[日本語] English
万見
- EMDB-22713: Subtomogram average of flagellar axoneme doublet from the Tetrahy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22713
タイトルSubtomogram average of flagellar axoneme doublet from the Tetrahymena thermophila Fap115 knockout mutant
マップデータSubtomogram average of flagellar axoneme doublet from the Tetrahymena thermophila mutant Fap115 knockout
試料
  • 細胞器官・細胞要素: flagellum鞭毛
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.3 Å
データ登録者Fabritius AS / Bayless BA / Li S / Stoddard D / Heydeck W / Ebmeier CC / Anderson L / Gunnels T / Nachiappan C / Whitall J ...Fabritius AS / Bayless BA / Li S / Stoddard D / Heydeck W / Ebmeier CC / Anderson L / Gunnels T / Nachiappan C / Whitall J / Old W / Agard DA / Nicastro D / Winey M
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM127571 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118099 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD020054 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD021741 米国
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2021
タイトル: Proteomic analysis of microtubule inner proteins (MIPs) in Rib72 null cells reveals functional MIPs.
著者: Amy S Fabritius / Brian A Bayless / Sam Li / Daniel Stoddard / Westley Heydeck / Christopher C Ebmeier / Lauren Anderson / Tess Gunnels / Chidambaram Nachiappan / Justen B Whittall / William ...著者: Amy S Fabritius / Brian A Bayless / Sam Li / Daniel Stoddard / Westley Heydeck / Christopher C Ebmeier / Lauren Anderson / Tess Gunnels / Chidambaram Nachiappan / Justen B Whittall / William Old / David A Agard / Daniela Nicastro / Mark Winey /
要旨: The core structure of motile cilia and flagella, the axoneme, is built from a stable population of doublet microtubules. This unique stability is brought about, at least in part, by a network of ...The core structure of motile cilia and flagella, the axoneme, is built from a stable population of doublet microtubules. This unique stability is brought about, at least in part, by a network of microtubule inner proteins (MIPs) that are bound to the luminal side of the microtubule walls. Rib72A and Rib72B were identified as MIPs in the motile cilia of the protist . Loss of these proteins leads to ciliary defects and loss of additional MIPs. We performed mass spectrometry coupled with proteomic analysis and bioinformatics to identify the MIPs lost in knockout axonemes. We identified a number of candidate MIPs and pursued one, Fap115, for functional characterization. We find that loss of Fap115 results in disrupted cell swimming and aberrant ciliary beating. Cryo-electron tomography reveals that Fap115 localizes to MIP6a in the A-tubule of the doublet microtubules. Overall, our results highlight the complex relationship between MIPs, ciliary structure, and ciliary function.
履歴
登録2020年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2021年10月27日-
現状2021年10月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22713.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of flagellar axoneme doublet from the Tetrahymena thermophila mutant Fap115 knockout
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.07 / ムービー #1: 4.07
最小 - 最大-19.729034 - 24.488508
平均 (標準偏差)0.010748332 (±1.9044642)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin22138
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 742.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.35.35.3
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z742.000742.000742.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS22138
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-19.72924.4890.011

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : flagellum

全体名称: flagellum鞭毛
要素
  • 細胞器官・細胞要素: flagellum鞭毛

-
超分子 #1: flagellum

超分子名称: flagellum / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: flagellar axoneme isolated from Tetrahymena thermophila
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: Fap115 knockout / Organelle: flagellum

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

抽出トモグラム数: 5926 / 使用した粒子像数: 5926
CTF補正ソフトウェア - 名称: TOMOCTF
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 2.4)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 2.4) / 使用したサブトモグラム数: 5926

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る