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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23421 | |||||||||
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タイトル | Yeast CIII2CIV1 supercomplex with cytochrome c | |||||||||
マップデータ | Yeast CIII2CIV1 supercomplex with cytochrome c. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ ...mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / 細胞呼吸 / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / 細胞呼吸 / proton transmembrane transport / nuclear periphery / ミトコンドリア / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Moe A / Di Trani J / Rubinstein J / Brzezinski P | |||||||||
資金援助 | カナダ, スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure and kinetics reveal electron transfer by 2D diffusion of cytochrome in the yeast III-IV respiratory supercomplex. 著者: Agnes Moe / Justin Di Trani / John L Rubinstein / Peter Brzezinski / 要旨: Energy conversion in aerobic organisms involves an electron current from low-potential donors, such as NADH and succinate, to dioxygen through the membrane-bound respiratory chain. Electron transfer ...Energy conversion in aerobic organisms involves an electron current from low-potential donors, such as NADH and succinate, to dioxygen through the membrane-bound respiratory chain. Electron transfer is coupled to transmembrane proton transport, which maintains the electrochemical proton gradient used to produce ATP and drive other cellular processes. Electrons are transferred from respiratory complexes III to IV (CIII and CIV) by water-soluble cytochrome (cyt.) In and some other organisms, these complexes assemble into larger CIIICIV supercomplexes, the functional significance of which has remained enigmatic. In this work, we measured the kinetics of the supercomplex cyt. -mediated QH:O oxidoreductase activity under various conditions. The data indicate that the electronic link between CIII and CIV is confined to the surface of the supercomplex. Single-particle electron cryomicroscopy (cryo-EM) structures of the supercomplex with cyt. show the positively charged cyt. bound to either CIII or CIV or along a continuum of intermediate positions. Collectively, the structural and kinetic data indicate that cyt. travels along a negatively charged patch on the supercomplex surface. Thus, rather than enhancing electron transfer rates by decreasing the distance that cyt. must diffuse in three dimensions, formation of the CIIICIV supercomplex facilitates electron transfer by two-dimensional (2D) diffusion of cyt. This mechanism enables the CIIICIV supercomplex to increase QH:O oxidoreductase activity and suggests a possible regulatory role for supercomplex formation in the respiratory chain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23421.map.gz | 165.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23421-v30.xml emd-23421.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23421_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23421.png | 38.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23421 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23421 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23421.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Yeast CIII2CIV1 supercomplex with cytochrome c. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yeast III-IV supercomplex with cytochrome c
全体 | 名称: Yeast III-IV supercomplex with cytochrome c |
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要素 |
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-超分子 #1: Yeast III-IV supercomplex with cytochrome c
超分子 | 名称: Yeast III-IV supercomplex with cytochrome c / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
詳細 | monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |