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万見
- EMDB-27655: Intermediate resolution structure of barley (1,3;1,4)-beta-glucan... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27655
タイトルIntermediate resolution structure of barley (1,3;1,4)-beta-glucan synthase CslF6.
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Barley cellulose synthase-like F6
    • タンパク質・ペプチド: Cellulose synthase-like CslF6
機能・相同性plant-type cell wall organization or biogenesis / Cellulose synthase / Cellulose synthase / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / membrane => GO:0016020 / Cellulose synthase-like CslF6
機能・相同性情報
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Ho R / Purushotham P / Zimmer J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)CE1101007 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Mechanism of mixed-linkage glucan biosynthesis by barley cellulose synthase-like CslF6 (1,3;1,4)-β-glucan synthase.
著者: Pallinti Purushotham / Ruoya Ho / Long Yu / Geoffrey B Fincher / Vincent Bulone / Jochen Zimmer /
要旨: Mixed-linkage (1,3;1,4)-β-glucans, which are widely distributed in cell walls of the grasses, are linear glucose polymers containing predominantly (1,4)-β-linked glucosyl units interspersed with ...Mixed-linkage (1,3;1,4)-β-glucans, which are widely distributed in cell walls of the grasses, are linear glucose polymers containing predominantly (1,4)-β-linked glucosyl units interspersed with single (1,3)-β-linked glucosyl units. Their distribution in cereal grains and unique structures are important determinants of dietary fibers that are beneficial to human health. We demonstrate that the barley cellulose synthase-like CslF6 enzyme is sufficient to synthesize a high-molecular weight (1,3;1,4)-β-glucan in vitro. Biochemical and cryo-electron microscopy analyses suggest that CslF6 functions as a monomer. A conserved "switch motif" at the entrance of the enzyme's transmembrane channel is critical to generate (1,3)-linkages. There, a single-point mutation markedly reduces (1,3)-linkage formation, resulting in the synthesis of cellulosic polysaccharides. Our results suggest that CslF6 monitors the orientation of the nascent polysaccharide's second or third glucosyl unit. Register-dependent interactions with these glucosyl residues reposition the polymer's terminal glucosyl unit to form either a (1,3)- or (1,4)-β-linkage.
履歴
登録2022年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月30日-
マップ公開2022年11月30日-
更新2022年11月30日-
現状2022年11月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27655.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.453
最小 - 最大-15.062755 - 34.45666
平均 (標準偏差)-2.9489638e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27655_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27655_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Barley cellulose synthase-like F6

全体名称: Barley cellulose synthase-like F6
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Barley cellulose synthase-like F6
    • タンパク質・ペプチド: Cellulose synthase-like CslF6

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超分子 #1: Barley cellulose synthase-like F6

超分子名称: Barley cellulose synthase-like F6 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare (オオムギ)

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分子 #1: Cellulose synthase-like CslF6

分子名称: Cellulose synthase-like CslF6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare (オオムギ)
分子量理論値: 105.193797 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAPAVAGGGR VRSNEPVAAA AAAPAASGKP CVCGFQVCAC TGSAAVASAA SSLDMDIVAM GQIGAVNDES WVGVELGEDG ETDESGAAV DDRPVFRTEK IKGVLLHPYR VLIFVRLIAF TLFVIWRISH KNPDAMWLWV TSICGEFWFG FSWLLDQLPK L NPINRVPD ...文字列:
MAPAVAGGGR VRSNEPVAAA AAAPAASGKP CVCGFQVCAC TGSAAVASAA SSLDMDIVAM GQIGAVNDES WVGVELGEDG ETDESGAAV DDRPVFRTEK IKGVLLHPYR VLIFVRLIAF TLFVIWRISH KNPDAMWLWV TSICGEFWFG FSWLLDQLPK L NPINRVPD LAVLRQRFDR PDGTSTLPGL DIFVTTADPI KEPILSTANS VLSILAADYP VDRNTCYVSD DSGMLLTYEA LA ESSKFAT LWVPFCRKHG IEPRGPESYF ELKSHPYMGR AQDEFVNDRR RVRKEYDEFK ARINSLEHDI KQRNDGYNAA IAH SQGVPR PTWMADGTQW EGTWVDASEN HRRGDHAGIV LVLLNHPSHR RQTGPPASAD NPLDLSGVDV RLPMLVYVSR EKRP GHDHQ KKAGAMNALT RASALLSNSP FILNLDCDHY INNSQALRAG ICFMVGRDSD TVAFVQFPQR FEGVDPTDLY ANHNR IFFD GTLRALDGMQ GPIYVGTGCL FRRITVYGFD PPRINVGGPC FPRLAGLFAK TKYEKPGLEM TTAKAKAAPV PAKGKH GFL PLPKKTYGKS DAFVDTIPRA SHPSPYAAAA EGIVADEATI VEAVNVTAAA FEKKTGWGKE IGWVYDTVTE DVVTGYR MH IKGWRSRYCS IYPHAFIGTA PINLTERLFQ VLRWSTGSLE IFFSKNNPLF GSTYLHPLQR VAYINITTYP FTAIFLIF Y TTVPALSFVT GHFIVQRPTT MFYVYLGIVL STLLVIAVLE VKWAGVTVFE WFRNGQFWMT ASCSAYLAAV CQVLTKVIF RRDISFKLTS KLPSGDEKKD PYADLYVVRW TPLMITPIII IFVNIIGSAV AFAKVLDGEW THWLKVAGGV FFNFWVLFHL YPFAKGILG KHGKTPVVVL VWWAFTFVIT AVLYINIPHM HTSGGKHTTV HGHHGKKLVD TGLYGWLH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold2 predicted structure
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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