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- EMDB-2788: 3D structure of horse spleen apoferritin determined by electron c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2788
タイトル3D structure of horse spleen apoferritin determined by electron cryomicroscopy
マップデータReconstructed density map of horse spleen apoferritin
試料
  • 試料: Horse spleen apoferritin
  • タンパク質・ペプチド: FERRITIN LIGHT CHAIN
キーワードiron storage
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular ferritin complex / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / フェリチン / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Russo CJ / Passmore LA
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Electron microscopy: Ultrastable gold substrates for electron cryomicroscopy.
著者: Christopher J Russo / Lori A Passmore /
要旨: Despite recent advances, the structures of many proteins cannot be determined by electron cryomicroscopy because the individual proteins move during irradiation. This blurs the images so that they ...Despite recent advances, the structures of many proteins cannot be determined by electron cryomicroscopy because the individual proteins move during irradiation. This blurs the images so that they cannot be aligned with each other to calculate a three-dimensional density. Much of this movement stems from instabilities in the carbon substrates used to support frozen samples in the microscope. Here we demonstrate a gold specimen support that nearly eliminates substrate motion during irradiation. This increases the subnanometer image contrast such that α helices of individual proteins are resolved. With this improvement, we determine the structure of apoferritin, a smooth octahedral shell of α-helical subunits that is particularly difficult to solve by electron microscopy. This advance in substrate design will enable the solution of currently intractable protein structures.
履歴
登録2014年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年11月19日-
マップ公開2014年12月10日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4v1w
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2788.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstructed density map of horse spleen apoferritin
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.346 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.16 / ムービー #1: 0.16
最小 - 最大-0.47435945 - 0.5409019
平均 (標準偏差)0.00880841 (±0.05253635)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ132132132
Spacing132132132
セルA=B=C: 177.672 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3461.3461.346
M x/y/z132132132
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z177.672177.672177.672
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS132132132
D min/max/mean-0.4740.5410.009

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Horse spleen apoferritin

全体名称: Horse spleen apoferritin
要素
  • 試料: Horse spleen apoferritin
  • タンパク質・ペプチド: FERRITIN LIGHT CHAIN

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超分子 #1000: Horse spleen apoferritin

超分子名称: Horse spleen apoferritin / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 24 subunits combine to form one octahedral complex
Number unique components: 1
分子量理論値: 440 KDa

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分子 #1: FERRITIN LIGHT CHAIN

分子名称: FERRITIN LIGHT CHAIN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 集合状態: 24mer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Equus caballus (ウマ) / 別称: Horse / 組織: Spleen
分子量理論値: 18.5 KDa
配列UniProtKB: Ferritin light chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッド詳細: MRC-LMB all gold grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
日付2013年3月8日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 483

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2w0o


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I / Chain - #9 - Chain ID: J / Chain - #10 - Chain ID: K / Chain - #11 - Chain ID: L / Chain - #12 - Chain ID: M / Chain - #13 - Chain ID: N / Chain - #14 - Chain ID: O / Chain - #15 - Chain ID: P / Chain - #16 - Chain ID: Q / Chain - #17 - Chain ID: R / Chain - #18 - Chain ID: S / Chain - #19 - Chain ID: T / Chain - #20 - Chain ID: U / Chain - #21 - Chain ID: V / Chain - #22 - Chain ID: W / Chain - #23 - Chain ID: X
ソフトウェア名称: RefMac
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-4v1w:
3D structure of horse spleen apoferritin determined by electron cryomicroscopy

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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