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万見
- EMDB-22909: SARS-CoV-2 Spike bound to Nb11 in closed conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22909
タイトルSARS-CoV-2 Spike bound to Nb11 in closed conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb11
    • 複合体: Spike S2P glycoprotein
    • 複合体: synthetic nanobody Nb11
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å
データ登録者Schoof MS / Faust BF / Saunders RA / Sangwan S / Rezelj V / Hoppe N / Boone M / Billesboelle CB / Puchades C / Azumaya CM ...Schoof MS / Faust BF / Saunders RA / Sangwan S / Rezelj V / Hoppe N / Boone M / Billesboelle CB / Puchades C / Azumaya CM / Kratochvil HT / Zimanyi M / Desphande I / Liang J / Dickinson S / Nguyen HC / Chio CM / Merz GE / Thompson MC / Diwanji D / Schaefer K / Anand AA / Dobzinski N / Zha BS / Simoneau CR / Leon K / White KM / Chio US / Gupta M / Jin M / Li F / Liu Y / Zhang K / Bulkley D / Sun M / Smith AM / Rizo AN / Moss F / Brilot AF / Pourmal S / Trenker R / Pospiech T / Gupta S / Barsi-Rhyne B / Belyy V / Barile-Hill AW / Nock S / Krogan NJ / Ralston CY / Swaney DL / Garcia-Sastre A / Ott M / Vignuzzi M / Walter P / Manglik A / QCRG Structural Biology Consortium
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: An ultrapotent synthetic nanobody neutralizes SARS-CoV-2 by stabilizing inactive Spike.
著者: Michael Schoof / Bryan Faust / Reuben A Saunders / Smriti Sangwan / Veronica Rezelj / Nick Hoppe / Morgane Boone / Christian B Billesbølle / Cristina Puchades / Caleigh M Azumaya / Huong T ...著者: Michael Schoof / Bryan Faust / Reuben A Saunders / Smriti Sangwan / Veronica Rezelj / Nick Hoppe / Morgane Boone / Christian B Billesbølle / Cristina Puchades / Caleigh M Azumaya / Huong T Kratochvil / Marcell Zimanyi / Ishan Deshpande / Jiahao Liang / Sasha Dickinson / Henry C Nguyen / Cynthia M Chio / Gregory E Merz / Michael C Thompson / Devan Diwanji / Kaitlin Schaefer / Aditya A Anand / Niv Dobzinski / Beth Shoshana Zha / Camille R Simoneau / Kristoffer Leon / Kris M White / Un Seng Chio / Meghna Gupta / Mingliang Jin / Fei Li / Yanxin Liu / Kaihua Zhang / David Bulkley / Ming Sun / Amber M Smith / Alexandrea N Rizo / Frank Moss / Axel F Brilot / Sergei Pourmal / Raphael Trenker / Thomas Pospiech / Sayan Gupta / Benjamin Barsi-Rhyne / Vladislav Belyy / Andrew W Barile-Hill / Silke Nock / Yuwei Liu / Nevan J Krogan / Corie Y Ralston / Danielle L Swaney / Adolfo García-Sastre / Melanie Ott / Marco Vignuzzi / / Peter Walter / Aashish Manglik /
要旨: The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus enters host cells via an interaction between its Spike protein and the host cell receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus enters host cells via an interaction between its Spike protein and the host cell receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). By screening a yeast surface-displayed library of synthetic nanobody sequences, we developed nanobodies that disrupt the interaction between Spike and ACE2. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) revealed that one nanobody, Nb6, binds Spike in a fully inactive conformation with its receptor binding domains locked into their inaccessible down state, incapable of binding ACE2. Affinity maturation and structure-guided design of multivalency yielded a trivalent nanobody, mNb6-tri, with femtomolar affinity for Spike and picomolar neutralization of SARS-CoV-2 infection. mNb6-tri retains function after aerosolization, lyophilization, and heat treatment, which enables aerosol-mediated delivery of this potent neutralizer directly to the airway epithelia.
履歴
登録2020年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2021年4月21日-
現状2021年4月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22909.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22909.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.009 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.01607592 - 0.046804536
平均 (標準偏差)5.9433463e-05 (±0.0015558585)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 427.008 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8340.8340.834
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z427.008427.008427.008
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0160.0470.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb11

全体名称: Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb11
要素
  • 複合体: Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb11
    • 複合体: Spike S2P glycoprotein
    • 複合体: synthetic nanobody Nb11

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超分子 #1: Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb11

超分子名称: Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb11
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: Spike S2P glycoprotein

超分子名称: Spike S2P glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組換細胞: ExpiCHO

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超分子 #3: synthetic nanobody Nb11

超分子名称: synthetic nanobody Nb11 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 4103 / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1204855
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
詳細: Performed at reconstruction, as is standard for cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 27611

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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