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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2485 | |||||||||
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タイトル | Near-atomic resolution cryo-EM structure of Dengue serotype 4 virus | |||||||||
マップデータ | Mature dengue virus serotype 4 icosahedral reconstruction | |||||||||
試料 |
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キーワード | flavivirus / virus (ウイルス) / dengue virus serotype 4 / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / dengue virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ウイルスのライフサイクル / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / membrane => GO:0016020 ...フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ウイルスのライフサイクル / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / endoplasmic reticulum membrane / virion membrane / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Dengue virus 4 (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Kostyuchenko VA / Chew PL / Ng TS / Lok SM | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2014 タイトル: Near-atomic resolution cryo-electron microscopic structure of dengue serotype 4 virus. 著者: Victor A Kostyuchenko / Pau Ling Chew / Thiam-Seng Ng / Shee-Mei Lok / 要旨: Dengue virus (DENV), a mosquito-borne virus, is responsible for millions of cases of infections worldwide. There are four DENV serotypes (DENV1 to -4). After a primary DENV infection, the antibodies ...Dengue virus (DENV), a mosquito-borne virus, is responsible for millions of cases of infections worldwide. There are four DENV serotypes (DENV1 to -4). After a primary DENV infection, the antibodies elicited confer lifetime protection against that DENV serotype. However, in a secondary infection with another serotype, the preexisting antibodies may cause antibody-dependent enhancement (ADE) of infection of macrophage cells, leading to the development of the more severe form of disease, dengue hemorrhagic fever. Thus, a safe vaccine should stimulate protection against all dengue serotypes simultaneously. To facilitate the development of a vaccine, good knowledge of different DENV serotype structures is crucial. Structures of DENV1 and DENV2 had been solved previously. Here we present a near-atomic resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of mature DENV4. Comparison of the DENV4 structure with similar-resolution cryo-EM structures of DENV1 and DENV2 showed differences in surface charge distribution, which may explain their differences in binding to cellular receptors, such as heparin. Also, observed variations in amino acid residues involved in interactions between envelope and membrane proteins on the virus surface correlate with their ability to undergo structural changes at higher temperatures. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2485.map.gz | 501.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2485-v30.xml emd-2485.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2485.png | 541.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2485 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2485 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2485.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 976.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mature dengue virus serotype 4 icosahedral reconstruction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mature Dengue virus serotype 4
全体 | 名称: Mature Dengue virus serotype 4 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Mature Dengue virus serotype 4
超分子 | 名称: Mature Dengue virus serotype 4 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Dengue virus 4
超分子 | 名称: Dengue virus 4 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 11070 / 生物種: Dengue virus 4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Sci species serotype: 4 |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
Host system | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 組換細胞: c6/36 |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: glycoprotein shell / 直径: 480 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 12 mM Tris, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA |
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グリッド | 詳細: thin carbon film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 2 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 129629 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0035 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0005 µm / 倍率(公称値): 125000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
温度 | 平均: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification |
日付 | 2012年4月14日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 716 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MPSA, EMAN, EMAN2 / 使用した粒子像数: 16602 |
詳細 | particles selected in EMAN2 boxer swarm mode, CTF estimated with ctffind3 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F |
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ソフトウェア | 名称: CHIMERA, Coot, CNS |
詳細 | Initially fitted in Chimera, model rebuilt in Coot, refined in CNS |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: real space correlation |
得られたモデル | PDB-4cbf: |