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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22963 | |||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the CGRP receptor with bound CGRP peptide in a detergent micelle | |||||||||||||||
マップデータ | Main map refined using non-uniform refinement in cryoSPARC | |||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / positive regulation of protein glycosylation / adrenomedullin binding / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex ...: / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / positive regulation of protein glycosylation / adrenomedullin binding / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / vascular associated smooth muscle cell proliferation / calcitonin gene-related peptide receptor activity / response to yeast / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of macrophage differentiation / antifungal humoral response / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / vasculature development / G protein-coupled receptor internalization / endothelial cell proliferation / negative regulation of bone resorption / leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of osteoclast differentiation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / endothelial cell migration / coreceptor activity / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of cytosolic calcium ion concentration / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of interleukin-8 production / protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor internalization / hormone activity / 血圧 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / vasodilation / calcium ion transport / protein transport / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / heart development / antibacterial humoral response / G alpha (s) signalling events / 血管新生 / defense response to Gram-negative bacterium / リソソーム / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / エンドソーム / defense response to Gram-positive bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / protein phosphorylation / 自然免疫系 / protein-containing complex binding / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Belousoff MJ / Danev R | |||||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, 4件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Structure and dynamics of the CGRP receptor in apo and peptide-bound forms. 著者: Tracy M Josephs / Matthew J Belousoff / Yi-Lynn Liang / Sarah J Piper / Jianjun Cao / Daniel J Garama / Katie Leach / Karen J Gregory / Arthur Christopoulos / Debbie L Hay / Radostin Danev / ...著者: Tracy M Josephs / Matthew J Belousoff / Yi-Lynn Liang / Sarah J Piper / Jianjun Cao / Daniel J Garama / Katie Leach / Karen J Gregory / Arthur Christopoulos / Debbie L Hay / Radostin Danev / Denise Wootten / Patrick M Sexton / 要旨: G protein-coupled receptors (GPCRs) are key regulators of information transmission between cells and organs. Despite this, we have only a limited understanding of the behavior of GPCRs in the apo ...G protein-coupled receptors (GPCRs) are key regulators of information transmission between cells and organs. Despite this, we have only a limited understanding of the behavior of GPCRs in the apo state and the conformational changes upon agonist binding that lead to G protein recruitment and activation. We expressed and purified unmodified apo and peptide-bound calcitonin gene-related peptide (CGRP) receptors from insect cells to determine their cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures, and we complemented these with analysis of protein conformational dynamics using hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry and three-dimensional variance analysis of the cryo-EM data. Together with our previously published structure of the active, Gs-bound CGRP receptor complex, our work provides insight into the mechanisms of class B1 GPCR activation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22963.map.gz | 26.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22963-v30.xml emd-22963.xml | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22963.png | 49.7 KB | ||
マスクデータ | emd_22963_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_22963_additional_1.map.gz emd_22963_half_map_1.map.gz emd_22963_half_map_2.map.gz | 4.8 MB 49 MB 49 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22963 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22963 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7knuMC 7kntC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10671 (タイトル: CryoEM structure of the CGRP receptor with bound CGRP peptide in a detergent micelle Data size: 1.6 TB Data #1: Non-gain-normalized LZW-TIFF compressed movies of CGRPR-CGRP in a detergent micelle [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map refined using non-uniform refinement in cryoSPARC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_22963_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map refined using SIDESplitter reconstruction in combination with...
ファイル | emd_22963_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map refined using SIDESplitter reconstruction in combination with RELION maximum likelihood. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_22963_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_22963_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CGRP receptor bound to CGRP and RAMP1
全体 | 名称: CGRP receptor bound to CGRP and RAMP1 |
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要素 |
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-超分子 #1: CGRP receptor bound to CGRP and RAMP1
超分子 | 名称: CGRP receptor bound to CGRP and RAMP1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: CGRP receptor with RAMP1
超分子 | 名称: CGRP receptor with RAMP1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-超分子 #3: Calcitonin gene-related peptide 1
超分子 | 名称: Calcitonin gene-related peptide 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Receptor activity-modifying protein 1
分子 | 名称: Receptor activity-modifying protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 17.066701 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKHGSCQE ANYGALLREL CLTQFQVDME AVGETLWCDW GRTIRSYREL ADCTWHMAEK LGCFWPNAE VDRFFLAVHG RYFRSCPISG RAVRDPPGSI LYPFIVVPIT VTLLVTALVV WQSKRTEGIV |
-分子 #2: Calcitonin gene-related peptide 1
分子 | 名称: Calcitonin gene-related peptide 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 3.797347 KDa |
配列 | 文字列: ACDTATCVTH RLAGLLSRSG GVVKNNFVPT NVGSKAF |
-分子 #3: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
分子 | 名称: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 56.27452 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PAELEESPED SIQLGVTRNK IMTAQYECYQ KIMQDPIQQA EGVYCNRTWD GWLCWNDVA AGTESMQLCP DYFQDFDPSE KVTKICDQDG NWFRHPASNR TWTNYTQCNV NTHEKVKTAL NLFYLTIIGH G LSIASLLI ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PAELEESPED SIQLGVTRNK IMTAQYECYQ KIMQDPIQQA EGVYCNRTWD GWLCWNDVA AGTESMQLCP DYFQDFDPSE KVTKICDQDG NWFRHPASNR TWTNYTQCNV NTHEKVKTAL NLFYLTIIGH G LSIASLLI SLGIFFYFKS LSCQRITLHK NLFFSFVCNS VVTIIHLTAV ANNQALVATN PVSCKVSQFI HLYLMGCNYF WM LCEGIYL HTLIVVAVFA EKQHLMWYYF LGWGFPLIPA CIHAIARSLY YNDNCWISSD THLLYIIHGP ICAALLVNLF FLL NIVRVL ITKLKVTHQA ESNLYMKAVR ATLILVPLLG IEFVLIPWRP EGKIAEEVYD YIMHILMHFQ GLLVSTIFCF FNGE VQAIL RRNWNQYKIQ FGNSFSNSEA LRSASYTVST ISDGPGYSHD CPSEHLNGKS IHDIENVLLK PENLYNPAGL EVLFQ GPHH HHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 57.3 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 284400 |