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万見
- EMDB-23568: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein in complex with neutralis... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23568
タイトルCryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein in complex with neutralising nanobodies WNb2 and WNb10 (C1 symmetry)
マップデータPostProcessed map
試料
  • 複合体: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein in complex with neutralising nanobodies WNb2 and WNb10 (C1 symmetry)
    • 複合体: neutralising nanobodies WNb2 and WNb10
      • タンパク質・ペプチド: WNb2
      • タンパク質・ペプチド: Wnb10
    • 複合体: SARS-CoV-2 Spike proteinCoronavirus spike protein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 Spike proteinCoronavirus spike protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Vicugna pacos (アルパカ) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Pymm P / Tham W-H / Glukhova A
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT2002073 オーストラリア
Wellcome Trust208693/Z/17/Z オーストラリア
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Nanobody cocktails potently neutralize SARS-CoV-2 D614G N501Y variant and protect mice.
著者: Phillip Pymm / Amy Adair / Li-Jin Chan / James P Cooney / Francesca L Mordant / Cody C Allison / Ester Lopez / Ebene R Haycroft / Matthew T O'Neill / Li Lynn Tan / Melanie H Dietrich / Damien ...著者: Phillip Pymm / Amy Adair / Li-Jin Chan / James P Cooney / Francesca L Mordant / Cody C Allison / Ester Lopez / Ebene R Haycroft / Matthew T O'Neill / Li Lynn Tan / Melanie H Dietrich / Damien Drew / Marcel Doerflinger / Michael A Dengler / Nichollas E Scott / Adam K Wheatley / Nicholas A Gherardin / Hariprasad Venugopal / Deborah Cromer / Miles P Davenport / Raelene Pickering / Dale I Godfrey / Damian F J Purcell / Stephen J Kent / Amy W Chung / Kanta Subbarao / Marc Pellegrini / Alisa Glukhova / Wai-Hong Tham /
要旨: Neutralizing antibodies are important for immunity against SARS-CoV-2 and as therapeutics for the prevention and treatment of COVID-19. Here, we identified high-affinity nanobodies from alpacas ...Neutralizing antibodies are important for immunity against SARS-CoV-2 and as therapeutics for the prevention and treatment of COVID-19. Here, we identified high-affinity nanobodies from alpacas immunized with coronavirus spike and receptor-binding domains (RBD) that disrupted RBD engagement with the human receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) and potently neutralized SARS-CoV-2. Epitope mapping, X-ray crystallography, and cryo-electron microscopy revealed two distinct antigenic sites and showed two neutralizing nanobodies from different epitope classes bound simultaneously to the spike trimer. Nanobody-Fc fusions of the four most potent nanobodies blocked ACE2 engagement with RBD variants present in human populations and potently neutralized both wild-type SARS-CoV-2 and the N501Y D614G variant at concentrations as low as 0.1 nM. Prophylactic administration of either single nanobody-Fc or as mixtures reduced viral loads by up to 10-fold in mice infected with the N501Y D614G SARS-CoV-2 virus. These results suggest a role for nanobody-Fc fusions as prophylactic agents against SARS-CoV-2.
履歴
登録2021年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月5日-
マップ公開2021年5月5日-
更新2021年5月5日-
現状2021年5月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23568.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23568.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PostProcessed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.045408927 - 0.09531523
平均 (標準偏差)8.319037e-05 (±0.0033905872)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 357.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z416416416
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z357.760357.760357.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS416416416
D min/max/mean-0.0450.0950.000

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添付データ

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追加マップ: refine3D map

ファイルemd_23568_additional_1.map
注釈refine3D map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein in complex with neutralis...

全体名称: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein in complex with neutralising nanobodies WNb2 and WNb10 (C1 symmetry)
要素
  • 複合体: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein in complex with neutralising nanobodies WNb2 and WNb10 (C1 symmetry)
    • 複合体: neutralising nanobodies WNb2 and WNb10
      • タンパク質・ペプチド: WNb2
      • タンパク質・ペプチド: Wnb10
    • 複合体: SARS-CoV-2 Spike proteinCoronavirus spike protein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 Spike proteinCoronavirus spike protein

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超分子 #1: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein in complex with neutralis...

