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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23033 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae ER membrane protein complex bound to a Fab in DDM detergent | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phospholipid metabolic process / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane ...EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phospholipid metabolic process / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母) / Homo sapiens (ヒト) / Baker's yeast (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Miller-Vedam LE / Schirle Oakdale NS / Braeuning B / Boydston EA / Sevillano N / Popova KD / Bonnar JL / Shurtleff MJ / Prabu JR / Stroud RM ...Miller-Vedam LE / Schirle Oakdale NS / Braeuning B / Boydston EA / Sevillano N / Popova KD / Bonnar JL / Shurtleff MJ / Prabu JR / Stroud RM / Craik CS / Schulman BA / Weissman JS / Frost A | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structural and mechanistic basis of the EMC-dependent biogenesis of distinct transmembrane clients. 著者: Lakshmi E Miller-Vedam / Bastian Bräuning / Katerina D Popova / Nicole T Schirle Oakdale / Jessica L Bonnar / Jesuraj R Prabu / Elizabeth A Boydston / Natalia Sevillano / Matthew J Shurtleff ...著者: Lakshmi E Miller-Vedam / Bastian Bräuning / Katerina D Popova / Nicole T Schirle Oakdale / Jessica L Bonnar / Jesuraj R Prabu / Elizabeth A Boydston / Natalia Sevillano / Matthew J Shurtleff / Robert M Stroud / Charles S Craik / Brenda A Schulman / Adam Frost / Jonathan S Weissman / 要旨: Membrane protein biogenesis in the endoplasmic reticulum (ER) is complex and failure-prone. The ER membrane protein complex (EMC), comprising eight conserved subunits, has emerged as a central player ...Membrane protein biogenesis in the endoplasmic reticulum (ER) is complex and failure-prone. The ER membrane protein complex (EMC), comprising eight conserved subunits, has emerged as a central player in this process. Yet, we have limited understanding of how EMC enables insertion and integrity of diverse clients, from tail-anchored to polytopic transmembrane proteins. Here, yeast and human EMC cryo-EM structures reveal conserved intricate assemblies and human-specific features associated with pathologies. Structure-based functional studies distinguish between two separable EMC activities, as an insertase regulating tail-anchored protein levels and a broader role in polytopic membrane protein biogenesis. These depend on mechanistically coupled yet spatially distinct regions including two lipid-accessible membrane cavities which confer client-specific regulation, and a non-insertase EMC function mediated by the EMC lumenal domain. Our studies illuminate the structural and mechanistic basis of EMC's multifunctionality and point to its role in differentially regulating the biogenesis of distinct client protein classes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23033.map.gz | 5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23033-v30.xml emd-23033.xml | 34.2 KB 34.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23033_fsc.xml | 9.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23033.png | 91.2 KB | ||
マスクデータ | emd_23033_msk_1.map | 71.8 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_23033_additional_1.map.gz emd_23033_half_map_1.map.gz emd_23033_half_map_2.map.gz | 4.3 MB 66.6 MB 66.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23033 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23033 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23033.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 71.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_23033_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_23033_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_23033_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_23033_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : S. cerevisiae endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC...
+超分子 #1: S. cerevisiae endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC...
+超分子 #2: endoplasmic reticulum membrane protein complex
+超分子 #3: Fab DH4
+分子 #1: ER membrane protein complex subunit 1
+分子 #2: ER membrane protein complex subunit 2
+分子 #3: ER membrane protein complex subunit 3
+分子 #4: ER membrane protein complex subunit 4
+分子 #5: ER membrane protein complex subunit 5
+分子 #6: ER membrane protein complex subunit 6
+分子 #7: Protein SOP4
+分子 #8: Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10
+分子 #9: Fab DH4 heavy chain
+分子 #10: Fab DH4 light chain
+分子 #11: Unassigned helix
+分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法 #1
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
Microscopy ID | 1 |
詳細 | Dataset 1 collected on FEI Polara at UCSF on August 22nd, 2016. |
撮影 | Image recording ID: 1 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 56.8 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #1~
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
Microscopy ID | 1 |
詳細 | Dataset 2 collected on FEI Titan Krios at Janelia Research Campus on October 20th, 2016. |
撮影 | Image recording ID: 2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 58.3 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析 #1
-画像解析 #2
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7ktx: |