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- EMDB-23613: Cryo-EM structure of the Sema3A/PlexinA4/Neuropilin 1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23613
タイトルCryo-EM structure of the Sema3A/PlexinA4/Neuropilin 1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of Sema3A, PlexinA4 and neuropilin 1
    • タンパク質・ペプチド: Neuropilin-1Neuropilin 1
    • タンパク質・ペプチド: Semaphorin-3Aセマフォリン
    • タンパク質・ペプチド: Plexin-A4
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / neural crest cell migration involved in sympathetic nervous system development / glossopharyngeal nerve morphogenesis / chemorepulsion of branchiomotor axon / regulation of negative chemotaxis / vagus nerve morphogenesis / cell migration involved in coronary vasculogenesis / anterior commissure morphogenesis / cranial nerve morphogenesis / trigeminal nerve morphogenesis ...Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / neural crest cell migration involved in sympathetic nervous system development / glossopharyngeal nerve morphogenesis / chemorepulsion of branchiomotor axon / regulation of negative chemotaxis / vagus nerve morphogenesis / cell migration involved in coronary vasculogenesis / anterior commissure morphogenesis / cranial nerve morphogenesis / trigeminal nerve morphogenesis / Signal transduction by L1 / regulation of axon extension involved in axon guidance / postganglionic parasympathetic fiber development / synaptic target recognition / facial nerve morphogenesis / sympathetic neuron axon guidance / CRMPs in Sema3A signaling / basal dendrite development / protein localization to early endosome / otic placode development / ニューロフィラメント / basal dendrite arborization / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / vestibulocochlear nerve structural organization / semaphorin receptor binding / dorsal root ganglion morphogenesis / epithelial cell migration / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / postsynapse organization / branchiomotor neuron axon guidance / renal artery morphogenesis / positive regulation of male gonad development / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / maintenance of synapse structure / axon extension involved in axon guidance / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / retina vasculature development in camera-type eye / blood vessel endothelial cell migration / sympathetic neuron projection extension / negative regulation of epithelial cell migration / motor neuron migration / endothelial cell chemotaxis / vascular endothelial growth factor binding / sympathetic ganglion development / axonogenesis involved in innervation / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / negative regulation of axon extension / vascular endothelial growth factor receptor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / nerve development / semaphorin receptor complex / positive regulation of neuron migration / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / olfactory bulb development / sympathetic nervous system development / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / coronary artery morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / regulation of Cdc42 protein signal transduction / chemorepellent activity / semaphorin receptor activity / commissural neuron axon guidance / embryonic heart tube development / negative regulation of cell adhesion / axon extension / motor neuron axon guidance / cell migration involved in sprouting angiogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / artery morphogenesis / axonal fasciculation / dendrite morphogenesis / 血管新生 / 神経堤 / positive regulation of filopodium assembly / negative chemotaxis / branching involved in blood vessel morphogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive chemotaxis / dendrite development / growth factor binding / sorting endosome / positive regulation of focal adhesion assembly
類似検索 - 分子機能
Semaphorin-3A, sema domain / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / 免疫グロブリンフォールド / セマフォリン / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal ...Semaphorin-3A, sema domain / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / 免疫グロブリンフォールド / セマフォリン / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain profile. / Plexin family / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Plexin repeat / Plexin repeat / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / IPT/TIG domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / ig-like, plexins, transcription factors / F5/8 type C domain / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / IPT domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
セマフォリン / Neuropilin-1 / Plexin-A4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Lu D / Shang G / He X / Bai X / Zhang X
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130289 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM136976 米国
Robert A. Welch FoundationI-1702 米国
Robert A. Welch FoundationI-1944 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP160082 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Architecture of the Sema3A/PlexinA4/Neuropilin tripartite complex.
著者: Defen Lu / Guijun Shang / Xiaojing He / Xiao-Chen Bai / Xuewu Zhang /
要旨: Secreted class 3 semaphorins (Sema3s) form tripartite complexes with the plexin receptor and neuropilin coreceptor, which are both transmembrane proteins that together mediate semaphorin signal for ...Secreted class 3 semaphorins (Sema3s) form tripartite complexes with the plexin receptor and neuropilin coreceptor, which are both transmembrane proteins that together mediate semaphorin signal for neuronal axon guidance and other processes. Despite extensive investigations, the overall architecture of and the molecular interactions in the Sema3/plexin/neuropilin complex are incompletely understood. Here we present the cryo-EM structure of a near intact extracellular region complex of Sema3A, PlexinA4 and Neuropilin 1 (Nrp1) at 3.7 Å resolution. The structure shows a large symmetric 2:2:2 assembly in which each subunit makes multiple interactions with others. The two PlexinA4 molecules in the complex do not interact directly, but their membrane proximal regions are close to each other and poised to promote the formation of the intracellular active dimer for signaling. The structure reveals a previously unknown interface between the a2b1b2 module in Nrp1 and the Sema domain of Sema3A. This interaction places the a2b1b2 module at the top of the complex, far away from the plasma membrane where the transmembrane regions of Nrp1 and PlexinA4 embed. As a result, the region following the a2b1b2 module in Nrp1 must span a large distance to allow the connection to the transmembrane region, suggesting an essential role for the long non-conserved linkers and the MAM domain in neuropilin in the semaphorin/plexin/neuropilin complex.
履歴
登録2021年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月5日-
マップ公開2021年5月5日-
更新2021年6月9日-
現状2021年6月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7m0r
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23613.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23613.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.015544364 - 0.04804559
平均 (標準偏差)0.0005064486 (±0.002195016)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 302.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z302.400302.400302.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0160.0480.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Sema3A, PlexinA4 and neuropilin 1

