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- EMDB-25041: tRNA-like Structure from Brome Mosaic Virus Bound to Tyrosyl-tRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25041
タイトルtRNA-like Structure from Brome Mosaic Virus Bound to Tyrosyl-tRNA Synthetase from Phaseolus vulgaris. Conformation: Bound State 2.
マップデータCryo-EM map of cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3. Two conformations were observed. This map is for "bound state 2".
試料
  • 複合体: RNA-protein complex: tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3.
    • タンパク質・ペプチド: Tyrosine--tRNA ligase
    • RNA: tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3.
機能・相同性Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / チロシンtRNAリガーゼ / tyrosine-tRNA ligase activity / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / tRNA aminoacylation for protein translation / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / ATP binding / Tyrosine--tRNA ligase
機能・相同性情報
生物種Phaseolus vulgaris (インゲン) / Brome mosaic virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Kieft JS / Bonilla SL
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118070 米国
National Science Foundation (NSF, United States)F32GM139385 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Hanna H. Gray Fellowship 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: A viral RNA hijacks host machinery using dynamic conformational changes of a tRNA-like structure.
著者: Steve L Bonilla / Madeline E Sherlock / Andrea MacFadden / Jeffrey S Kieft /
要旨: Viruses require multifunctional structured RNAs to hijack their host’s biochemistry, but their mechanisms can be obscured by the difficulty of solving conformationally dynamic RNA structures. Using ...Viruses require multifunctional structured RNAs to hijack their host’s biochemistry, but their mechanisms can be obscured by the difficulty of solving conformationally dynamic RNA structures. Using cryo–electron microscopy (cryo-EM), we visualized the structure of the mysterious viral transfer RNA (tRNA)–like structure (TLS) from the brome mosaic virus, which affects replication, translation, and genome encapsidation. Structures in isolation and those bound to tyrosyl-tRNA synthetase (TyrRS) show that this ~55-kilodalton purported tRNA mimic undergoes large conformational rearrangements to bind TyrRS in a form that differs substantially from that of tRNA. Our study reveals how viral RNAs can use a combination of static and dynamic RNA structures to bind host machinery through highly noncanonical interactions, and we highlight the utility of cryo-EM for visualizing small, conformationally dynamic structured RNAs.
履歴
登録2021年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月1日-
マップ公開2021年12月1日-
更新2021年12月1日-
現状2021年12月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0318
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0318
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7scq
  • 表面レベル: 0.0318
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25041.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25041.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3. Two conformations were observed. This map is for "bound state 2".
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0318 / ムービー #1: 0.0318
最小 - 最大-0.08998322 - 0.31627062
平均 (標準偏差)-9.491328e-05 (±0.0044187824)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 358.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.560358.560358.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-140-140-140
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-0.0900.316-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map A of cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus...

ファイルemd_25041_half_map_1.map
注釈Half-map A of cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3. Two conformations were observed. This map is for "bound state 2".
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B of cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus...

ファイルemd_25041_half_map_2.map
注釈Half-map B of cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3. Two conformations were observed. This map is for "bound state 2".
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA-protein complex: tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulga...

全体名称: RNA-protein complex: tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3.
要素
  • 複合体: RNA-protein complex: tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3.
    • タンパク質・ペプチド: Tyrosine--tRNA ligase
    • RNA: tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3.

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超分子 #1: RNA-protein complex: tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulga...

超分子名称: RNA-protein complex: tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Phaseolus vulgaris (インゲン)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Tyrosine--tRNA ligase

分子名称: Tyrosine--tRNA ligase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: チロシンtRNAリガーゼ
由来(天然)生物種: Phaseolus vulgaris (インゲン)
分子量理論値: 45.482191 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMEQAPSEAL QSLSVSDSQI PQSSNSTPQL SPEEKFKIVR SVGEECIQED ELLNLLTKKP EPVCYDGFE PSGRMHIAQG VMKTISVNKL TSAGCRVKIW IADWFAKLNN KMGGDLKKIE TVGRYLIEIW KAVGMDVEGG K VEFLWSSK ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMEQAPSEAL QSLSVSDSQI PQSSNSTPQL SPEEKFKIVR SVGEECIQED ELLNLLTKKP EPVCYDGFE PSGRMHIAQG VMKTISVNKL TSAGCRVKIW IADWFAKLNN KMGGDLKKIE TVGRYLIEIW KAVGMDVEGG K VEFLWSSK EINARADEYW PLVLDIAQKN NLKRIIRCSQ IMGRSEQDEL TAAQIFYPCM QCADIFFLKA DICQLGMDQR KV NVLAREY CDDIKRKNKP IILSHHMLPG LQQGQEKMSK SDPSSSVFME DEEAEVNVKI KKAYCPPKVV EGNPCLEYIK YLI LPWFNE FTVERSADNG GNKTFKSYEE LIADYESGEL HPADLKPALS KSLNKILEPV REHFRKDSNA KELLKRVKAY RVTK

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分子 #2: tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3.

分子名称: tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3. / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Brome mosaic virus (ウイルス)
分子量理論値: 55.044559 KDa
配列文字列:
GGCGUGGUUG ACACGCAGAC CUCUUACAAG AGUGUCUAGG UGCCUUUGAG AGUUACUCUU UGCUCUCUUC GGAAGAACCC UUAGGGGUU CGUGCAUGGG CUUGCAUAGC AAGUCUUAGA AUGCGGGUAC CGUACAGUGU UGAAAAACAC UGUAAAUCUC U AAAAGAGA CCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 2.5 seconds before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 122118
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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