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- EMDB-23530: Marseillevirus heterotrimeric (hexameric) nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23530
タイトルMarseillevirus heterotrimeric (hexameric) nucleosome
マップデータStructure of the Marseillevirus Hexamer
試料
  • 複合体: Marseillevirus heterotrimeric (hexameric) nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone doublet Delta-Gamma (Delta)
    • タンパク質・ペプチド: Histone doublet Delta-Gamma (Gamma)
    • タンパク質・ペプチド: Histone doublet Beta-Alpha (Beta)
    • タンパク質・ペプチド: Histone doublet Beta-Alpha (Alpha)
    • DNA: DNA (96-MER)
    • DNA: DNA (96-MER)
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B/H2A fusion protein / ヒストンH3 / Histone H2B/H2A fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物) / Marseillevirus marseillevirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Valencia-Sanchez MI / Abini-Agbomson S / Armache K-J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
David and Lucile Packard Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM115882-03 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: The structure of a virus-encoded nucleosome.
著者: Marco Igor Valencia-Sánchez / Stephen Abini-Agbomson / Miao Wang / Rachel Lee / Nikita Vasilyev / Jenny Zhang / Pablo De Ioannes / Bernard La Scola / Paul Talbert / Steve Henikoff / Evgeny ...著者: Marco Igor Valencia-Sánchez / Stephen Abini-Agbomson / Miao Wang / Rachel Lee / Nikita Vasilyev / Jenny Zhang / Pablo De Ioannes / Bernard La Scola / Paul Talbert / Steve Henikoff / Evgeny Nudler / Albert Erives / Karim-Jean Armache /
要旨: Certain large DNA viruses, including those in the Marseilleviridae family, encode histones. Here we show that fused histone pairs Hβ-Hα and Hδ-Hγ from Marseillevirus are structurally analogous to ...Certain large DNA viruses, including those in the Marseilleviridae family, encode histones. Here we show that fused histone pairs Hβ-Hα and Hδ-Hγ from Marseillevirus are structurally analogous to the eukaryotic histone pairs H2B-H2A and H4-H3. These viral histones form 'forced' heterodimers, and a heterotetramer of four such heterodimers assembles DNA to form structures virtually identical to canonical eukaryotic nucleosomes.
履歴
登録2021年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月5日-
マップ公開2021年5月5日-
更新2021年5月26日-
現状2021年5月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lv9
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23530.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23530.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the Marseillevirus Hexamer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.06 / ムービー #1: 8
最小 - 最大-0.22592568 - 21.980764
平均 (標準偏差)-0.00028707556 (±1.0064764)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 279.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z279.040279.040279.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.22621.981-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A Structure of the Marseillevirus Hexamer

ファイルemd_23530_half_map_1.map
注釈Half map A Structure of the Marseillevirus Hexamer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B Structure of the Marseillevirus Hexamer

ファイルemd_23530_half_map_2.map
注釈Half map B Structure of the Marseillevirus Hexamer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Marseillevirus heterotrimeric (hexameric) nucleosome

全体名称: Marseillevirus heterotrimeric (hexameric) nucleosome
要素
  • 複合体: Marseillevirus heterotrimeric (hexameric) nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone doublet Delta-Gamma (Delta)
    • タンパク質・ペプチド: Histone doublet Delta-Gamma (Gamma)
    • タンパク質・ペプチド: Histone doublet Beta-Alpha (Beta)
    • タンパク質・ペプチド: Histone doublet Beta-Alpha (Alpha)
    • DNA: DNA (96-MER)
    • DNA: DNA (96-MER)

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超分子 #1: Marseillevirus heterotrimeric (hexameric) nucleosome

超分子名称: Marseillevirus heterotrimeric (hexameric) nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: virus-encoded histone doublets Marseillevirus
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Histone doublet Delta-Gamma (Delta)

分子名称: Histone doublet Delta-Gamma (Delta) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Marseillevirus marseillevirus (ウイルス)
分子量理論値: 10.462416 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
LADHVSVGET QIPKASTQHL LRKAGSLSAA GDTEVPIRGF VHMKLHKLVQ KSLLAMQLAK RKTIMKSDVK KAAELMHLPV FAIPTKDSG AKGSVFLS

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分子 #2: Histone doublet Delta-Gamma (Gamma)

分子名称: Histone doublet Delta-Gamma (Gamma) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Marseillevirus marseillevirus (ウイルス)
分子量理論値: 11.7676 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
CRQKGAGSAG TGSETNSQEV RSQMRSTCLI IPKERFRTMA KEISKKEGHD VHIAEAALDM LQVIVESCTV RLLEKALVIT YSGKRTRVT SKDIETAFML EHGPLLE

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分子 #3: Histone doublet Beta-Alpha (Beta)

分子名称: Histone doublet Beta-Alpha (Beta) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Marseillevirus marseillevirus (ウイルス)
分子量理論値: 11.228021 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MATQKETTRK RDKSVNFRLG LRNMLAQIHP DISVQTEALS ELSNIAVFLG KKISHGAVTL LPEGTKTIKS SAVLLAAGDL YGKDLGRHA VGEMTKAVTR YGSAK

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分子 #4: Histone doublet Beta-Alpha (Alpha)

分子名称: Histone doublet Beta-Alpha (Alpha) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Marseillevirus marseillevirus (ウイルス)
分子量理論値: 17.675625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ESKEGSRSSK AKLQISVARS ERLLREHGGC SRVSEGAAVA LAAAIEYFMG EVLELAGNAA RDSKKVRISV KHITLAIQND AALFAVVGK GVFSGAGVSL ISVPIPRKKA RKTTEKEASS PKKKAAPKKK KAASKQKKSL SDKELAKLTK KELAKYEKEQ G MSPGY

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分子 #5: DNA (96-MER)

分子名称: DNA (96-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 29.08757 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DC) (DC)(DC)(DC)(DG)(DC) ...文字列:
(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DC) (DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)

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分子 #6: DNA (96-MER)

分子名称: DNA (96-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 29.527826 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG) (DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG) (DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHepesHepes
1.0 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸EDTAエチレンジアミン四酢酸
2.0 mMDTTDTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4503 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3017414
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. cryoSPARC)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio in CryoSparc
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 詳細: Ab initio in CryoSparc
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 128907
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7lv9:
Marseillevirus heterotrimeric (hexameric) nucleosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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