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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24889 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S in complex with N-terminal peptide | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / TRAF3-dependent IRF activation pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / : / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / ヘリカーゼ / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Noske GD / Song Y / Fernandes RS / Oliva G / Godoy AS | |||||||||
資金援助 | ブラジル, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S in complex with N-terminal peptide 著者: Noske GD / Song Y / Fernandes RS / Oliva G / Godoy AS | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24889.map.gz | 40.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24889-v30.xml emd-24889.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24889.png | 58.3 KB | ||
マスクデータ | emd_24889_msk_1.map | 44 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_24889_additional_1.map.gz emd_24889_half_map_1.map.gz emd_24889_half_map_2.map.gz | 21.6 MB 40.8 MB 40.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24889 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24889 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7s82MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10810 (タイトル: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S in complex with N-terminal peptide Data size: 3.3 TB Data #1: Shiny particles used for final model refinement [picked particles - multiframe - processed] Data #2: Unaligned multiframes from SARS-CoV-2 Mpro in super-resolution mode [micrographs - multiframe] Data #3: Unaligned multiframes from SARS-CoV-2 Mpro in super-resolution mode [micrographs - multiframe] Data #4: Unaligned multiframes from SARS-CoV-2 Mpro in super-resolution mode [micrographs - multiframe] Data #5: Unaligned multiframes from SARS-CoV-2 Mpro in super-resolution mode [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24889.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 44 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.653 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_24889_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_24889_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_24889_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_24889_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S mutant
全体 | 名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S mutant |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S mutant
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S mutant タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 68 kDa/nm |
-分子 #1: 3C-like proteinase
分子 | 名称: 3C-like proteinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3C様プロテアーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
分子量 | 理論値: 34.567371 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GAMSAVLQSG FRKMAFPSGK VEGCMVQVTC GTTTLNGLWL DDVVYCPRHV ICTSEDMLNP NYEDLLIRKS NHNFLVQAGN VQLRVIGHS MQNCVLKLKV DTANPKTPKY KFVRIQPGQT FSVLACYNGS PSGVYQCAMR PNFTIKGSFL NGSSGSVGFN I DYDCVSFC ...文字列: GAMSAVLQSG FRKMAFPSGK VEGCMVQVTC GTTTLNGLWL DDVVYCPRHV ICTSEDMLNP NYEDLLIRKS NHNFLVQAGN VQLRVIGHS MQNCVLKLKV DTANPKTPKY KFVRIQPGQT FSVLACYNGS PSGVYQCAMR PNFTIKGSFL NGSSGSVGFN I DYDCVSFC YMHHMELPTG VHAGTDLEGN FYGPFVDRQT AQAAGTDTTI TVNVLAWLYA AVINGDRWFL NRFTTTLNDF NL VAMKYNY EPLTQDHVDI LGPLSAQTGI AVLDMCASLK ELLQNGMNGR TILGSALLED EFTPFDVVRQ CSGVTFQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris pH 7.8, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM DTT |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 13770 / 平均電子線量: 43.38557582 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1956496 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) |
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 3次元分類 | クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 227534 |