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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25564 | |||||||||
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タイトル | Subtomogram averaging of SARS-CoV-2 Spike Protein bound to CV3-1 | |||||||||
マップデータ | Subtomogram averaging of SARS-CoV-2 Spike Protein bound to CV3-1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / Glycoprotein (糖タンパク質) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Li W / Mothes W | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Structural basis and mode of action for two broadly neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 emerging variants of concern. 著者: Wenwei Li / Yaozong Chen / Jérémie Prévost / Irfan Ullah / Maolin Lu / Shang Yu Gong / Alexandra Tauzin / Romain Gasser / Dani Vézina / Sai Priya Anand / Guillaume Goyette / Debashree ...著者: Wenwei Li / Yaozong Chen / Jérémie Prévost / Irfan Ullah / Maolin Lu / Shang Yu Gong / Alexandra Tauzin / Romain Gasser / Dani Vézina / Sai Priya Anand / Guillaume Goyette / Debashree Chaterjee / Shilei Ding / William D Tolbert / Michael W Grunst / Yuxia Bo / Shijian Zhang / Jonathan Richard / Fei Zhou / Rick K Huang / Lothar Esser / Allison Zeher / Marceline Côté / Priti Kumar / Joseph Sodroski / Di Xia / Pradeep D Uchil / Marzena Pazgier / Andrés Finzi / Walther Mothes / 要旨: Emerging variants of concern for the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) can transmit more efficiently and partially evade protective immune responses, thus necessitating ...Emerging variants of concern for the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) can transmit more efficiently and partially evade protective immune responses, thus necessitating continued refinement of antibody therapies and immunogen design. Here, we elucidate the structural basis and mode of action for two potent SARS-CoV-2 spike (S)-neutralizing monoclonal antibodies, CV3-1 and CV3-25, which remain effective against emerging variants of concern in vitro and in vivo. CV3-1 binds to the (485-GFN-487) loop within the receptor-binding domain (RBD) in the "RBD-up" position and triggers potent shedding of the S1 subunit. In contrast, CV3-25 inhibits membrane fusion by binding to an epitope in the stem helix region of the S2 subunit that is highly conserved among β-coronaviruses. Thus, vaccine immunogen designs that incorporate the conserved regions in the RBD and stem helix region are candidates to elicit pan-coronavirus protective immune responses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25564.map.gz | 14.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25564-v30.xml emd-25564.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25564_fsc.xml | 5.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25564.png | 58.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25564.cif.gz | 3.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25564 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25564 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25564.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram averaging of SARS-CoV-2 Spike Protein bound to CV3-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.692 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Spike protein bound to Fab CV3-1
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Spike protein bound to Fab CV3-1 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike protein bound to Fab CV3-1
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike protein bound to Fab CV3-1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |