[日本語] English
万見
- EMDB-23630: H2A.Z Dodecanucleosome 30 nm Fiber -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23630
タイトルH2A.Z Dodecanucleosome 30 nm Fiber
マップデータChromatin fiber containing mouse histone variant H2A.Z
試料
  • 複合体: In vitro reconstituted 12x167 bp chromatin
    • 複合体: Histone H2A.Z
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.Z
    • 複合体: Histone H2BヒストンH2B
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2BヒストンH2B
    • 複合体: 12 tandem repeats of 167 bp of 601 Windom nucleosome-positioning sequence
      • DNA: 12 tandem repeats of 167 bp of 601 Windom nucleosome-positioning sequence
    • 複合体: Histone H3ヒストンH3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3ヒストンH3
    • 複合体: Histone H4ヒストンH4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of DNA recombination at telomere / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Cleavage of the damaged purine / heterochromatin formation => GO:0031507 / Condensation of Prophase Chromosomes / PRC2 methylates histones and DNA / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / multicellular organism development ...Inhibition of DNA recombination at telomere / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Cleavage of the damaged purine / heterochromatin formation => GO:0031507 / Condensation of Prophase Chromosomes / PRC2 methylates histones and DNA / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / multicellular organism development / nucleosomal DNA binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / ヘテロクロマチン / cellular response to estradiol stimulus / ユークロマチン / chromatin DNA binding / structural constituent of chromatin / cellular response to insulin stimulus / ヌクレオソーム / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site ...Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ヒストンH3 / Histone H2B 1.1 / Histone H2A.Z / ヒストンH4
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Mus musculus (ハツカネズミ) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Lewis T / Sokolova V / Ng H / Tan D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Structural basis of chromatin regulation by histone variant H2A.Z.
著者: Tyler S Lewis / Vladyslava Sokolova / Harry Jung / Honkit Ng / Dongyan Tan /
要旨: The importance of histone variant H2A.Z in transcription regulation has been well established, yet its mechanism-of-action remains enigmatic. Conflicting evidence exists in support of both an ...The importance of histone variant H2A.Z in transcription regulation has been well established, yet its mechanism-of-action remains enigmatic. Conflicting evidence exists in support of both an activating and a repressive role of H2A.Z in transcription. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of nucleosomes and chromatin fibers containing H2A.Z and those containing canonical H2A. The structures show that H2A.Z incorporation results in substantial structural changes in both nucleosome and chromatin fiber. While H2A.Z increases the mobility of DNA terminus in nucleosomes, it simultaneously enables nucleosome arrays to form a more regular and condensed chromatin fiber. We also demonstrated that H2A.Z's ability to enhance nucleosomal DNA mobility is largely attributed to its characteristic shorter C-terminus. Our study provides the structural basis for H2A.Z-mediated chromatin regulation, showing that the increase flexibility of the DNA termini in H2A.Z nucleosomes is central to its dual-functions in chromatin regulation and in transcription.
履歴
登録2021年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月29日-
マップ公開2021年9月29日-
更新2021年11月17日-
現状2021年11月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23630.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23630.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Chromatin fiber containing mouse histone variant H2A.Z
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.079 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0085 / ムービー #1: 0.0085
最小 - 最大-0.016072223 - 0.078107595
平均 (標準偏差)0.0020180421 (±0.0046097604)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin745834
サイズ201281269
Spacing281201269
セルA: 303.199 Å / B: 216.879 Å / C: 290.251 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0791.0791.079
M x/y/z281201269
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z303.199216.879290.251
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ376376376
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS587434
NC/NR/NS281201269
D min/max/mean-0.0160.0780.002

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : In vitro reconstituted 12x167 bp chromatin

