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万見
- EMDB-2967: Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 in complex with anti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2967
タイトルCryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 in complex with antigen-binding fragments of human antibody 2D22
マップデータReconstruction of Dengue virus 2 strain PVP94/07 (a clinical isolate) in complex with human antibody 2D22 Fab
試料
  • 試料: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 (a clinical isolate) complexed with Fab fragments of human antibody 2D22.
  • ウイルス: Dengue Virus serotype 2 (デング熱ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Antigen-binding fragment of human antibody 2D22
キーワードdengue virus / human antibody (抗体) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / neutralization
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / endoplasmic reticulum membrane / virion membrane / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B ...: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope protein E / Genome polyprotein / カプシド / IgG L chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Dengue Virus serotype 2 (デング熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Fibriansah G / Ibarra KD / Ng TS / Smith SA / Tan JL / Lim XN / Ooi JSG / Kostyuchenko VA / Wang J / de Silva AM ...Fibriansah G / Ibarra KD / Ng TS / Smith SA / Tan JL / Lim XN / Ooi JSG / Kostyuchenko VA / Wang J / de Silva AM / Harris E / Crowe JE / Lok SM
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: DENGUE VIRUS. Cryo-EM structure of an antibody that neutralizes dengue virus type 2 by locking E protein dimers.
著者: Guntur Fibriansah / Kristie D Ibarra / Thiam-Seng Ng / Scott A Smith / Joanne L Tan / Xin-Ni Lim / Justin S G Ooi / Victor A Kostyuchenko / Jiaqi Wang / Aravinda M de Silva / Eva Harris / ...著者: Guntur Fibriansah / Kristie D Ibarra / Thiam-Seng Ng / Scott A Smith / Joanne L Tan / Xin-Ni Lim / Justin S G Ooi / Victor A Kostyuchenko / Jiaqi Wang / Aravinda M de Silva / Eva Harris / James E Crowe / Shee-Mei Lok /
要旨: There are four closely-related dengue virus (DENV) serotypes. Infection with one serotype generates antibodies that may cross-react and enhance infection with other serotypes in a secondary infection. ...There are four closely-related dengue virus (DENV) serotypes. Infection with one serotype generates antibodies that may cross-react and enhance infection with other serotypes in a secondary infection. We demonstrated that DENV serotype 2 (DENV2)-specific human monoclonal antibody (HMAb) 2D22 is therapeutic in a mouse model of antibody-enhanced severe dengue disease. We determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of HMAb 2D22 complexed with two different DENV2 strains. HMAb 2D22 binds across viral envelope (E) proteins in the dimeric structure, which probably blocks the E protein reorganization required for virus fusion. HMAb 2D22 "locks" two-thirds of or all dimers on the virus surface, depending on the strain, but neutralizes these DENV2 strains with equal potency. The epitope defined by HMAb 2D22 is a potential target for vaccines and therapeutics.
履歴
登録2015年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月15日-
マップ公開2015年7月15日-
更新2015年7月15日-
現状2015年7月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
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  • 表面レベル: 3
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  • 原子モデル: PDB-4uif
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4uif
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2967.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2967.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 500 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Dengue virus 2 strain PVP94/07 (a clinical isolate) in complex with human antibody 2D22 Fab
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.688 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-10.67656708 - 14.261778830000001
平均 (標準偏差)-0.05019815 (±0.96412933)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 864.256 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.6881.6881.688
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z864.256864.256864.256
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-256-256-256
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-10.67714.262-0.050

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 (a clinical isolate) comp...

全体名称: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 (a clinical isolate) complexed with Fab fragments of human antibody 2D22.
要素
  • 試料: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 (a clinical isolate) complexed with Fab fragments of human antibody 2D22.
  • ウイルス: Dengue Virus serotype 2 (デング熱ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Antigen-binding fragment of human antibody 2D22

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超分子 #1000: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 (a clinical isolate) comp...

超分子名称: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 (a clinical isolate) complexed with Fab fragments of human antibody 2D22.
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Dengue Virus serotype 2

超分子名称: Dengue Virus serotype 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 生物種: Dengue Virus serotype 2 / Sci species strain: PVP94/07 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 組換細胞: C6/36

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分子 #1: Antigen-binding fragment of human antibody 2D22

分子名称: Antigen-binding fragment of human antibody 2D22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: 180 copies of Fab 2D22 molecule bind to virus surface
コピー数: 180 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: memory B-cell
分子量理論値: 50 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA
グリッド詳細: ultra-thin carbon-coated lacey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: blotted with filter paper for 2 seconds prior to snap freezing

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0047 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
日付2014年2月5日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 94 / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, EMAN2, MPSA / 使用した粒子像数: 2485
詳細The particles were manually selected

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j27


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F
ソフトウェア名称: Chimera, NAMD/MDFF
詳細Initially fitted in Chimera and refined using NAMD/MDFF
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: real-space correlation
得られたモデル

PDB-4uif:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 in complex with antigen-binding fragments of human antibody 2D22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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