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- EMDB-22210: PmtCD ABC exporter without the basket domain at C2 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22210
タイトルPmtCD ABC exporter without the basket domain at C2 symmetry
マップデータ
試料
  • 複合体: PmtCD
    • タンパク質・ペプチド: Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter ATP-binding protein
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードABC transporter / ABC exporter / Peptide transort / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ABC-2 family transporter protein / ABC-2 family transporter protein / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD / ABC transporter permease / ABC transporter ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zeytuni N / Strynadka NJC / Hu J / Worrall LJ
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)Operating grant カナダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the ATP-driven exporter of virulent peptide toxins.
著者: N Zeytuni / S W Dickey / J Hu / H T Chou / L J Worrall / J A N Alexander / M L Carlson / M Nosella / F Duong / Z Yu / M Otto / N C J Strynadka /
要旨: is a major human pathogen that has acquired alarming broad-spectrum antibiotic resistance. One group of secreted toxins with key roles during infection is the phenol-soluble modulins (PSMs). PSMs ... is a major human pathogen that has acquired alarming broad-spectrum antibiotic resistance. One group of secreted toxins with key roles during infection is the phenol-soluble modulins (PSMs). PSMs are amphipathic, membrane-destructive cytolytic peptides that are exported to the host-cell environment by a designated adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporter, the PSM transporter (PmtABCD). Here, we demonstrate that the minimal Pmt unit necessary for PSM export is PmtCD and provide its first atomic characterization by single-particle cryo-EM and x-ray crystallography. We have captured the transporter in the ATP-bound state at near atomic resolution, revealing a type II ABC exporter fold, with an additional cytosolic domain. Comparison to a lower-resolution nucleotide-free map displaying an "open" conformation and putative hydrophobic inner chamber of a size able to accommodate the binding of two PSM peptides provides mechanistic insight and sets the foundation for therapeutic design.
履歴
登録2020年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0501
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0501
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xjh
  • 表面レベル: 0.0501
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22210.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0501 / ムービー #1: 0.0501
最小 - 最大-0.11178547 - 0.1952043
平均 (標準偏差)0.00040067153 (±0.006306256)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 196.49998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z196.500196.500196.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.1120.1950.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PmtCD

全体名称: PmtCD
要素
  • 複合体: PmtCD
    • タンパク質・ペプチド: Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter ATP-binding protein
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: PmtCD

超分子名称: PmtCD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: PmtCD ABC exporter
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 120 KDa

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分子 #1: Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD

分子名称: Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 30.488379 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
配列文字列: MHHHHHHHHH HSSGLVPRGS HRILNLVKYD LYSIFKSPLT YLAILVVSSL IATQSILMAN SMDNPKHIIV YGSVFAAAKW LLLIIGLMF VVKTITRDFS QGTIQLYMSK VKTRVGYIIS KTISIILISI LFALIHYVIL IVVQASSNGK NLAFSKYVDN L WFFLIFLL ...文字列:
MHHHHHHHHH HSSGLVPRGS HRILNLVKYD LYSIFKSPLT YLAILVVSSL IATQSILMAN SMDNPKHIIV YGSVFAAAKW LLLIIGLMF VVKTITRDFS QGTIQLYMSK VKTRVGYIIS KTISIILISI LFALIHYVIL IVVQASSNGK NLAFSKYVDN L WFFLIFLL FFGLFLFLIT LASQKTAMIF SLGVFLVLIV PFIKPFITFI PRYGEKVLDA FDYIPFAYLT DKMISSNFDF SN WQWVISL GSIVIFFILN ILYVAKKDI

UniProtKB: Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD

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分子 #2: ABC transporter ATP-binding protein

分子名称: ABC transporter ATP-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 33.001098 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
配列文字列: MKLEHITKKY GSNVVLNDID FDFGDSRIVG LIGKNGVGKT TVMKVMNGNI IKFDGKVDID NADNIGFLIE HPKLYDNKSG LYNLKLFAQ VLGKGFDKAY TDKIIDAFGM RPYIKKKVKK YSMGMKQKLA IAVSLMNKPK FLILDEPTNG MDPDGSIDVL T TIKSLVNE ...文字列:
MKLEHITKKY GSNVVLNDID FDFGDSRIVG LIGKNGVGKT TVMKVMNGNI IKFDGKVDID NADNIGFLIE HPKLYDNKSG LYNLKLFAQ VLGKGFDKAY TDKIIDAFGM RPYIKKKVKK YSMGMKQKLA IAVSLMNKPK FLILDEPTNG MDPDGSIDVL T TIKSLVNE LDMRILISSH KLEDIELICD RAVFLRDGHF VQDVNMEEGV ASDTTIVTVD HKDFDRTEKY LAEHFQLQNV DK ADGHLMI NAQKNYQVIL KALSELDIYP KYIETRKSSL RDTYFNINQR GDK

UniProtKB: ABC transporter ATP-binding protein

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分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム

詳細: Solution made fresh from concentrated stocks and filtered
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.16 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1132044
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 103615
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6xjh:
PmtCD ABC exporter without the basket domain at C2 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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