全体名称: In vitro reconstituted 12x167 bp chromatin
要素
  • 複合体: In vitro reconstituted 12x167 bp chromatin
    • 複合体: Histone H2A.Z
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.Z
    • 複合体: Histone H2BヒストンH2B
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2BヒストンH2B
    • 複合体: 12 tandem repeats of 167 bp of 601 Windom nucleosome-positioning sequence
      • DNA: 12 tandem repeats of 167 bp of 601 Windom nucleosome-positioning sequence
    • 複合体: Histone H3ヒストンH3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3ヒストンH3
    • 複合体: Histone H4ヒストンH4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4

+
超分子 #1: In vitro reconstituted 12x167 bp chromatin

超分子名称: In vitro reconstituted 12x167 bp chromatin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: EM Map density only contains 8 nucleosomes of the chromatin fiber
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
超分子 #2: Histone H2A.Z

超分子名称: Histone H2A.Z / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
超分子 #3: Histone H2B

超分子名称: Histone H2B / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
超分子 #4: 12 tandem repeats of 167 bp of 601 Windom nucleosome-positioning ...

超分子名称: 12 tandem repeats of 167 bp of 601 Windom nucleosome-positioning sequence
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
組換発現生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)

+
超分子 #5: Histone H3

超分子名称: Histone H3 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
超分子 #6: Histone H4

超分子名称: Histone H4 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
分子 #1: Histone H2A.Z

分子名称: Histone H2A.Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MAGGKAGKDS GKAKTKAVSR SQRAGLQFPV GRIHRHLKSR TTSHGRVGAT AAVYSAAILE YLTAEVLEL AGNASKDLKV KRITPRHLQL AIRGDEELDS LIKATIAGGG VIPHIHKSLI G KKGQQKTV

+
分子 #2: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MPDPAKSAPA AKKGSKKAVT KTQKKDGKKR RKSRKESYAI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM SIMNSFVND VFERIAGEAS RLAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV T KYTSAK

+
分子 #3: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQ RLVREIAQDF KTDLRFQSSA VMALQEASEA YLVGLFEDTN LCGIHAKRVT I MPKDIQLA RRIRGERA

+
分子 #4: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRD AVTYTEHAKR KTVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

+
分子 #5: 12 tandem repeats of 167 bp of 601 Windom nucleosome-positioning ...

