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- EMDB-30182: EcoR124I-DNA in the Restriction-Alleviation State -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30182
タイトルEcoR124I-DNA in the Restriction-Alleviation State
マップデータ
試料
  • 複合体: EcoR124I-DNA
    • タンパク質・ペプチド: Type I restriction enzyme EcoR124II M protein
    • DNA: DNA (64-MER)
    • DNA: DNA (64-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Type-1 restriction enzyme EcoR124II specificity protein
    • タンパク質・ペプチド: Type I restriction enzyme R Protein
キーワードCryoelectron microscopy (低温電子顕微鏡法) / Innate immune mechanism / Complex / IMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


type I site-specific deoxyribonuclease / type I site-specific deoxyribonuclease activity / N-methyltransferase activity / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type I, methylase subunit / Type I restriction modification DNA specificity domain superfamily / Restriction endonuclease, type I, HsdR, N-terminal / Type I restriction enzyme R protein, C-terminal / SWI2/SNF2 ATPase / Type I restriction modification DNA specificity domain / Type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N) / Type I restriction and modification enzyme - subunit R C terminal / SWI2/SNF2 ATPase / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain ...Restriction endonuclease, type I, methylase subunit / Type I restriction modification DNA specificity domain superfamily / Restriction endonuclease, type I, HsdR, N-terminal / Type I restriction enzyme R protein, C-terminal / SWI2/SNF2 ATPase / Type I restriction modification DNA specificity domain / Type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N) / Type I restriction and modification enzyme - subunit R C terminal / SWI2/SNF2 ATPase / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / HsdM N-terminal domain / Type I restriction modification DNA specificity domain / Restriction endonuclease, type I, HsdR / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type I restriction enzyme EcoR124I/EcoR124II methylase subunit / Type I restriction enzyme EcoR124I/EcoR124II specificity subunit / Type I restriction enzyme EcoR124I/EcoR124II endonuclease subunit / Type I restriction enzyme EcoR124I/EcoR124II endonuclease subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.54 Å
データ登録者Gao Y / Gao P
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structural insights into assembly, operation and inhibition of a type I restriction-modification system.
著者: Yina Gao / Duanfang Cao / Jingpeng Zhu / Han Feng / Xiu Luo / Songqing Liu / Xiao-Xue Yan / Xinzheng Zhang / Pu Gao /
要旨: Type I restriction-modification (R-M) systems are widespread in prokaryotic genomes and provide robust protection against foreign DNA. They are multisubunit enzymes with methyltransferase, ...Type I restriction-modification (R-M) systems are widespread in prokaryotic genomes and provide robust protection against foreign DNA. They are multisubunit enzymes with methyltransferase, endonuclease and translocase activities. Despite extensive studies over the past five decades, little is known about the molecular mechanisms of these sophisticated machines. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of the representative EcoR124I R-M system in different assemblies (RMS, RMS and MS) bound to target DNA and the phage and mobile genetic element-encoded anti-restriction proteins Ocr and ArdA. EcoR124I can precisely regulate different enzymatic activities by adopting distinct conformations. The marked conformational transitions of EcoR124I are dependent on the intrinsic flexibility at both the individual-subunit and assembled-complex levels. Moreover, Ocr and ArdA use a DNA-mimicry strategy to inhibit multiple activities, but do not block the conformational transitions of the complexes. These structural findings, complemented by mutational studies of key intermolecular contacts, provide insights into assembly, operation and inhibition mechanisms of type I R-M systems.
履歴
登録2020年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月27日-
マップ公開2020年5月27日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0586
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0586
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7btq
  • 表面レベル: 0.0586
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30182.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30182.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0586 / ムービー #1: 0.0586
最小 - 最大-0.10761065 - 0.24138361
平均 (標準偏差)0.0003696872 (±0.0125310635)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 259.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z259.200259.200259.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.1080.2410.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EcoR124I-DNA

全体名称: EcoR124I-DNA
要素
  • 複合体: EcoR124I-DNA
    • タンパク質・ペプチド: Type I restriction enzyme EcoR124II M protein
    • DNA: DNA (64-MER)
    • DNA: DNA (64-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Type-1 restriction enzyme EcoR124II specificity protein
    • タンパク質・ペプチド: Type I restriction enzyme R Protein

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超分子 #1: EcoR124I-DNA

超分子名称: EcoR124I-DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Type I restriction enzyme EcoR124II M protein

分子名称: Type I restriction enzyme EcoR124II M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: Damメチラーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 58.07709 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKMTSIQQRA ELHRQIWQIA NDVRGSVDGW DFKQYVLGAL FYRFISENFS SYIEAGDDSI CYAKLDDSVI TDDIKDDAIK TKGYFIYPS QLFCNVAAKA NTNDRLNADL NSIFVAIESS AYGYPSEADI KGLFADFDTT SNRLGNTVKD KNARLAAVLK G VEGLKLGD ...文字列:
MKMTSIQQRA ELHRQIWQIA NDVRGSVDGW DFKQYVLGAL FYRFISENFS SYIEAGDDSI CYAKLDDSVI TDDIKDDAIK TKGYFIYPS QLFCNVAAKA NTNDRLNADL NSIFVAIESS AYGYPSEADI KGLFADFDTT SNRLGNTVKD KNARLAAVLK G VEGLKLGD FNEHQIDLFG DAYEFLISNY AANAGKSGGE FFTPQHVSKL IAQLAMHGQT HVNKIYDPAA GSGSLLLQAK KQ FDNHIIE EGFFGQEINH TTYNLARMNM FLHNINYDKF DIKLGNTLTE PHFRDEKPFD AIVSNPPYSV KWIGSDDPTL IND ERFAPA GVLAPKSKAD FAFVLHALNY LSAKGRAAIV CFPGIFYRGG AEQKIRQYLV DNNYVETVIS LAPNLFFGTT IAVN ILVLS KHKTDTNVQF IDASELFKKE TNNNILTDAH IEQIMQVFAS KEDVAHLAKS VAFETVVAND YNLSVSSYVE AKDNR EIID IAELNAELKT TVSKIDQLRK DIDAIVAEIE GCEVQK