全体名称: Ternary complex of Sema3A, PlexinA4 and neuropilin 1
要素
  • 複合体: Ternary complex of Sema3A, PlexinA4 and neuropilin 1
    • タンパク質・ペプチド: Neuropilin-1Neuropilin 1
    • タンパク質・ペプチド: Semaphorin-3Aセマフォリン
    • タンパク質・ペプチド: Plexin-A4
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム

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超分子 #1: Ternary complex of Sema3A, PlexinA4 and neuropilin 1

超分子名称: Ternary complex of Sema3A, PlexinA4 and neuropilin 1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 600 kDa/nm

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分子 #1: Neuropilin-1

分子名称: Neuropilin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 64.132211 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FRSDKCGGTI KIENPGYLTS PGYPHSYHPS EKCEWLIQAP EPYQRIMINF NPHFDLEDRD CKYDYVEVID GENEGGRLWG KFCGKIAPS PVVSSGPFLF IKFVSDYETH GAGFSIRYEI FKRGPECSQN YTAPTGVIKS PGFPEKYPNS LECTYIIFAP K MSEIILEF ...文字列:
FRSDKCGGTI KIENPGYLTS PGYPHSYHPS EKCEWLIQAP EPYQRIMINF NPHFDLEDRD CKYDYVEVID GENEGGRLWG KFCGKIAPS PVVSSGPFLF IKFVSDYETH GAGFSIRYEI FKRGPECSQN YTAPTGVIKS PGFPEKYPNS LECTYIIFAP K MSEIILEF ESFDLEQDSN PPGGMFCRYD RLEIWDGFPE VGPHIGRYCG QKTPGRIRSS SGVLSMVFYT DSAIAKEGFS AN YSVLQSS ISEDFKCMEA LGMESGEIHS DQITASSQYG TNWSVERSRL NYPENGWTPG EDSYKEWIQV DLGLLRFVTA VGT QGAISK ETKKKYYVKT YRVDISSNGE DWISLKEGNK AIIFQGNTNP TDVVLGVFSK PLITRFVRIK PVSWETGISM RFEV YGCKI TDYPCSGMLG MVSGLISDSQ ITASNQADRN WMPENIRLVT SRTGWALPPS PHPYTNEWLQ VDLGDEKIVR GVIIQ GGKH RENKVFMRKF KIAYSNNGSD WKTIMDDSKR KAKSFEGNNN YDTPELRTFS PLSTRFIRIY PERATHSGLG LRMELL GCE VEAP

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分子 #2: Semaphorin-3A

分子名称: Semaphorin-3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 67.931812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NYANGKNNVP RLKLSYKEML ESNNVITFNG LANSSSYHTF LLDEERSRLY VGAKDHIFSF NLVNIKDFQK IVWPVSYTRR DECKWKGKD ILKECANFIK VLEAYNQTHL YACGTGAFHP ICTYIEVGHH PEDNIFKLQD SHFENGRGKS PYDPKLLTAS L LIDGELYS ...文字列:
NYANGKNNVP RLKLSYKEML ESNNVITFNG LANSSSYHTF LLDEERSRLY VGAKDHIFSF NLVNIKDFQK IVWPVSYTRR DECKWKGKD ILKECANFIK VLEAYNQTHL YACGTGAFHP ICTYIEVGHH PEDNIFKLQD SHFENGRGKS PYDPKLLTAS L LIDGELYS GTAADFMGRD FAIFRTLGHH HPIRTEQHDS RWLNDPRFIS AHLIPESDNP EDDKVYFFFR ENAIDGEHSG KA THARIGQ ICKNDFGGHR SLVNKWTTFL KARLICSVPG PNGIDTHFDE LQDVFLMNSK DPKNPIVYGV FTTSSNIFKG SAV CMYSMS DVRRVFLGPY AHRDGPNYQW VPYQGRVPYP RPGTCPSKTF GGFDSTKDLP DDVITFARSH PAMYNPVFPI NNRP IMIKT DVNYQFTQIV VDRVDAEDGQ YDVMFIGTDV GTVLKVVSVP KETWHDLEEV LLEEMTVFRE PTTISAMELS TKQQQ LYIG STAGVAQLPL HRCDIYGKAC AECCLARDPY CAWDGSSCSR YFPTAKARTR AQDIRNGDPL THCSD(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #3: Plexin-A4

分子名称: Plexin-A4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 133.253203 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KPSFVTFRGE PAEGFNHLVV DERTGHIYLG AVNRIYKLSS DLKVLVTHQT GPDEDNPKCY PPRIVQTCNE PLASTNNVNK MLLIDYKEN RLIACGSLYQ GICKLLRLED LFKLGEPFHK KEHYLSGVNE SGSVFGVIVS YSNFDDKLFI ATAVDGKPEY F PTISSRKL ...文字列:
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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1453090
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4gza

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26741
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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