+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22164 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Assembly intermediates of orthoreovirus captured in the cell | ||||||||||||
マップデータ | DLP pseudo 6-fold | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell surface binding / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell endoplasmic reticulum / host cell mitochondrion / ウイルスのライフサイクル / カプシド ...host cell surface binding / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell endoplasmic reticulum / host cell mitochondrion / ウイルスのライフサイクル / カプシド / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / structural molecule activity / host cell plasma membrane / RNA binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sutton G / Sun DP / Fu XF / Kotecha A / Hecksel GW / Clare DK / Zhang P / Stuart D / Boyce M | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Assembly intermediates of orthoreovirus captured in the cell. 著者: Geoff Sutton / Dapeng Sun / Xiaofeng Fu / Abhay Kotecha / Corey W Hecksel / Daniel K Clare / Peijun Zhang / David I Stuart / Mark Boyce / 要旨: Traditionally, molecular assembly pathways for viruses are inferred from high resolution structures of purified stable intermediates, low resolution images of cell sections and genetic approaches. ...Traditionally, molecular assembly pathways for viruses are inferred from high resolution structures of purified stable intermediates, low resolution images of cell sections and genetic approaches. Here, we directly visualise an unsuspected 'single shelled' intermediate for a mammalian orthoreovirus in cryo-preserved infected cells, by cryo-electron tomography of cellular lamellae. Particle classification and averaging yields structures to 5.6 Å resolution, sufficient to identify secondary structural elements and produce an atomic model of the intermediate, comprising 120 copies each of protein λ1 and σ2. This λ1 shell is 'collapsed' compared to the mature virions, with molecules pushed inwards at the icosahedral fivefolds by ~100 Å, reminiscent of the first assembly intermediate of certain prokaryotic dsRNA viruses. This supports the supposition that these viruses share a common ancestor, and suggests mechanisms for the assembly of viruses of the Reoviridae. Such methodology holds promise for dissecting the replication cycle of many viruses. #1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020 タイトル: Assembly intermediates of orthoreovirus captured in the cell 著者: Sutton G / Sun DP / Fu XF / Kotecha A / Hecksel GW / Clare DK / Zhang P / Stuart D / Boyce M | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22164.map.gz | 6.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-22164-v30.xml emd-22164.xml | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22164.png | 87.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22164 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22164 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22164.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | DLP pseudo 6-fold | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : reovirus SLP
全体 | 名称: reovirus SLP |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: reovirus SLP
超分子 | 名称: reovirus SLP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 4 / 使用した粒子像数: 3039 |
---|---|
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: emClarity / 使用したサブトモグラム数: 3039 |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-6zty: |