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万見
- EMDB-22417: ORC-O1AAA: Human Origin Recognition Complex (ORC) with dynamic/un... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22417
タイトルORC-O1AAA: Human Origin Recognition Complex (ORC) with dynamic/unresolved ORC2 WH
マップデータcombination of global and focused refinement utilizing the 'vop max' function in chimera
試料
  • 複合体: ORC-O1AAA
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1複製起点認識複合体
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2複製起点認識複合体
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3複製起点認識複合体
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4複製起点認識複合体
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5複製起点認識複合体
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム
キーワードreplication (DNA複製) / AAA+ / ORC / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / 複製起点認識複合体 / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / inner kinetochore / nuclear origin of replication recognition complex / nuclear pre-replicative complex / neural precursor cell proliferation / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling ...polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / 複製起点認識複合体 / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / inner kinetochore / nuclear origin of replication recognition complex / nuclear pre-replicative complex / neural precursor cell proliferation / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / G1/S-Specific Transcription / DNA replication origin binding / regulation of DNA replication / DNA replication initiation / protein polymerization / Activation of the pre-replicative complex / glial cell proliferation / ヘテロクロマチン / Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / DNA複製 / chromosome, telomeric region / nuclear body / nucleotide binding / 中心体 / chromatin binding / クロマチン / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 ...Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jaremko MJ / Joshua-Tor L
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM129923 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM45436 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: The dynamic nature of the human origin recognition complex revealed through five cryoEM structures.
著者: Matt J Jaremko / Kin Fan On / Dennis R Thomas / Bruce Stillman / Leemor Joshua-Tor /
要旨: Genome replication is initiated from specific origin sites established by dynamic events. The Origin Recognition Complex (ORC) is necessary for orchestrating the initiation process by binding to ...Genome replication is initiated from specific origin sites established by dynamic events. The Origin Recognition Complex (ORC) is necessary for orchestrating the initiation process by binding to origin DNA, recruiting CDC6, and assembling the MCM replicative helicase on DNA. Here we report five cryoEM structures of the human ORC (HsORC) that illustrate the native flexibility of the complex. The absence of ORC1 revealed a compact, stable complex of ORC2-5. Introduction of ORC1 opens the complex into several dynamic conformations. Two structures revealed dynamic movements of the ORC1 AAA+ and ORC2 winged-helix domains that likely impact DNA incorporation into the ORC core. Additional twist and pinch motions were observed in an open ORC conformation revealing a hinge at the ORC5·ORC3 interface that may facilitate ORC binding to DNA. Finally, a structure of ORC was determined with endogenous DNA bound in the core revealing important differences between human and yeast origin recognition.
履歴
登録2020年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月2日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jpo
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22417.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22417.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈combination of global and focused refinement utilizing the 'vop max' function in chimera
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.027 / ムービー #1: 0.027
最小 - 最大-0.07263519 - 0.16221082
平均 (標準偏差)0.0010934744 (±0.0033720883)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z342.400342.400342.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0730.1620.001

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添付データ

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追加マップ: global refinement

ファイルemd_22417_additional_1.map
注釈global refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focused refinement

ファイルemd_22417_additional_2.map
注釈focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ORC-O1AAA

全体名称: ORC-O1AAA
要素
  • 複合体: ORC-O1AAA
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1複製起点認識複合体
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2複製起点認識複合体
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3複製起点認識複合体
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4複製起点認識複合体
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5複製起点認識複合体
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム

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超分子 #1: ORC-O1AAA

超分子名称: ORC-O1AAA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
詳細: 5 subunit complex with the ORC2 winged-helix domain in a dynamic/unresolved state
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 296.53 KDa

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分子 #1: Origin recognition complex subunit 1

