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万見
- EMDB-24437: HUMAN IMPDH1 TREATED WITH ATP, IMP, AND NAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24437
タイトルHUMAN IMPDH1 TREATED WITH ATP, IMP, AND NAD+
マップデータHUMAN IMPDH1 TREATED WITH ATP, IMP, AND NAD+
試料
  • 複合体: Assembly interface of IMPDH1 filament bound to ATP, IMP, NAD+
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 5 of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 1
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
  • リガンド: INOSINIC ACIDイノシン酸
機能・相同性
機能・相同性情報


Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / IMP dehydrogenase activity / IMPデヒドロゲナーゼ / GMP biosynthetic process / Azathioprine ADME / GTP biosynthetic process / azurophil granule lumen / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Potential therapeutics for SARS ...Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / IMP dehydrogenase activity / IMPデヒドロゲナーゼ / GMP biosynthetic process / Azathioprine ADME / GTP biosynthetic process / azurophil granule lumen / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Potential therapeutics for SARS / nucleic acid binding / nucleotide binding / Neutrophil degranulation / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Burrell AL / Kollman JM
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM118396 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY030732 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008268 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: IMPDH1 retinal variants control filament architecture to tune allosteric regulation.
著者: Anika L Burrell / Chuankai Nie / Meerit Said / Jacqueline C Simonet / David Fernández-Justel / Matthew C Johnson / Joel Quispe / Rubén M Buey / Jeffrey R Peterson / Justin M Kollman /
要旨: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (IMPDH), a key regulatory enzyme in purine nucleotide biosynthesis, dynamically assembles filaments in response to changes in metabolic demand. Humans have two ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (IMPDH), a key regulatory enzyme in purine nucleotide biosynthesis, dynamically assembles filaments in response to changes in metabolic demand. Humans have two isoforms: IMPDH2 filaments reduce sensitivity to feedback inhibition, while IMPDH1 assembly remains uncharacterized. IMPDH1 plays a unique role in retinal metabolism, and point mutants cause blindness. Here, in a series of cryogenic-electron microscopy structures we show that human IMPDH1 assembles polymorphic filaments with different assembly interfaces in extended and compressed states. Retina-specific splice variants introduce structural elements that reduce sensitivity to GTP inhibition, including stabilization of the extended filament form. Finally, we show that IMPDH1 disease mutations fall into two classes: one disrupts GTP regulation and the other has no effect on GTP regulation or filament assembly. These findings provide a foundation for understanding the role of IMPDH1 in retinal function and disease and demonstrate the diverse mechanisms by which metabolic enzyme filaments are allosterically regulated.
履歴
登録2021年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2022年2月2日-
現状2022年2月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.95
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.95
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rer
  • 表面レベル: 1.95
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7rer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24437.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24437.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HUMAN IMPDH1 TREATED WITH ATP, IMP, AND NAD+
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.95 / ムービー #1: 1.95
最小 - 最大-6.6951475 - 14.215123
平均 (標準偏差)1.5557558e-12 (±0.2940926)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z336.000336.000336.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-6.69514.2150.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Assembly interface of IMPDH1 filament bound to ATP, IMP, NAD+

全体名称: Assembly interface of IMPDH1 filament bound to ATP, IMP, NAD+
要素
  • 複合体: Assembly interface of IMPDH1 filament bound to ATP, IMP, NAD+
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 5 of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 1
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
  • リガンド: INOSINIC ACIDイノシン酸

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超分子 #1: Assembly interface of IMPDH1 filament bound to ATP, IMP, NAD+

超分子名称: Assembly interface of IMPDH1 filament bound to ATP, IMP, NAD+
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pSMT3
分子量理論値: 55405 MDa

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分子 #1: Isoform 5 of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 1

分子名称: Isoform 5 of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: IMPデヒドロゲナーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.470652 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MADYLISGGT GYVPEDGLTA QQLFASADGL TYNDFLILPG FIDFIADEVD LTSALTRKIT LKTPLISSPM DTVTEADMAI AMALMGGIG FIHHNCTPEF QANEVRKVKK FEQGFITDPV VLSPSHTVGD VLEAKMRHGF SGIPITETGT MGSKLVGIVT S RDIDFLAE ...文字列:
MADYLISGGT GYVPEDGLTA QQLFASADGL TYNDFLILPG FIDFIADEVD LTSALTRKIT LKTPLISSPM DTVTEADMAI AMALMGGIG FIHHNCTPEF QANEVRKVKK FEQGFITDPV VLSPSHTVGD VLEAKMRHGF SGIPITETGT MGSKLVGIVT S RDIDFLAE KDHTTLLSEV MTPRIELVVA PAGVTLKEAN EILQRSKKGK LPIVNDCDEL VAIIARTDLK KNRDYPLASK DS QKQLLCG AAVGTREDDK YRLDLLTQAG VDVIVLDSSQ GNSVYQIAMV HYIKQKYPHL QVIGGNVVTA AQAKNLIDAG VDG LRVGMG CGSICITQEV MACGRPQGTA VYKVAEYARR FGVPIIADGG IQTVGHVVKA LALGASTVMM GSLLAATTEA PGEY FFSDG VRLKKYRGMG SLDAMEKSSS SQKRYFSEGD KVKIAQGVSG SIQDKGSIQK FVPYLIAGIQ HGCQDIGARS LSVLR SMMY SGELKFEKRT MSAQIEGGVH GLHSYEKRLY

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分子 #2: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: NAD
分子量理論値: 663.425 Da
Chemical component information

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド

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分子 #3: INOSINIC ACID

分子名称: INOSINIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: IMP
分子量理論値: 348.206 Da
Chemical component information

ChemComp-I:
INOSINIC ACID / イノシン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 103500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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