure of P1, determined by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, and the X-ray structure of P40/P90. Contrary to what had been suggested, the binding site for sialic acid was found in P40/P90 and not in P1. Genetic and clinical variability concentrates on the N-terminal domain surfaces of P1 and P40/P90. Polyclonal antibodies generated against the mostly conserved C-terminal domain of P1 inhibited adhesion of M. pneumoniae, and serology assays with sera from infected patients were positive when tested against this C-terminal domain. P40/P90 also showed strong reactivity against human infected sera. The architectural elements determined for P1 and P40/P90 open new possibilities in vaccine development against M. pneumoniae infections. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30233.map.gz | 6.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30233-v30.xml emd-30233.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30233.png | 132.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30233.cif.gz | 6.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30233 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30233 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7bwmMC 6rc9C 6rj1C 6tlzC 6tm0C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10518 (タイトル: Cryo-EM structure of immunodominant protein P1 from human pathogen Mycoplasma pneumoniae on graphene oxide grid Data size: 8.0 TB Data #1: Unaligned 136-frame movies of human pathogen Mycoplasma pneumoniae P1 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned 78-frame movies of human pathogen Mycoplasma pneumoniae P1 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.69 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Nap protein P1
全体 | 名称: Nap protein P1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Nap protein P1
超分子 | 名称: Nap protein P1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 170 kDa/nm |
-分子 #1: Adhesin P1
分子 | 名称: Adhesin P1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) / 株: M129 |
分子量 | 理論値: 143.778484 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: NAINPRLTPW TYRNTSFSSL PLTGENPGAW ALVRDNSAKG ITAGSGSQQT TYDPTRTEAA LTASTTFALR RYDLAGRALY DLDFSKLNP QTPTRDQTGQ ITFNPFGGFG LSGAAPQQWN EVKNKVPVEV AQDPSNPYRF AVLLVPRSVV YYEQLQRGLG L PQQRTESG ...文字列: NAINPRLTPW TYRNTSFSSL PLTGENPGAW ALVRDNSAKG ITAGSGSQQT TYDPTRTEAA LTASTTFALR RYDLAGRALY DLDFSKLNP QTPTRDQTGQ ITFNPFGGFG LSGAAPQQWN EVKNKVPVEV AQDPSNPYRF AVLLVPRSVV YYEQLQRGLG L PQQRTESG QNTSTTGAMF GLKVKNAEAD TAKSNEKLQG AEATGSSTTS GSGQSTQRGG SSGDTKVKAL KIEVKKKSDS ED NGQLQLE KNDLANAPIK RSEESGQSVQ LKADDFGTAL SSSGSGGNSN PGSPTPWRPW LATEQIHKDL PKWSASILIL YDA PYARNR TAIDRVDHLD PKAMTANYPP SWRTPKWNHH GLWDWKARDV LLQTTGFFNP RRHPEWFDGG QTVADNEKTG FDVD NSENT KQGFQKEADS DKSAPIALPF EAYFANIGNL TWFGQALLVF GGNGHVTKSA HTAPLSIGVF RVRYNATGTS ATVTG WPYA LLFSGMVNKQ TDGLKDLPFN NNRWFEYVPR MAVAGAKFVG RELVLAGTIT MGDTATVPRL LYDELESNLN LVAQGQ GLL REDLQLFTPY GWANRPDLPI GAWSSSSSSS HNAPYYFHNN PDWQDRPIQN VVDAFIKPWE DKNGKDDAKY IYPYRYS GM WAWQVYNWSN KLTDQPLSAD FVNENAYQPN SLFAAILNPE LLAALPDKVK YGKENEFAAN EYERFNQKLT VAPTQGTN W SHFSPTLSRF STGFNLVGSV LDQVLDYVPW IGNGYRYGNN HRGVDDITAP QTSAGSSSGI STNTSGSRSF LPTFSNIGV GLKANVQATL GGSQTMITGG SPRRTLDQAN LQLWTGAGWR NDKASSGQSD ENHTKFTSAT GMDQQGQSGT SAGNPDSLKQ DNISKSGDS LTTQDGNAID QQEATNYTNL PPNLTPTADW PNALSFTNKN NAQRAQLFLR GLLGSIPVLV NRSGSDSNKF Q ATDQKWSY TDLHSDQTKL NLPAYGEVNG LLNPALVETY FGNTRAGGSG SNTTSSPGIG FKIPEQNNDS KATLITPGLA WT PQDVGNL VVSGTTVSFQ LGGWLVTFTD FVKPRAGYLG LQLTGLDASD ATQRALIWAP RPWAAFRGSW VNRLGRVESV WDL KGVWAD QAQSDSQGST TTATRNALPE HPNALAFQVS VVEASAYKPN TSSGQTQSTN SSPYLHLVKP KKVTQSDKLD DDLK NLLDP NQVRTKLRQS FGTDHSTQPQ PQSLKTTTPV FGTSSGNLSS VLSGGGAGGG SSGSGQSGVD LSPVEKVSGW LVGQL PSTS DGNTSSTNNL APNTNTGNDV VGVGRLSESN AAKMNDDVDG IVRT UniProtKB: Adhesin P1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 96000 |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 78.9 K / 最高: 78.9 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 5279 / 平均露光時間: 36.33 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 68014 |