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- EMDB-23527: Cryo-EM structure of the yeast THO-Sub2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23527
タイトルCryo-EM structure of the yeast THO-Sub2 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: THO-Sub2
    • 複合体: Sub2
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase SUB2
    • 複合体: THO
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit HPR1
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit THP2
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit MFT1
    • 複合体: Tex1
      • タンパク質・ペプチド: Tex1
キーワードnuclear mRNA export / DEAD-box ATPase / mRNP remodeling / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoplasmic THO complex / THO complex part of transcription export complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / transcription export complex / Cdc73/Paf1 complex / : / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / subtelomeric heterochromatin formation / transcription-coupled nucleotide-excision repair ...nucleoplasmic THO complex / THO complex part of transcription export complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / transcription export complex / Cdc73/Paf1 complex / : / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / subtelomeric heterochromatin formation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / mRNA export from nucleus / stress granule assembly / transcription elongation by RNA polymerase II / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / 転写後修飾 / DNA recombination / RNA helicase activity / chromosome, telomeric region / nucleic acid binding / molecular adaptor activity / ヘリカーゼ / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
THO complex subunit Thp2 / Tho complex subunit THP2 / THO complex subunit 7/Mft1 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 / Tho complex subunit 7 / Transcription factor/nuclear export subunit protein 2 / Transcription- and export-related complex subunit ...THO complex subunit Thp2 / Tho complex subunit THP2 / THO complex subunit 7/Mft1 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 / Tho complex subunit 7 / Transcription factor/nuclear export subunit protein 2 / Transcription- and export-related complex subunit / THO complex subunit 2 N-terminus / THO complex, subunit THOC1 / THO complex subunit 1 transcription elongation factor / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
THO complex subunit THP2 / THO complex subunit HPR1 / THO complex subunit MFT1 / THO complex subunit 2 / ATP-dependent RNA helicase SUB2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces bayanus (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Xie Y / Ren Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133743 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the yeast TREX complex and coordination with the SR-like protein Gbp2.
著者: Yihu Xie / Bradley P Clarke / Yong Joon Kim / Austin L Ivey / Pate S Hill / Yi Shi / Yi Ren /
要旨: The evolutionarily conserved TRanscript-EXport (TREX) complex plays central roles during mRNP (messenger ribonucleoprotein) maturation and export from the nucleus to the cytoplasm. In yeast, TREX is ...The evolutionarily conserved TRanscript-EXport (TREX) complex plays central roles during mRNP (messenger ribonucleoprotein) maturation and export from the nucleus to the cytoplasm. In yeast, TREX is composed of the THO sub-complex (Tho2, Hpr1, Tex1, Mft1, and Thp2), the DEAD box ATPase Sub2, and Yra1. Here we present a 3.7 Å cryo-EM structure of the yeast THO•Sub2 complex. The structure reveals the intimate assembly of THO revolving around its largest subunit Tho2. THO stabilizes a semi-open conformation of the Sub2 ATPase via interactions with Tho2. We show that THO interacts with the serine-arginine (SR)-like protein Gbp2 through both the RS domain and RRM domains of Gbp2. Cross-linking mass spectrometry analysis supports the extensive interactions between THO and Gbp2, further revealing that RRM domains of Gbp2 are in close proximity to the C-terminal domain of Tho2. We propose that THO serves as a landing pad to configure Gbp2 to facilitate its loading onto mRNP.
履歴
登録2021年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月14日-
マップ公開2021年4月14日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7luv
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23527.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23527.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6811 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.009 / ムービー #1: 0.009
最小 - 最大-0.014631633 - 0.035607513
平均 (標準偏差)0.00015237037 (±0.0012308055)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 340.55002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.68110.68110.6811
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z340.550340.550340.550
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ645365
NX/NY/NZ139143124
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-0.0150.0360.000

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添付データ

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追加マップ: Assembly composed of four copies of the THO-Sub2 complex.

ファイルemd_23527_additional_1.map
注釈Assembly composed of four copies of the THO-Sub2 complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : THO-Sub2

全体名称: THO-Sub2
要素
  • 複合体: THO-Sub2
    • 複合体: Sub2
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase SUB2
    • 複合体: THO
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit HPR1
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit THP2
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit MFT1
    • 複合体: Tex1
      • タンパク質・ペプチド: Tex1

+
超分子 #1: THO-Sub2

超分子名称: THO-Sub2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: Sub2

超分子名称: Sub2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: THO

超分子名称: THO / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #4: Tex1

超分子名称: Tex1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Saccharomyces bayanus (酵母)