分子名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.310887 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAPQIRSRSL AAQEPASVLE EARLRLHVSA VPESLPCREQ EFQDIYNFVE SKLLDHTGGC MYISGVPGTG KTATVHEVIR CLQQAAQAN DVPPFQYIEV NGMKLTEPHQ VYVQILQKLT GQKATANHAA ELLAKQFCTR GSPQETTVLL VDELDLLWTH K QDIMYNLF ...文字列:
MAPQIRSRSL AAQEPASVLE EARLRLHVSA VPESLPCREQ EFQDIYNFVE SKLLDHTGGC MYISGVPGTG KTATVHEVIR CLQQAAQAN DVPPFQYIEV NGMKLTEPHQ VYVQILQKLT GQKATANHAA ELLAKQFCTR GSPQETTVLL VDELDLLWTH K QDIMYNLF DWPTHKEARL VVLAIANTMD LPERIMMNRV SSRLGLTRMC FQPYTYSQLQ QILRSRLKHL KAFEDDAIQL VA RKVAALS GDARRCLDIC RRATEICEFS QQKPDSPGLV TIAHSMEAVD EMFSSSYITA IKNSSVLEQS FLRAILAEFR RSG LEEATF QQIYSQHVAL CRMEGLPYPT MSETMAVCSH LGSCRLLLVE PSRNDLLLRV RLNVSQDDVL YALKDE

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 1

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分子 #2: Origin recognition complex subunit 2

分子名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.063375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSKPELKEDK MLEVHFVGDD DVLNHILDRE GGAKLKKERA QLLVNPKKII KKPEYDLEED DQEVLKDQNY VEIMGRDVQE SLKNGSATG GGNKVYSFQN RKHSEKMAKL ASELAKTPQK SVSFSLKNDP EITINVPQSS KGHSASDKVQ PKNNDKSEFL S TAPRSLRK ...文字列:
MSKPELKEDK MLEVHFVGDD DVLNHILDRE GGAKLKKERA QLLVNPKKII KKPEYDLEED DQEVLKDQNY VEIMGRDVQE SLKNGSATG GGNKVYSFQN RKHSEKMAKL ASELAKTPQK SVSFSLKNDP EITINVPQSS KGHSASDKVQ PKNNDKSEFL S TAPRSLRK RLIVPRSHSD SESEYSASNS EDDEGVAQEH EEDTNAVIFS QKIQAQNRVV SAPVGKETPS KRMKRDKTSD LV EEYFEAH SSSKVLTSDR TLQKLKRAKL DQQTLRNLLS KVSPSFSAEL KQLNQQYEKL FHKWMLQLHL GFNIVLYGLG SKR DLLERF RTTMLQDSIH VVINGFFPGI SVKSVLNSIT EEVLDHMGTF RSILDQLDWI VNKFKEDSSL ELFLLIHNLD SQML RGEKS QQIIGQLSSL HNIYLIASID HLNAPLMWDH AKQSLFNWLW YETTTYSPYT EETSYENSLL VKQSGSLPLS SLTHV LRSL TPNARGIFRL LIKYQLDNQD NPSYIGLSFQ DFYQQCREAF LVNSDLTLRA QLTEFRDHKL IRTKKGTDGV EYLLIP VDN GTLTDFLEKE EEEA

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 2

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分子 #3: Origin recognition complex subunit 3

分子名称: Origin recognition complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.436133 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MATSSMSKGC FVFKPNSKKR KISLPIEDYF NKGKNEPEDS KLRFETYQLI WQQMKSENER LQEELNKNLF DNLIEFLQKS HSGFQKNSR DLGGQIKLRE IPTAALVLGV NVTDHDLTFG SLTEALQNNV TPYVVSLQAK DCPDMKHFLQ KLISQLMDCC V DIKSKEEE ...文字列:
MATSSMSKGC FVFKPNSKKR KISLPIEDYF NKGKNEPEDS KLRFETYQLI WQQMKSENER LQEELNKNLF DNLIEFLQKS HSGFQKNSR DLGGQIKLRE IPTAALVLGV NVTDHDLTFG SLTEALQNNV TPYVVSLQAK DCPDMKHFLQ KLISQLMDCC V DIKSKEEE SVHVTQRKTH YSMDSLSSWY MTVTQKTDPK MLSKKRTTSS QWQSPPVVVI LKDMESFATK VLQDFIIISS QH LHEFPLI LIFGIATSPI IIHRLLPHAV SSLLCIELFQ SLSCKEHLTT VLDKLLLTTQ FPFKINEKVL QVLTNIFLYH DFS VQNFIK GLQLSLLEHF YSQPLSVLCC NLPEAKRRIN FLSNNQCENI RRLPSFRRYV EKQASEKQVA LLTNERYLKE ETQL LLENL HVYHMNYFLV LRCLHKFTSS LPKYPLGRQI RELYCTCLEK NIWDSEEYAS VLQLLRMLAK DELMTILEKC FKVFK SYCE NHLGSTAKRI EEFLAQFQSL DAETKEEEDA SGSQPKGLQK TDLYHLQKSL LEMKELRRSK KQTKFEVLRE NVVNFI DCL VREYLLPPET QPLHEVVYFS AAHALREHLN AAPRIALHTA LNNPYYYLKN EALKSEEGCI PNIAPDICIA YKLHLEC SR LINLVDWSEA FATVVTAAEK MDANSATSEE MNEIIHARFI RAVSELELLG FIKPTKQKTD HVARLTWGGC

