[日本語] English
万見
- EMDB-23401: Cryo-EM structure of the B dENE construct complexed with a 28-mer... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23401
タイトルCryo-EM structure of the B dENE construct complexed with a 28-mer poly(A)
マップデータCryo-EM structure of the B dENE construct complexed with a 28-mer poly(A).
試料
  • 複合体: dENE construct complexed with a 28-mer poly(A)
    • RNA: B dENE construct
    • RNA: poly(A)ポリアデニル化
キーワードRNA triple helix / RNA stability / poly(A) (ポリアデニル化) / SAXS and cryo-EM / RNA (リボ核酸)
生物種Oryza sativa (イネ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Torabi S / Chen Y
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01AI120943 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD021600 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structural analyses of an RNA stability element interacting with poly(A).
著者: Seyed-Fakhreddin Torabi / Yen-Lin Chen / Kaiming Zhang / Jimin Wang / Suzanne J DeGregorio / Anand T Vaidya / Zhaoming Su / Suzette A Pabit / Wah Chiu / Lois Pollack / Joan A Steitz /
要旨: Cis-acting RNA elements are crucial for the regulation of polyadenylated RNA stability. The element for nuclear expression (ENE) contains a U-rich internal loop flanked by short helices. An ENE ...Cis-acting RNA elements are crucial for the regulation of polyadenylated RNA stability. The element for nuclear expression (ENE) contains a U-rich internal loop flanked by short helices. An ENE stabilizes RNA by sequestering the poly(A) tail via formation of a triplex structure that inhibits a rapid deadenylation-dependent decay pathway. Structure-based bioinformatic studies identified numerous ENE-like elements in evolutionarily diverse genomes, including a subclass containing two ENE motifs separated by a short double-helical region (double ENEs [dENEs]). Here, the structure of a dENE derived from a rice transposable element (TWIFB1) before and after poly(A) binding (∼24 kDa and ∼33 kDa, respectively) is investigated. We combine biochemical structure probing, small angle X-ray scattering (SAXS), and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to investigate the dENE structure and its local and global structural changes upon poly(A) binding. Our data reveal 1) the directionality of poly(A) binding to the dENE, and 2) that the dENE-poly(A) interaction involves a motif that protects the 3'-most seven adenylates of the poly(A). Furthermore, we demonstrate that the dENE does not undergo a dramatic global conformational change upon poly(A) binding. These findings are consistent with the recently solved crystal structure of a dENE+poly(A) complex [S.-F. Torabi , 371, eabe6523 (2021)]. Identification of additional modes of poly(A)-RNA interaction opens new venues for better understanding of poly(A) tail biology.
履歴
登録2021年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月14日-
マップ公開2021年4月14日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.459
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.459
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ljy
  • 表面レベル: 0.459
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23401.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the B dENE construct complexed with a 28-mer poly(A).
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.459 / ムービー #1: 0.459
最小 - 最大-3.6010506 - 3.1136997
平均 (標準偏差)0.0020915293 (±0.06452999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 183.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z183.680183.680183.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ645365
NX/NY/NZ139143124
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-3.6013.1140.002

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : dENE construct complexed with a 28-mer poly(A)

全体名称: dENE construct complexed with a 28-mer poly(A)
要素
  • 複合体: dENE construct complexed with a 28-mer poly(A)
    • RNA: B dENE construct
    • RNA: poly(A)ポリアデニル化

-
超分子 #1: dENE construct complexed with a 28-mer poly(A)

超分子名称: dENE construct complexed with a 28-mer poly(A) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Oryza sativa (イネ)
分子量理論値: 33 KDa

-
分子 #1: B dENE construct

分子名称: B dENE construct / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryza sativa (イネ)
分子量理論値: 24.242186 KDa
配列文字列:
GGGUACUCUU UUCUUUGUCA UGGUUUUCUC AGGCGAAAGU CUGAGUUUUU ACAUGACAAA GUUUUUAACG AGGCCC

-
分子 #2: poly(A)

分子名称: poly(A) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.172806 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAA

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / 使用した粒子像数: 283486

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7ljy:
Cryo-EM structure of the B dENE construct complexed with a 28-mer poly(A)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る