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- EMDB-27099: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27099
タイトルHuman CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 3xTEL template - local refined domains and merged
マップデータMerged map from three local refined domains.
試料
  • 複合体: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 3xTEL template - local refined domains and merged
    • タンパク質・ペプチド: CTC1
    • タンパク質・ペプチド: STN1
    • タンパク質・ペプチド: TEN1
    • タンパク質・ペプチド: PRIM1
    • タンパク質・ペプチド: PRIM2
    • タンパク質・ペプチド: POLA1
    • タンパク質・ペプチド: POLA2
    • DNA: C-3xTEL
キーワードtelomere (テロメア) / C-strand / preinitiation complex / 3xTEL template / local refinement / merged / REPLICATION-DNA complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者He Q / Lim C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM131023 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structures of the human CST-Polα-primase complex bound to telomere templates.
著者: Qixiang He / Xiuhua Lin / Bianca L Chavez / Sourav Agrawal / Benjamin L Lusk / Ci Ji Lim /
要旨: The mammalian DNA polymerase-α-primase (Polα-primase) complex is essential for DNA metabolism, providing the de novo RNA-DNA primer for several DNA replication pathways such as lagging-strand ...The mammalian DNA polymerase-α-primase (Polα-primase) complex is essential for DNA metabolism, providing the de novo RNA-DNA primer for several DNA replication pathways such as lagging-strand synthesis and telomere C-strand fill-in. The physical mechanism underlying how Polα-primase, alone or in partnership with accessory proteins, performs its complicated multistep primer synthesis function is unknown. Here we show that CST, a single-stranded DNA-binding accessory protein complex for Polα-primase, physically organizes the enzyme for efficient primer synthesis. Cryogenic electron microscopy structures of the CST-Polα-primase preinitiation complex (PIC) bound to various types of telomere overhang reveal that template-bound CST partitions the DNA and RNA catalytic centres of Polα-primase into two separate domains and effectively arranges them in RNA-DNA synthesis order. The architecture of the PIC provides a single solution for the multiple structural requirements for the synthesis of RNA-DNA primers by Polα-primase. Several insights into the template-binding specificity of CST, template requirement for assembly of the CST-Polα-primase PIC and activation are also revealed in this study.
履歴
登録2022年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27099.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Merged map from three local refined domains.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-0.0383943 - 3.2036119
平均 (標準偏差)0.004585028 (±0.052227154)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 432.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex boun...

全体名称: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 3xTEL template - local refined domains and merged
要素
  • 複合体: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 3xTEL template - local refined domains and merged
    • タンパク質・ペプチド: CTC1
    • タンパク質・ペプチド: STN1
    • タンパク質・ペプチド: TEN1
    • タンパク質・ペプチド: PRIM1
    • タンパク質・ペプチド: PRIM2
    • タンパク質・ペプチド: POLA1
    • タンパク質・ペプチド: POLA2
    • DNA: C-3xTEL

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超分子 #1: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex boun...

超分子名称: Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 3xTEL template - local refined domains and merged
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 540 KDa

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分子 #1: CTC1

分子名称: CTC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDKSGGSLE AAGRAQVPSS EQAWLEDAQV FIQKTLCPAV KEPNVQLTPL VIDCVKTVWL SQGRNQGSTL PLSYSFVSVQ DLKTHQRLPC CSHLSWSSSA YQAWAQEAGP NGNPLPREQL LLLGTLTDLS ADLEQECRNG SLYVRDNTGV ...文字列:
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分子 #2: STN1

分子名称: STN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHQPG SSRCEEETPS LLWGLDPVFL AFAKLYIRDI LDMKESRQVP GVFLYNGHPI KQVDVLGTVI GVRERDAFYS YGVDDSTGVI NCICWKKLNT ESVSAAPSAA RELSLTSQLK KLQETIEQKT KIEIGDTIRV RGSIRTYREE REIHATTYYK VDDPVWNIQI ...文字列:
MHHHHHHQPG SSRCEEETPS LLWGLDPVFL AFAKLYIRDI LDMKESRQVP GVFLYNGHPI KQVDVLGTVI GVRERDAFYS YGVDDSTGVI NCICWKKLNT ESVSAAPSAA RELSLTSQLK KLQETIEQKT KIEIGDTIRV RGSIRTYREE REIHATTYYK VDDPVWNIQI ARMLELPTIY RKVYDQPFHS SALEKEEALS NPGALDLPSL TSLLSEKAKE FLMENRVQSF YQQELEMVES LLSLANQPVI HSASSDQVNF KKDTTSKAIH SIFKNAIQLL QEKGLVFQKD DGFDNLYYVT REDKDLHRKI HRIIQQDCQK PNHMEKGCHF LHILACARLS IRPGLSEAVL QQVLELLEDQ SDIVSTMEHY YTAF

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分子 #3: TEN1

分子名称: TEN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSGI QLPKPGTYYL PWEVSAGQVP DGSTLRTFGR LCLYDMIQSR VTLMAQHGSD QHQVLVCTKL VEPFHAQVGS LYIVLGELQH QQDRGSVVKA RVLTCVEGMN LPLLEQAIRE QRLYKQERGG SQ

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分子 #4: PRIM1

分子名称: PRIM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHGS GSGSGETFDP TELPELLKLY YRRLFPYSQY YRWLNYGGVI KNYFQHREFS FTLKDDIYIR YQSFNNQSDL EKEMQKMNPY KIDIGAVYSH RPNQHNTVKL GAFQAQEKEL VFDIDMTDYD DVRRCCSSAD ICPKCWTLMT MAIRIIDRAL KEDFGFKHRL ...文字列:
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分子 #5: PRIM2

分子名称: PRIM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHGS GSGSGEFSGR KWRKLRLAGD QRNASYPHCL QFYLQPPSEN ISLIEFENLA IDRVKLLKSV ENLGVSYVKG TEQYQSKLES ELRKLKFSYR ENLEDEYEPR RRDHISHFIL RLAYCQSEEL RRWFIQQEMD LLRFRFSILP KDKIQDFLKD SQLQFEAISD ...文字列:
MGHHHHHHGS GSGSGEFSGR KWRKLRLAGD QRNASYPHCL QFYLQPPSEN ISLIEFENLA IDRVKLLKSV ENLGVSYVKG TEQYQSKLES ELRKLKFSYR ENLEDEYEPR RRDHISHFIL RLAYCQSEEL RRWFIQQEMD LLRFRFSILP KDKIQDFLKD SQLQFEAISD EEKTLREQEI VASSPSLSGL KLGFESIYKI PFADALDLFR GRKVYLEDGF AYVPLKDIVA IILNEFRAKL SKALALTARS LPAVQSDERL QPLLNHLSHS YTGQDYSTQG NVGKISLDQI DLLSTKSFPP CMRQLHKALR ENHHLRHGGR MQYGLFLKGI GLTLEQALQF WKQEFIKGKM DPDKFDKGYS YNIRHSFGKE GKRTDYTPFS CLKIILSNPP SQGDYHGCPF RHSDPELLKQ KLQSYKISPG GISQILDLVK GTHYQVACQK YFEMIHNVDD CGFSLNHPNQ FFCESQRILN GGKDIKKEPI QPETPQPKPS VQKTKDASSA LASLNSSLEM DMEGLEDYFS EDS

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分子 #6: POLA1

分子名称: POLA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGGSAGDYKD HDGDYKDHDI DYKDDDDKGA SSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGAGSAPVHG DDSLSDSGSF VSSRARREKK SKKGRQEALE RLKKAKAGEK YKYEVEDFTG VYEEVDEEQY SKLVQARQDD DWIVDDDGIG YVEDGREIFD DDLEDDALDA ...文字列:
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分子 #7: POLA2

分子名称: POLA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHGS GSGSGSASAQ QLAEELQIFG LDCEEALIEK LVELCVQYGQ NEEGMVGELI AFCTSTHKVG LTSEILNSFE HEFLSKRLSK ARHSTCKDSG HAGARDIVSI QELIEVEEEE EILLNSYTTP SKGSQKRAIS TPETPLTKRS VSTRSPHQLL SPSSFSPSAT ...文字列:
MGHHHHHHGS GSGSGSASAQ QLAEELQIFG LDCEEALIEK LVELCVQYGQ NEEGMVGELI AFCTSTHKVG LTSEILNSFE HEFLSKRLSK ARHSTCKDSG HAGARDIVSI QELIEVEEEE EILLNSYTTP SKGSQKRAIS TPETPLTKRS VSTRSPHQLL SPSSFSPSAT PSQKYNSRSN RGEVVTSFGL AQGVSWSGRG GAGNISLKVL GCPEALTGSY KSMFQKLPDI REVLTCKIEE LGSELKEHYK IEAFTPLLAP AQEPVTLLGQ IGCDSNGKLN NKSVILEGDR EHSSGAQIPV DLSELKEYSL FPGQVVIMEG INTTGRKLVA TKLYEGVPLP FYQPTEEDAD FEQSMVLVAC GPYTTSDSIT YDPLLDLIAV INHDRPDVCI LFGPFLDAKH EQVENCLLTS PFEDIFKQCL RTIIEGTRSS GSHLVFVPSL RDVHHEPVYP QPPFSYSDLS REDKKQVQFV SEPCSLSING VIFGLTSTDL LFHLGAEEIS SSSGTSDRFS RILKHILTQR SYYPLYPPQE DMAIDYESFY VYAQLPVTPD VLIIPSELRY FVKDVLGCVC VNPGRLTKGQ VGGTFARLYL RRPAADGAER QSPCIAVQVV RI

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分子 #8: C-3xTEL

分子名称: C-3xTEL / タイプ: dna / ID: 8 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
CTTAGGGTTA GGGTTAGGG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPES-NaHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
2.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
1.0 mMTCEPTCEP
4.0 mMCHAPSOCHAPS detergentCHAPSOCHAPS detergent
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 詳細: 15 mA using PELCO EasiGLOW
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 6251 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 222188
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: Three local refined domains merged using vop maximum command in Chimera
使用した粒子像数: 164324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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