UniProtKB: Type I restriction enzyme EcoR124I/EcoR124II methylase subunit

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分子 #4: Type-1 restriction enzyme EcoR124II specificity protein

分子名称: Type-1 restriction enzyme EcoR124II specificity protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 46.235773 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSEMSYLEKL LDGVEVEWLP LGEITKYEQP TKYLVKAKDY HDTYTIPVLT AGKTFILGYT NETHGIYQAS KAPVIIFDDF TTANKWVDF DFKAKSSAMK MVTSCDDNKT LLKYVYYWLN TLPSEFAEGD HKRQWISNYS QKKIPIPCPD NPEKSLAIQS E IVRILDKF ...文字列:
MSEMSYLEKL LDGVEVEWLP LGEITKYEQP TKYLVKAKDY HDTYTIPVLT AGKTFILGYT NETHGIYQAS KAPVIIFDDF TTANKWVDF DFKAKSSAMK MVTSCDDNKT LLKYVYYWLN TLPSEFAEGD HKRQWISNYS QKKIPIPCPD NPEKSLAIQS E IVRILDKF TALTAELTAE LNMRKKQYNY YRDQLLSFKE GEVEWKTLGE IGKWYGGGTP SKNKIEFWEN GSIPWISPKD MG RTLVDSS EDYITEEAVL HSSTKLIPAN SIAIVVRSSI LDKVLPSALI KVPATLNQDM KAVIPHENIL VKYIYHMIGS RGS DILRAA KKTGGSVASI DSKKLFSFKI PVPNINEQQR IVEILDKFDT LTNSITEGLP REIELRQKQY EYYRDLLFSF PKPE TVSN

UniProtKB: Type I restriction enzyme EcoR124I/EcoR124II specificity subunit

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分子 #5: Type I restriction enzyme R Protein

分子名称: Type I restriction enzyme R Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: type I site-specific deoxyribonuclease
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 120.278859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTHQTHTIAE SNNFIVLDKY IKAEPTGDSY QSESDLEREL IQDLRNQGYE FISVKSQSAM LANVREQLQN LNGVVFNDSE WRRFTEQYL DNPSDGILDK TRKIHIDYIC DFIFDDERLE NIYLIDKKNL MRNKVQIIQQ FEQAGSHANR YDVTILVNGL P LVQIELKK ...文字列:
MTHQTHTIAE SNNFIVLDKY IKAEPTGDSY QSESDLEREL IQDLRNQGYE FISVKSQSAM LANVREQLQN LNGVVFNDSE WRRFTEQYL DNPSDGILDK TRKIHIDYIC DFIFDDERLE NIYLIDKKNL MRNKVQIIQQ FEQAGSHANR YDVTILVNGL P LVQIELKK RGVAIREAFN QIHRYSKESF NSENSLFKYL QLFVISNGTD TRYFANTTKR DKNSFDFTMN WAKSDNTLIK DL KDFTATC FQKHTLLNVL VNYSVFDSSQ TLLVMRPYQI AATERILWKI KSSFTAKNWS KPESGGYIWH TTGSGKTLTS FKA ARLATE LDFIDKVFFV VDRKDLDYQT MKEYQRFSPD SVNGSENTAG LKRNLDKDDN KIIVTTIQKL NNLMKAESDL PVYN QQVVF IFDECHRSQF GEAQKNLKKK FKRYYQFGFT GTPIFPENAL GSETTASVFG RELHSYVITD AIRDEKVLKF KVDYN DVRP QFKSLETETD EKKLSAAENQ QAFLHPMRIQ EITQYILNNF RQKTHRTFPG SKGFNAMLAV SSVDAAKAYY ATFKRL QEE AANKSATYKP LRIATIFSFA ANEEQNAIGE ISDETFDTSA MDSSAKEFLD AAIREYNSHF KTNFSTDSNG FQNYYRD LA QRVKNQDIDL LIVVGMFLTG FDAPTLNTLF VDKNLRYHGL MQAFSRTNRI YDATKTFGNI VTFRDLERST IDAITLFG D KNTKNVVLEK SYTEYMEGFT DAATGEAKRG FMTVVSELEQ RFPDPTSIES EKEKKDFVKL FGEYLRAENI LQNYDEFAT LKALQQIDLS DPVAVEKFKA EHYVDDEKFA ELQTIRLPAD RKIQDYRSAY NDIRDWQRRE KEAEKKEKST TDWDDVVFEV DLLKSQEIN LDYILGLIFE HNRQNKGKGE MIEEVKRLIR SSLGNRAKEG LVVDFIQQTN LDDLPDKASI IDAFFTFAQR E QQREAEAL IKEENLNEDA AKRYIRTSLK REYATENGTE LNETLPKLSP LNPQYKTKKQ AVFQKIVSFI EKFKGVGGKI

UniProtKB: Type I restriction enzyme EcoR124I/EcoR124II endonuclease subunit

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分子 #2: DNA (64-MER)

分子名称: DNA (64-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 19.657736 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DG) ...文字列:
(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DA) (DC)(DA)(DC)(DC)

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分子 #3: DNA (64-MER)

分子名称: DNA (64-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 19.792592 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG) (DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA) ...文字列:
(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG) (DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DT) (DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 83797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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