分子名称: 12 tandem repeats of 167 bp of 601 Windom nucleosome-positioning sequence
タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
配列文字列: ATCCCGCCCT GGAGAATCCC GGTGCCGAGG CCGCTCAATT GGTCGTAGAC AGCTCTAGCA CCGCTTAAAC GCACGTACGC GCTGTCCCCC GCGTTTTAAC CGCCAAGGGG ATTACTCCCT AGTCTCCAGG CACGTGTCAG ATATATACAT CCTGTGCATG ACTAGATATC ...文字列:
ATCCCGCCCT GGAGAATCCC GGTGCCGAGG CCGCTCAATT GGTCGTAGAC AGCTCTAGCA CCGCTTAAAC GCACGTACGC GCTGTCCCCC GCGTTTTAAC CGCCAAGGGG ATTACTCCCT AGTCTCCAGG CACGTGTCAG ATATATACAT CCTGTGCATG ACTAGATATC CCGCCCTGGA GAATCCCGGT GCCGAGGCCG CTCAATTGGT CGTAGACAGC TCTAGCACCG CTTAAACGCA CGTACGCGCT GTCCCCCGCG TTTTAACCGC CAAGGGGATT ACTCCCTAGT CTCCAGGCAC GTGTCAGATA TATACATCCT GTGCATGACT AGATATCCCG CCCTGGAGAA TCCCGGTGCC GAGGCCGCTC AATTGGTCGT AGACAGCTCT AGCACCGCTT AAACGCACGT ACGCGCTGTC CCCCGCGTTT TAACCGCCAA GGGGATTACT CCCTAGTCTC CAGGCACGTG TCAGATATAT ACATCCTGTG CATGACTAGA TATCCCGCCC TGGAGAATCC CGGTGCCGAG GCCGCTCAAT TGGTCGTAGA CAGCTCTAGC ACCGCTTAAA CGCACGTACG CGCTGTCCCC CGCGTTTTAA CCGCCAAGGG GATTACTCCC TAGTCTCCAG GCACGTGTCA GATATATACA TCCTGTGCAT GACTAGATAT CCCGCCCTGG AGAATCCCGG TGCCGAGGCC GCTCAATTGG TCGTAGACAG CTCTAGCACC GCTTAAACGC ACGTACGCGC TGTCCCCCGC GTTTTAACCG CCAAGGGGAT TACTCCCTAG TCTCCAGGCA CGTGTCAGAT ATATACATCC TGTGCATGAC TAGATATCCC GCCCTGGAGA ATCCCGGTGC CGAGGCCGCT CAATTGGTCG TAGACAGCTC TAGCACCGCT TAAACGCACG TACGCGCTGT CCCCCGCGTT TTAACCGCCA AGGGGATTAC TCCCTAGTCT CCAGGCACGT GTCAGATATA TACATCCTGT GCATGACTAG ATATCCCGCC CTGGAGAATC CCGGTGCCGA GGCCGCTCAA TTGGTCGTAG ACAGCTCTAG CACCGCTTAA ACGCACGTAC GCGCTGTCCC CCGCGTTTTA ACCGCCAAGG GGATTACTCC CTAGTCTCCA GGCACGTGTC AGATATATAC ATCCTGTGCA TGACTAGATA TCCCGCCCTG GAGAATCCCG GTGCCGAGGC CGCTCAATTG GTCGTAGACA GCTCTAGCAC CGCTTAAACG CACGTACGCG CTGTCCCCCG CGTTTTAACC GCCAAGGGGA TTACTCCCTA GTCTCCAGGC ACGTGTCAGA TATATACATC CTGTGCATGA CTAGATATCC CGCCCTGGAG AATCCCGGTG CCGAGGCCGC TCAATTGGTC GTAGACAGCT CTAGCACCGC TTAAACGCAC GTACGCGCTG TCCCCCGCGT TTTAACCGCC AAGGGGATTA CTCCCTAGTC TCCAGGCACG TGTCAGATAT ATACATCCTG TGCATGACTA GATATCCCGC CCTGGAGAAT CCCGGTGCCG AGGCCGCTCA ATTGGTCGTA GACAGCTCTA GCACCGCTTA AACGCACGTA CGCGCTGTCC CCCGCGTTTT AACCGCCAAG GGGATTACTC CCTAGTCTCC AGGCACGTGT CAGATATATA CATCCTGTGC ATGACTAGAT ATCCCGCCCT GGAGAATCCC GGTGCCGAGG CCGCTCAATT GGTCGTAGAC AGCTCTAGCA CCGCTTAAAC GCACGTACGC GCTGTCCCCC GCGTTTTAAC CGCCAAGGGG ATTACTCCCT AGTCTCCAGG CACGTGTCAG ATATATACAT CCTGTGCATG ACTAGATATC CCGCCCTGGA GAATCCCGGT GCCGAGGCCG CTCAATTGGT CGTAGACAGC TCTAGCACCG CTTAAACGCA CGTACGCGCT GTCCCCCGCG TTTTAACCGC CAAGGGGATT ACTCCCTAGT CTCCAGGCAC GTGTCAGATA TATACATCCT GTGCATGACT AGAT

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
2.5 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
10.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
5.0 mMBMEbeta-mercaptoethanol2-メルカプトエタノール
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Sample was absorbed on the grid for thirty seconds, then blotted for five seconds with a blot force zero before plunge freezing..
詳細The sample is crosslinked with 0.1% glutaraldehyde

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 14425 / 平均電子線量: 31.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 215069
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.14)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Ab initio reconstruction in cryoSPARC was used to build the initial model.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
詳細: Multi-body refinement based on the consensus refined map was performed to improve the resolution and quantity of the map.
使用した粒子像数: 111888
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る