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 3

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分子 #4: Origin recognition complex subunit 4

分子名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.443266 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSSRKSKSNS LIHTECLSQV QRILRERFCR QSPHSNLFGV QVQYKHLSEL LKRTALHGES NSVLIIGPRG SGKTMLINHA LKELMEIEE VSENVLQVHL NGLLQINDKI ALKEITRQLN LENVVGDKVF GSFAENLSFL LEALKKGDRT SSCPVIFILD E FDLFAHHK ...文字列:
MSSRKSKSNS LIHTECLSQV QRILRERFCR QSPHSNLFGV QVQYKHLSEL LKRTALHGES NSVLIIGPRG SGKTMLINHA LKELMEIEE VSENVLQVHL NGLLQINDKI ALKEITRQLN LENVVGDKVF GSFAENLSFL LEALKKGDRT SSCPVIFILD E FDLFAHHK NQTLLYNLFD ISQSAQTPIA VIGLTCRLDI LELLEKRVKS RFSHRQIHLM NSFGFPQYVK IFKEQLSLPA EF PDKVFAE KWNENVQYLS EDRSVQEVLQ KHFNISKNLR SLHMLLMLAL NRVTASHPFM TAVDLMEASQ LCSMDSKANI VHG LSVLEI CLIIAMKHLN DIYEEEPFNF QMVYNEFQKF VQRKAHSVYN FEKPVVMKAF EHLQQLELIK PMERTSGNSQ REYQ LMKLL LDNTQIMNAL QKYPNCPTDV RQWATSSLSW L

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 4

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分子 #5: Origin recognition complex subunit 5

分子名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.298867 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPHLENVVLC RESQVSILQS LFGERHHFSF PSIFIYGHTA SGKTYVTQTL LKTLELPHVF VNCVECFTLR LLLEQILNKL NHLSSSEDG CSTEITCETF NDFVRLFKQV TTAENLKDQT VYIVLDKAEY LRDMEANLLP GFLRLQELAD RNVTVLFLSE I VWEKFRPN ...文字列:
MPHLENVVLC RESQVSILQS LFGERHHFSF PSIFIYGHTA SGKTYVTQTL LKTLELPHVF VNCVECFTLR LLLEQILNKL NHLSSSEDG CSTEITCETF NDFVRLFKQV TTAENLKDQT VYIVLDKAEY LRDMEANLLP GFLRLQELAD RNVTVLFLSE I VWEKFRPN TGCFEPFVLY FPDYSIGNLQ KILSHDHPPE YSADFYAAYI NILLGVFYTV CRDLKELRHL AVLNFPKYCE PV VKGEASE RDTRKLWRNI EPHLKKAMQT VYLREISSSQ WEKLQKDDTD PGQLKGLSAH THVELPYYSK FILIAAYLAS YNP ARTDKR FFLKHHGKIK KTNFLKKHEK TSNSLLGPKP FPLDRLLAIL YSIVDSRVAP TANIFSQITS LVTLQLLTLV GHDD QLDGP KYKCTVSLDF IRAIARTVNF DIIKYLYDFL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 5

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分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #8: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
80.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
3.3 mMC4H10O2S2DTT
0.8 mMC10H16N5O13P3ATPアデノシン三リン酸
0.05 % w/vC47H88O22Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9068 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2097508
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5ujm

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
詳細: Utilized Cryosparc to generate initial model, then 3D classification in Relion using the Cryosparc initial model
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 101587 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 160500

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5ujm

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ujm

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ujm

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ujm

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ujm

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient
得られたモデル

PDB-7jpo:
ORC-O1AAA: Human Origin Recognition Complex (ORC) with dynamic/unresolved ORC2 WH

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原子モデル構築 2

初期モデル
PDB IDChain

5ujm

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ujm

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ujm

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ujm

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ujm

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-7jpo:
ORC-O1AAA: Human Origin Recognition Complex (ORC) with dynamic/unresolved ORC2 WH

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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