+
分子 #1: THO complex subunit HPR1

分子名称: THO complex subunit HPR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 71.126195 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSNTEELIQN SIGFLQKTFK ALPVSFDSIR HEPLPSSMLH ASVLNFEWEP LEKNISAIHD RDSLIDIILK RFIIDSMTNA IEDEEENNL EKGLLNSCIG LDFVYNSRFN RSNPASWGNT FFELFSTIID LLNSPSTFLK FWPYAESRIE WFKMNTSVEP V SLGESNLI ...文字列:
MSNTEELIQN SIGFLQKTFK ALPVSFDSIR HEPLPSSMLH ASVLNFEWEP LEKNISAIHD RDSLIDIILK RFIIDSMTNA IEDEEENNL EKGLLNSCIG LDFVYNSRFN RSNPASWGNT FFELFSTIID LLNSPSTFLK FWPYAESRIE WFKMNTSVEP V SLGESNLI SYKQPLYEKL RHWNDILAKL ENNDILNTVK HYNMKYKLEN FLSELLPINE ESNFNRSASI SALQESDNEW NR SARERES NRSSDVIFAA DYNFVFYHLI ICPIEFAFSD LEYKNDVDRS LSPLLDAILE IEENFYSKIK MNNRTRYSLE EAL NTEYYA NYDVMTPKLP VYMKHSNAMK MDRNEFWANL QNIKESDDYT LRPTIMDISL SNTTCLYKQL TQEDDDYYRK QFIL QLCFT TNLIRNLISS DETRNFYKSC YLRENPLSDI DFENLDEVNK KRGLNLCSYI CDNRVLKFYK IKDPDFYRVI RKLMS SDEK FTTAKIDGFK EFQNFRISKE KIPPPAFDET FKKFTFIKMG NKLINNVWKI PTGLDKIEQE VKKPEGVYEA AQAKWE SKI SSETSGGEAK DEIIRQWQTL RFLRSRYLFD FDKVNEKTGV

UniProtKB: THO complex subunit HPR1

+
分子 #2: THO complex subunit THP2

分子名称: THO complex subunit THP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 30.340264 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTKEEGRTYF ESLCEEEQSL QESQTHLLNI LDILSVLADP RSSDDLLTES LKKLPDLHRE LINSSIRLRY DKYQTREAQL LEDTKTGRD VAAGVQNPKS ISEYYSTFEH LNRDTLRYIN LLKRLSVDLA KQVEVSDPSV TVYEMDKWVP SEKLQGILEQ Y CAPDTDIR ...文字列:
MTKEEGRTYF ESLCEEEQSL QESQTHLLNI LDILSVLADP RSSDDLLTES LKKLPDLHRE LINSSIRLRY DKYQTREAQL LEDTKTGRD VAAGVQNPKS ISEYYSTFEH LNRDTLRYIN LLKRLSVDLA KQVEVSDPSV TVYEMDKWVP SEKLQGILEQ Y CAPDTDIR GVDAQIKNYL DQIKMARAKF GLENKYSLKE RLSTLTKELN HWRKEWDDIE MLMFGDDAHS MKKMIQKIDS LK SEINAPS ESYPVDKEGD IVLE

UniProtKB: THO complex subunit THP2

+
分子 #3: THO complex subunit 2

分子名称: THO complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 138.881453 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GAMGSMAEQT LLSKLNALSQ KVIPPASPSQ ASILTEEVIR N(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)ESN DEKEDWLRTL FIELFDFINK (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
GAMGSMAEQT LLSKLNALSQ KVIPPASPSQ ASILTEEVIR N(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)ESN DEKEDWLRTL FIELFDFINK (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)LTTISLCKL IPSLHE ELF KFSWISSKLL NKEQTTLLRH LLKKSKYELK KYNLLVENSV GYGQLVALLI LAYYDPDNFS KVSAYLKEIY HIMGKYS LD SIRTLDVILN VSSQFITEGY KFFIALLRKS DSWPSSHVAN NSNYSSLNEG GNMIAANIIS FNLSQYNEEV DKENYERY M DMCCILLKNG FVNFYSIWDN VKPEMEFLQE YIQNLETELE EESTKGVENP LAMAAALSTE NETDEDNALV VNDDVNMKD KISEETNADI ESKGKQKTQQ DILLFGKIKL LERLLIHGCV IPVIHVLKQY PKVLYVSESL SRYLGRVFEY LLNPLYTSMT SSGESKDMA TALMITRIDN GILAHKPRLI HKYKTHEPFE SLELNSSYVF YYSEWNSNLT PFASVNDLFE NSHIYLSIIG P YLGRIPTL LSKISRIGVA DIQKNHGSES LHVTIDKWID YVRKFIFPAT SLLQNNPIAT SEVYELMKFF PFEKRYFIYN EM MTKLSQD ILPLKVSFNK AEREAKSILK ALSIDTIAKE SRRFAKLIST NPLASLVPAV KQIENYDKVS ELVVYTTKYF NDF AYDVLQ FVLLLRLTYN RPAVQFDGVN QAMWVQRLSI FIAGLAKNCP NMDISNIITY ILKTLHNGNI IAVSILKELI ITVG GIRDL NEVNMKQLLM LNSGSPLKQY ARHLIYDFRD DNSVISSRLT SFFTDQSAIS EIILLLYTLN LKANTQNSHY KILST RCDE MNTLLWSFIE LIKHCLKGKA FEENVLPFVE LNNRFHLSTP WTFHIWRDYL DN(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)LKTLLFC CTSSEAGN L GLFFTDVLKK LEKMRLNGDF NDQASRKLYE WHSVITEQVI DLLSEKNYMS IRNGIEFMKH VTSVFPVVKA HIQLVYTTL EENLINEERE DIKLPSSALI GHLKARLKDA LELDEFCTLT EEEAEQKRIR EMELEEIKNY ETACQNEQKQ VALRKQLELN KSQRLQND

