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- EMDB-24095: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24095
タイトルAnaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand binding region 648-1025 in complex with AUG-alpha
マップデータAnaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand binding region 673-1025 in complex with AUG-alpha
試料
  • 複合体: hetero-tetrameric complex of anaplastic lymphoma kinase (ALK) with Augmentor alpha
    • タンパク質・ペプチド: ALK tyrosine kinase receptor
    • タンパク質・ペプチド: ALK and LTK ligand 2
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ERK5 cascade / response to environmental enrichment / ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / : ...positive regulation of ERK5 cascade / response to environmental enrichment / ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / : / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway / ALK mutants bind TKIs / swimming behavior / positive regulation of dendrite development / regulation of neuron differentiation / adult behavior / Signaling by ALK / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / neuron development / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / negative regulation of lipid catabolic process / energy homeostasis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cytokine activity / hippocampus development / positive regulation of neuron projection development / 受容体型チロシンキナーゼ / receptor tyrosine kinase binding / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / heparin binding / regulation of cell population proliferation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / リン酸化 / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ALK and LTK ligand 1/2 / ALK and LTK ligand 1/2 / Glycine rich protein / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site ...ALK and LTK ligand 1/2 / ALK and LTK ligand 1/2 / Glycine rich protein / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ALK and LTK ligand 2 / ALK tyrosine kinase receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Myasnikov AG / Reshetnyak AV / Kalodimos CG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM122462 米国
引用ジャーナル: Nature / : 2021
タイトル: Mechanism for the activation of the anaplastic lymphoma kinase receptor.
著者: Andrey V Reshetnyak / Paolo Rossi / Alexander G Myasnikov / Munia Sowaileh / Jyotidarsini Mohanty / Amanda Nourse / Darcie J Miller / Irit Lax / Joseph Schlessinger / Charalampos G Kalodimos /
要旨: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) is a receptor tyrosine kinase (RTK) that regulates important functions in the central nervous system. The ALK gene is a hotspot for chromosomal translocation events ...Anaplastic lymphoma kinase (ALK) is a receptor tyrosine kinase (RTK) that regulates important functions in the central nervous system. The ALK gene is a hotspot for chromosomal translocation events that result in several fusion proteins that cause a variety of human malignancies. Somatic and germline gain-of-function mutations in ALK were identified in paediatric neuroblastoma. ALK is composed of an extracellular region (ECR), a single transmembrane helix and an intracellular tyrosine kinase domain. ALK is activated by the binding of ALKAL1 and ALKAL2 ligands to its ECR, but the lack of structural information for the ALK-ECR or for ALKAL ligands has limited our understanding of ALK activation. Here we used cryo-electron microscopy, nuclear magnetic resonance and X-ray crystallography to determine the atomic details of human ALK dimerization and activation by ALKAL1 and ALKAL2. Our data reveal a mechanism of RTK activation that allows dimerization by either dimeric (ALKAL2) or monomeric (ALKAL1) ligands. This mechanism is underpinned by an unusual architecture of the receptor-ligand complex. The ALK-ECR undergoes a pronounced ligand-induced rearrangement and adopts an orientation parallel to the membrane surface. This orientation is further stabilized by an interaction between the ligand and the membrane. Our findings highlight the diversity in RTK oligomerization and activation mechanisms.
履歴
登録2021年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月24日-
マップ公開2021年11月24日-
更新2021年12月15日-
現状2021年12月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7n00
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7n00
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24095.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand binding region 673-1025 in complex with AUG-alpha
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.005 / ムービー #1: 0.005
最小 - 最大-0.033018988 - 0.052078284
平均 (標準偏差)6.1926316e-06 (±0.0014943819)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.456 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8260.8260.826
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z211.456211.456211.456
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ260260260
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0330.0520.000

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添付データ

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追加マップ: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand...

ファイルemd_24095_additional_1.map
注釈Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand binding region 673-1025 in complex with AUG-alpha
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand...

