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- EMDB-24952: tRNA-like Structure from Brome Mosaic Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24952
タイトルtRNA-like Structure from Brome Mosaic Virus
マップデータCryo-EM map of brome mosaic virus (BMV) tRNA-like structure (TLS) generated using cryoSPARC.
試料
  • 複合体: tRNA-like structure at the 3' UTR of the brome mosaic virus (BMV) genome
    • RNA: Viral RNARNAウイルス
生物種Brome mosaic virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Kieft JS / Bonilla SL
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118070 米国
National Science Foundation (NSF, United States)F32GM139385 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Hanna H. Gray Fellowship 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: A viral RNA hijacks host machinery using dynamic conformational changes of a tRNA-like structure.
著者: Steve L Bonilla / Madeline E Sherlock / Andrea MacFadden / Jeffrey S Kieft /
要旨: Viruses require multifunctional structured RNAs to hijack their host’s biochemistry, but their mechanisms can be obscured by the difficulty of solving conformationally dynamic RNA structures. Using ...Viruses require multifunctional structured RNAs to hijack their host’s biochemistry, but their mechanisms can be obscured by the difficulty of solving conformationally dynamic RNA structures. Using cryo–electron microscopy (cryo-EM), we visualized the structure of the mysterious viral transfer RNA (tRNA)–like structure (TLS) from the brome mosaic virus, which affects replication, translation, and genome encapsidation. Structures in isolation and those bound to tyrosyl-tRNA synthetase (TyrRS) show that this ~55-kilodalton purported tRNA mimic undergoes large conformational rearrangements to bind TyrRS in a form that differs substantially from that of tRNA. Our study reveals how viral RNAs can use a combination of static and dynamic RNA structures to bind host machinery through highly noncanonical interactions, and we highlight the utility of cryo-EM for visualizing small, conformationally dynamic structured RNAs.
履歴
登録2021年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月1日-
マップ公開2021年12月1日-
更新2021年12月1日-
現状2021年12月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0264
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0264
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7sam
  • 表面レベル: 0.0264
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24952.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24952.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of brome mosaic virus (BMV) tRNA-like structure (TLS) generated using cryoSPARC.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.413 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0264 / ムービー #1: 0.0264
最小 - 最大-0.008608716 - 0.07794537
平均 (標準偏差)0.00013766829 (±0.0023975505)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 231.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.4130.4130.413
M x/y/z560560560
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z231.280231.280231.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-140-140-140
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS560560560
D min/max/mean-0.0090.0780.000

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添付データ

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追加マップ: Sharpened (B factor: 257.7) cryo-EM map of brome...

ファイルemd_24952_additional_1.map
注釈Sharpened (B factor: 257.7) cryo-EM map of brome mosaic virus (BMV) tRNA-like structure (TLS) generated using cryoSPARC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A of brome mosaic virus (BMV) tRNA-like...

ファイルemd_24952_half_map_1.map
注釈Half-map A of brome mosaic virus (BMV) tRNA-like structure (TLS) generated using cryoSPARC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B of brome mosaic virus (BMV) tRNA-like...

ファイルemd_24952_half_map_2.map
注釈Half-map B of brome mosaic virus (BMV) tRNA-like structure (TLS) generated using cryoSPARC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : tRNA-like structure at the 3' UTR of the brome mosaic virus (BMV)...

全体名称: tRNA-like structure at the 3' UTR of the brome mosaic virus (BMV) genome
要素
  • 複合体: tRNA-like structure at the 3' UTR of the brome mosaic virus (BMV) genome
    • RNA: Viral RNARNAウイルス

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超分子 #1: tRNA-like structure at the 3' UTR of the brome mosaic virus (BMV)...

超分子名称: tRNA-like structure at the 3' UTR of the brome mosaic virus (BMV) genome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: RNA was generated by in vitro transcription of sequence-verified linear DNA template
由来(天然)生物種: Brome mosaic virus (ウイルス)
分子量理論値: 54.56 KDa

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分子 #1: Viral RNA

分子名称: Viral RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Brome mosaic virus (ウイルス)
分子量理論値: 55.044559 KDa
配列文字列:
GGCGUGGUUG ACACGCAGAC CUCUUACAAG AGUGUCUAGG UGCCUUUGAG AGUUACUCUU UGCUCUCUUC GGAAGAACCC UUAGGGGUU CGUGCAUGGG CUUGCAUAGC AAGUCUUAGA AUGCGGGUAC CGUACAGUGU UGAAAAACAC UGUAAAUCUC U AAAAGAGA CCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 名称: NaMOPS / 詳細: Solution contained 10 mM magnesium chloride.
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse as determined by native gel electrophoresis.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 128226
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7sam:
tRNA-like Structure from Brome Mosaic Virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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