超分子名称: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Spike protein in complex with neutralising nanobodies WNb2 and WNb10 (C1 symmetry)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: neutralising nanobodies WNb2 and WNb10

超分子名称: neutralising nanobodies WNb2 and WNb10 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)

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超分子 #3: SARS-CoV-2 Spike protein

超分子名称: SARS-CoV-2 Spike protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

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分子 #1: SARS-CoV-2 Spike protein

分子名称: SARS-CoV-2 Spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
配列文字列: MGGEGLRASP RRRPLLPLQP RGCPRGDGCL RGGRGRAGFG FWRVTGGSSA SANHVHAFFF FLQLLGNVLV VVLSHHFGKE LRPSQAEFGT ATMFVFLVLL PLVSSQCVNL TTRTQLPPAY TNSFTRGVYY PDKVFRSSVL HSTQDLFLPF FSNVTWFHAI HVSGTNGTKR ...文字列:
MGGEGLRASP RRRPLLPLQP RGCPRGDGCL RGGRGRAGFG FWRVTGGSSA SANHVHAFFF FLQLLGNVLV VVLSHHFGKE LRPSQAEFGT ATMFVFLVLL PLVSSQCVNL TTRTQLPPAY TNSFTRGVYY PDKVFRSSVL HSTQDLFLPF FSNVTWFHAI HVSGTNGTKR FDNPVLPFND GVYFASTEKS NIIRGWIFGT TLDSKTQSLL IVNNATNVVI KVCEFQFCND PFLGVYYHKN NKSWMESEFR VYSSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QTLLALHRSY LTPGDSSSGW TAGAAAYYVG YLQPRTFLLK YNENGTITDA VDCALDPLSE TKCTLKSFTV EKGIYQTSNF RVQPTESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEVR QIAPGQTGKI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NNLDSKVGGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGST PCNGVEGFNC YFPLQSYGFQ PTNGVGYQPY RVVVLSFELL HAPATVCGPK KSTNLVKNKC VNFNFNGLTG TGVLTESNKK FLPFQQFGRD IADTTDAVRD PQTLEILDIT PCSFGGVSVI TPGTNTSNQV AVLYQDVNCT EVPVAIHADQ LTPTWRVYST GSNVFQTRAG CLIGAEHVNN SYECDIPIGA GICASYQTQT NSPGSASSVA SQSIIAYTMS LGAENSVAYS NNSIAIPTNF TISVTTEILP VSMTKTSVDC TMYICGDSTE CSNLLLQYGS FCTQLNRALT GIAVEQDKNT QEVFAQVKQI YKTPPIKDFG GFNFSQILPD PSKPSKRSPI EDLLFNKVTL ADAGFIKQYG DCLGDIAARD LICAQKFNGL TVLPPLLTDE MIAQYTSALL AGTITSGWTF GAGPALQIPF PMQMAYRFNG IGVTQNVLYE NQKLIANQFN SAIGKIQDSL SSTPSALGKL QDVVNQNAQA LNTLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RVDFCGKGYH LMSFPQSAPH GVVFLHVTYV PAQEKNFTTA PAICHDGKAH FPREGVFVSN GTHWFVTQRN FYEPQIITTD NTFVSGNCDV VIGIVNNTVY DPLQPELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQELGKYEQ GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLG RSLEVLFQGP GHHHHHHHHS AWSHPQFEKG GGSGGGGSGG SAWSHPQFEK

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分子 #2: WNb2

分子名称: WNb2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAVSGFTLD YYAIGWFRQA PGKEREGVSC ISSSGGNTKY ADSVKGRFTA SRDNAKNTFY LQMNSLKPED TAVYYCAAIA ATYYSGSYYF QCPHDGMDYW GKGTQVTVSS

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分子 #3: Wnb10

分子名称: Wnb10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFR RYLMGWARQV PGKGLEWVSG IYSDGSTYYA DSVKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNSLKPEDT AVYYCAKDRM DGSTWPERDF GSWGQGTQVT VSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 55.9 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22923
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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