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- EMDB-22963: CryoEM structure of the CGRP receptor with bound CGRP peptide in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22963
タイトルCryoEM structure of the CGRP receptor with bound CGRP peptide in a detergent micelle
マップデータMain map refined using non-uniform refinement in cryoSPARC
試料
  • 複合体: CGRP receptor bound to CGRP and RAMP1
    • 複合体: CGRP receptor with RAMP1
      • タンパク質・ペプチド: Receptor activity-modifying protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
    • 複合体: Calcitonin gene-related peptide 1カルシトニン遺伝子関連ペプチド
      • タンパク質・ペプチド: Calcitonin gene-related peptide 1カルシトニン遺伝子関連ペプチド
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / positive regulation of protein glycosylation / adrenomedullin binding / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex ...: / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / positive regulation of protein glycosylation / adrenomedullin binding / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / vascular associated smooth muscle cell proliferation / calcitonin gene-related peptide receptor activity / response to yeast / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of macrophage differentiation / antifungal humoral response / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / vasculature development / G protein-coupled receptor internalization / endothelial cell proliferation / negative regulation of bone resorption / leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of osteoclast differentiation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / endothelial cell migration / coreceptor activity / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of cytosolic calcium ion concentration / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of interleukin-8 production / protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor internalization / hormone activity / 血圧 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / vasodilation / calcium ion transport / protein transport / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / heart development / antibacterial humoral response / G alpha (s) signalling events / 血管新生 / defense response to Gram-negative bacterium / リソソーム / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / エンドソーム / defense response to Gram-positive bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / protein phosphorylation / 自然免疫系 / protein-containing complex binding / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
カルシトニン遺伝子関連ペプチド / GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. ...カルシトニン遺伝子関連ペプチド / GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. / カルシトニン / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor activity-modifying protein 1 / Calcitonin gene-related peptide 1 / Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Belousoff MJ / Danev R
資金援助 オーストラリア, 4件
OrganizationGrant number
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1061044 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1065410 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1126857 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1055134 オーストラリア
引用ジャーナル: Science / : 2021
タイトル: Structure and dynamics of the CGRP receptor in apo and peptide-bound forms.
著者: Tracy M Josephs / Matthew J Belousoff / Yi-Lynn Liang / Sarah J Piper / Jianjun Cao / Daniel J Garama / Katie Leach / Karen J Gregory / Arthur Christopoulos / Debbie L Hay / Radostin Danev / ...著者: Tracy M Josephs / Matthew J Belousoff / Yi-Lynn Liang / Sarah J Piper / Jianjun Cao / Daniel J Garama / Katie Leach / Karen J Gregory / Arthur Christopoulos / Debbie L Hay / Radostin Danev / Denise Wootten / Patrick M Sexton /
要旨: G protein-coupled receptors (GPCRs) are key regulators of information transmission between cells and organs. Despite this, we have only a limited understanding of the behavior of GPCRs in the apo ...G protein-coupled receptors (GPCRs) are key regulators of information transmission between cells and organs. Despite this, we have only a limited understanding of the behavior of GPCRs in the apo state and the conformational changes upon agonist binding that lead to G protein recruitment and activation. We expressed and purified unmodified apo and peptide-bound calcitonin gene-related peptide (CGRP) receptors from insect cells to determine their cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures, and we complemented these with analysis of protein conformational dynamics using hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry and three-dimensional variance analysis of the cryo-EM data. Together with our previously published structure of the active, Gs-bound CGRP receptor complex, our work provides insight into the mechanisms of class B1 GPCR activation.
履歴
登録2020年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月24日-
マップ公開2021年2月24日-
更新2021年4月21日-
現状2021年4月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.235
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.235
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7knu
  • 表面レベル: 0.235
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7knu
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map refined using non-uniform refinement in cryoSPARC
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.235 / ムービー #1: 0.235
最小 - 最大-0.5243779 - 0.8792717
平均 (標準偏差)-0.00069612375 (±0.033403132)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 199.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z199.200199.200199.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.5240.879-0.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22963_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: Map refined using SIDESplitter reconstruction in combination with...

ファイルemd_22963_additional_1.map
注釈Map refined using SIDESplitter reconstruction in combination with RELION maximum likelihood.
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_22963_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_22963_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : CGRP receptor bound to CGRP and RAMP1

全体名称: CGRP receptor bound to CGRP and RAMP1
要素
  • 複合体: CGRP receptor bound to CGRP and RAMP1
    • 複合体: CGRP receptor with RAMP1
      • タンパク質・ペプチド: Receptor activity-modifying protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
    • 複合体: Calcitonin gene-related peptide 1カルシトニン遺伝子関連ペプチド
      • タンパク質・ペプチド: Calcitonin gene-related peptide 1カルシトニン遺伝子関連ペプチド

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超分子 #1: CGRP receptor bound to CGRP and RAMP1

超分子名称: CGRP receptor bound to CGRP and RAMP1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: CGRP receptor with RAMP1

超分子名称: CGRP receptor with RAMP1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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超分子 #3: Calcitonin gene-related peptide 1

超分子名称: Calcitonin gene-related peptide 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Receptor activity-modifying protein 1

分子名称: Receptor activity-modifying protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.066701 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKHGSCQE ANYGALLREL CLTQFQVDME AVGETLWCDW GRTIRSYREL ADCTWHMAEK LGCFWPNAE VDRFFLAVHG RYFRSCPISG RAVRDPPGSI LYPFIVVPIT VTLLVTALVV WQSKRTEGIV

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分子 #2: Calcitonin gene-related peptide 1

分子名称: Calcitonin gene-related peptide 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.797347 KDa
配列文字列:
ACDTATCVTH RLAGLLSRSG GVVKNNFVPT NVGSKAF

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分子 #3: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

分子名称: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.27452 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PAELEESPED SIQLGVTRNK IMTAQYECYQ KIMQDPIQQA EGVYCNRTWD GWLCWNDVA AGTESMQLCP DYFQDFDPSE KVTKICDQDG NWFRHPASNR TWTNYTQCNV NTHEKVKTAL NLFYLTIIGH G LSIASLLI ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PAELEESPED SIQLGVTRNK IMTAQYECYQ KIMQDPIQQA EGVYCNRTWD GWLCWNDVA AGTESMQLCP DYFQDFDPSE KVTKICDQDG NWFRHPASNR TWTNYTQCNV NTHEKVKTAL NLFYLTIIGH G LSIASLLI SLGIFFYFKS LSCQRITLHK NLFFSFVCNS VVTIIHLTAV ANNQALVATN PVSCKVSQFI HLYLMGCNYF WM LCEGIYL HTLIVVAVFA EKQHLMWYYF LGWGFPLIPA CIHAIARSLY YNDNCWISSD THLLYIIHGP ICAALLVNLF FLL NIVRVL ITKLKVTHQA ESNLYMKAVR ATLILVPLLG IEFVLIPWRP EGKIAEEVYD YIMHILMHFQ GLLVSTIFCF FNGE VQAIL RRNWNQYKIQ FGNSFSNSEA LRSASYTVST ISDGPGYSHD CPSEHLNGKS IHDIENVLLK PENLYNPAGL EVLFQ GPHH HHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 57.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 284400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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