UniProtKB: THO complex subunit 2

+
分子 #4: THO complex subunit MFT1

分子名称: THO complex subunit MFT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 29.46748 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MPLSQKQIDQ VRTKVHYSEV DTPFNKYLDI LGKVTKLTGS IINGTLSNDD SKIEKLTEQN ISQLKESAHL RFLDLQSSID TKKVADENW ETCQQETLAK LENLKDKLPD IKSIHSKLLL RIGKLQGLYD SVQVINREVE GLSEGRTSLV VTRAEWEKEL G TDLVKFLI ...文字列:
MPLSQKQIDQ VRTKVHYSEV DTPFNKYLDI LGKVTKLTGS IINGTLSNDD SKIEKLTEQN ISQLKESAHL RFLDLQSSID TKKVADENW ETCQQETLAK LENLKDKLPD IKSIHSKLLL RIGKLQGLYD SVQVINREVE GLSEGRTSLV VTRAEWEKEL G TDLVKFLI EKNYLKLVDP GLKKDSSEER YRIYDDFSKG PKELESINAS MKSDIENVRQ EVSSYKEKWL RDAEIFGKIT SI FKEELLK RDGLLNEAE

UniProtKB: THO complex subunit MFT1

+
分子 #5: Tex1

分子名称: Tex1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces bayanus (酵母)
分子量理論値: 41.248668 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)SLKF HASGSSMAYS RMDGSLTVWF IKDASFDKSV KVYIPD CCG SDKLATDLSW NPTSLNQMAV VSNSSEISLL LINEITLTAS KLRTLSLGSK TKVNSCLYDP LGNWLLAATK SEKIYLF NV KEDHRLVHSL NVNDISPNTN DVVYSIAWNN NGSHIFVGFK SGHLVILKLR DEMLEVSTKI KAHTSSITGI KIDPWGRY F VTGSSDGNCY IWSLKSLCCE KIIQDLDSAV VALDVCHLGK ILGVCTEDEM VYFYDLNEAK LLESKSLANH KSDLVLKFY PDKSWYILSG KNDTLSNHFV KNEKNLITYW KDM

+
分子 #6: ATP-dependent RNA helicase SUB2

分子名称: ATP-dependent RNA helicase SUB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 50.375859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSHEGEEDLL EYSDNEQEIQ IDASKAAEAG ETGAATSATE GDNNNNTAAG DKKGSYVGIH STGFKDFLLK PELSRAIIDC GFEHPSEVQ QHTIPQSIHG TDVLCQAKSG LGKTAVFVLS TLQQLDPVPG EVAVVVICNA RELAYQIRNE YLRFSKYMPD V KTAVFYGG ...文字列:
MSHEGEEDLL EYSDNEQEIQ IDASKAAEAG ETGAATSATE GDNNNNTAAG DKKGSYVGIH STGFKDFLLK PELSRAIIDC GFEHPSEVQ QHTIPQSIHG TDVLCQAKSG LGKTAVFVLS TLQQLDPVPG EVAVVVICNA RELAYQIRNE YLRFSKYMPD V KTAVFYGG TPISKDAELL KNKDTAPHIV VATPGRLKAL VREKYIDLSH VKNFVIDECD KVLEELDMRR DVQEIFRATP RD KQVMMFS ATLSQEIRPI CRRFLQNPLE IFVDDEAKLT LHGLQQYYIK LEEREKNRKL AQLLDDLEFN QVIIFVKSTT RAN ELTKLL NASNFPAITV HGHMKQEERI ARYKAFKDFE KRICVSTDVF GRGIDIERIN LAINYDLTNE ADQYLHRVGR AGRF GTKGL AISFVSSKED EEVLAKIQER FDVKIAEFPE EGIDPSTYLN N

UniProtKB: ATP-dependent RNA helicase SUB2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5sup

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30066

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 114.5
得られたモデル

PDB-7luv:
Cryo-EM structure of the yeast THO-Sub2 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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