ファイルemd_24095_additional_2.map
注釈Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand binding region 673-1025 in complex with AUG-alpha
投影像・断面図
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投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand...

ファイルemd_24095_additional_3.map
注釈Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand binding region 673-1025 in complex with AUG-alpha
投影像・断面図
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投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand...

ファイルemd_24095_half_map_1.map
注釈Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand binding region 673-1025 in complex with AUG-alpha
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand...

ファイルemd_24095_half_map_2.map
注釈Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand binding region 673-1025 in complex with AUG-alpha
投影像・断面図
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投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : hetero-tetrameric complex of anaplastic lymphoma kinase (ALK) wit...

全体名称: hetero-tetrameric complex of anaplastic lymphoma kinase (ALK) with Augmentor alpha
要素
  • 複合体: hetero-tetrameric complex of anaplastic lymphoma kinase (ALK) with Augmentor alpha
    • タンパク質・ペプチド: ALK tyrosine kinase receptor
    • タンパク質・ペプチド: ALK and LTK ligand 2

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超分子 #1: hetero-tetrameric complex of anaplastic lymphoma kinase (ALK) wit...

超分子名称: hetero-tetrameric complex of anaplastic lymphoma kinase (ALK) with Augmentor alpha
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量実験値: 108 kDa/nm

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分子 #1: ALK tyrosine kinase receptor

分子名称: ALK tyrosine kinase receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 受容体型チロシンキナーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.377559 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GTAPKSRNLF ERNPNKELKP GENSPRQTPI FDPTVHWLFT TCGASGPHGP TQAQCNNAYQ NSNLSVEVGS EGPLKGIQIW KVPATDTYS ISGYGAAGGK GGKNTMMRSH GVSVLGIFNL EKDDMLYILV GQQGEDACPS TNQLIQKVCI GENNVIEEEI R VNRSVHEW ...文字列:
GTAPKSRNLF ERNPNKELKP GENSPRQTPI FDPTVHWLFT TCGASGPHGP TQAQCNNAYQ NSNLSVEVGS EGPLKGIQIW KVPATDTYS ISGYGAAGGK GGKNTMMRSH GVSVLGIFNL EKDDMLYILV GQQGEDACPS TNQLIQKVCI GENNVIEEEI R VNRSVHEW AGGGGGGGGA TYVFKMKDGV PVPLIIAAGG GGRAYGAKTD TFHPERLENN SSVLGLNGNS GAAGGGGGWN DN TSLLWAG KSLQEGATGG HSCPQAMKKW GWETRGGFGG GGGGCSSGGG GGGYIGGNAA SNNDPEMDGE DGVSFISPLG ILY TPALKV MEGHGEVNIK HYLNCSHCEV DECHMDPESH KVICFCDHGT VLAEDGVSCI VSP

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分子 #2: ALK and LTK ligand 2

分子名称: ALK and LTK ligand 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.640013 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GAEPREPADG QALLRLVVEL VQELRKHHSA EHKGLQLLGR DYALGRAEAA GLGPSPEQRV EIVPRDLRMK DKFLKHLTGP LYFSPKCSK HFHRLYHNTR DCTIPAYYKR CARLLTRLAV SPVCMEDKQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
15.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウム
3.0 %PEG4000
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: QUANTIFOIL R1.2/1/3 gold 300 mesh grids without glow-discharge, blotting time 3 sec., blotting force -5..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV / 詳細: Gatan energy filter
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 96.0 K / 最高: 98.0 K
詳細SerialEM coma-free alignment
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2498 / 平均露光時間: 4.2 sec. / 平均電子線量: 81.0 e/Å2 / 詳細: 4.2 second exposure, 70 frames, total dose 81e
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2266541 / 詳細: particles selection was done in cisTEM software
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / 詳細: ctfFIND4 within Relion3.0 software
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: Stochastic gradient descent (SGD) with Bayesian marginalization
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: as it is implemented in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 188516
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7n00:
Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand binding region 648-1025 in complex with AUG-alpha

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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