[日本語] English
万見
- EMDB-23160: Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike bound by the engineered hum... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23160
タイトルPrefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike bound by the engineered human antibody ADG-2
マップデータFull map sharpened in cryoSPARC v2
試料
  • 複合体: Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike bound by a single copy of ADG-2 Fab
    • 複合体: ADG-2 Fab
    • 複合体: spike glycoproteinスパイクタンパク質
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.94 Å
データ登録者Wrapp D / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI127521 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Broad and potent activity against SARS-like viruses by an engineered human monoclonal antibody.
著者: C Garrett Rappazzo / Longping V Tse / Chengzi I Kaku / Daniel Wrapp / Mrunal Sakharkar / Deli Huang / Laura M Deveau / Thomas J Yockachonis / Andrew S Herbert / Michael B Battles / Cecilia M ...著者: C Garrett Rappazzo / Longping V Tse / Chengzi I Kaku / Daniel Wrapp / Mrunal Sakharkar / Deli Huang / Laura M Deveau / Thomas J Yockachonis / Andrew S Herbert / Michael B Battles / Cecilia M O'Brien / Michael E Brown / James C Geoghegan / Jonathan Belk / Linghang Peng / Linlin Yang / Yixuan Hou / Trevor D Scobey / Dennis R Burton / David Nemazee / John M Dye / James E Voss / Bronwyn M Gunn / Jason S McLellan / Ralph S Baric / Lisa E Gralinski / Laura M Walker /
要旨: The recurrent zoonotic spillover of coronaviruses (CoVs) into the human population underscores the need for broadly active countermeasures. We employed a directed evolution approach to engineer three ...The recurrent zoonotic spillover of coronaviruses (CoVs) into the human population underscores the need for broadly active countermeasures. We employed a directed evolution approach to engineer three severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) antibodies for enhanced neutralization breadth and potency. One of the affinity-matured variants, ADG-2, displays strong binding activity to a large panel of sarbecovirus receptor binding domains and neutralizes representative epidemic sarbecoviruses with high potency. Structural and biochemical studies demonstrate that ADG-2 employs a distinct angle of approach to recognize a highly conserved epitope that overlaps the receptor binding site. In immunocompetent mouse models of SARS and COVID-19, prophylactic administration of ADG-2 provided complete protection against respiratory burden, viral replication in the lungs, and lung pathology. Altogether, ADG-2 represents a promising broad-spectrum therapeutic candidate against clade 1 sarbecoviruses.
履歴
登録2020年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月10日-
マップ公開2021年2月10日-
更新2021年3月3日-
現状2021年3月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23160.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23160.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map sharpened in cryoSPARC v2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.23477893 - 0.7339134
平均 (標準偏差)-0.00018431946 (±0.017313238)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 460.68002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0471.0471.047
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z460.680460.680460.680
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.2350.734-0.000

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_23160_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_23160_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike bound by a single copy of A...

全体名称: Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike bound by a single copy of ADG-2 Fab
要素
  • 複合体: Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike bound by a single copy of ADG-2 Fab
    • 複合体: ADG-2 Fab
    • 複合体: spike glycoproteinスパイクタンパク質

-
超分子 #1: Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike bound by a single copy of A...

超分子名称: Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike bound by a single copy of ADG-2 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
分子量理論値: 500 KDa

-
超分子 #2: ADG-2 Fab

超分子名称: ADG-2 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: spike glycoprotein

超分子名称: spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
組換発現生物種: unidentified (未定義)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
2.0 mMC4H11NO3Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
0.2 %NaN3sodium azide
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotted for 6 seconds at -1 force.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction in cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 57078
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6xkl

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る