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万見
- EMDB-22008: The Cutavirus (CuV) capsid structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22008
タイトルThe Cutavirus (CuV) capsid structure
マップデータ
試料
  • ウイルス: Cutavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP2
キーワードIcosahedral Capsid (カプシド) / Cutavirus / CuV / VIRUS (ウイルス) / Protoparvovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / structural molecule activity / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cutavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Mietzsch M / Agbandje-McKenna M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of Cuta- and Tusavirus: Insight into Protoparvoviruses Capsid Morphology.
著者: Mario Mietzsch / Robert McKenna / Elina Väisänen / Jennifer C Yu / Maria Ilyas / Joshua A Hull / Justin Kurian / J Kennon Smith / Paul Chipman / Yi Lasanajak / David Smith / Maria ...著者: Mario Mietzsch / Robert McKenna / Elina Väisänen / Jennifer C Yu / Maria Ilyas / Joshua A Hull / Justin Kurian / J Kennon Smith / Paul Chipman / Yi Lasanajak / David Smith / Maria Söderlund-Venermo / Mavis Agbandje-McKenna /
要旨: Several members of the genus, capable of infecting humans, have been recently discovered, including cutavirus (CuV) and tusavirus (TuV). To begin the characterization of these viruses, we have used ...Several members of the genus, capable of infecting humans, have been recently discovered, including cutavirus (CuV) and tusavirus (TuV). To begin the characterization of these viruses, we have used cryo-electron microscopy and image reconstruction to determine their capsid structures to ~2.9 Å resolution, and glycan array and cell-based assays to identify glycans utilized for cellular entry. Structural comparisons show that the CuV and TuV capsids share common features with other parvoviruses, including an eight-stranded anti-parallel β-barrel, depressions at the icosahedral 2-fold and surrounding the 5-fold axes, and a channel at the 5-fold axes. However, the viruses exhibit significant topological differences in their viral protein surface loops. These result in three separated 3-fold protrusions, similar to the bufaviruses also infecting humans, suggesting a host-driven structure evolution. The surface loops contain residues involved in receptor binding, cellular trafficking, and antigenic reactivity in other parvoviruses. In addition, terminal sialic acid was identified as the glycan potentially utilized by both CuV and TuV for cellular entry, with TuV showing additional recognition of poly-sialic acid and sialylated Lewis X (sLeXLeXLeX) motifs reported to be upregulated in neurotropic and cancer cells, respectively. These structures provide a platform for annotating the cellular interactions of these human pathogens.
履歴
登録2020年5月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月1日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6x2i
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22008.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22008.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.057 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-9.331505 - 16.658660000000001
平均 (標準偏差)-0.000000003601706 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-210-210-210
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 443.94 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0571.0571.057
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z443.940443.940443.940
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-210-210-210
NX/NY/NZ420420420
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-210-210-210
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-9.33216.659-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cutavirus

全体名称: Cutavirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Cutavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP2

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超分子 #1: Cutavirus

超分子名称: Cutavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1867125 / 生物種: Cutavirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutavirus (ウイルス)
分子量理論値: 61.252547 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GSGVGHSTGD YNNRTEFIYH GDEVTIICHS TRLVHINMSD REDYIIYETD RGPLFPTTQD LQGRDTLNDS YHAKVETPWK LLHANSWGC WFSPADFQQM ITTCRDIAPI QMHQKIENIV IKTVSKTGTG ETETTNYNND LTALLQIAQD NSNLLPWAAD N FYIDSVGY ...文字列:
GSGVGHSTGD YNNRTEFIYH GDEVTIICHS TRLVHINMSD REDYIIYETD RGPLFPTTQD LQGRDTLNDS YHAKVETPWK LLHANSWGC WFSPADFQQM ITTCRDIAPI QMHQKIENIV IKTVSKTGTG ETETTNYNND LTALLQIAQD NSNLLPWAAD N FYIDSVGY VPWRACKLPT YCYHVDTWNT IDINQADTPN QWREIKKGIQ WDNIQFTPLE TMINIDLLRT GDAWQSGNYT FH TKPTNLA YHWQSQRHTG SCHPTVAPLV ERGQGTNIQS VNCWQWGDRN NPSSASTRVS NIHIGYSFPE WQIHYSTGGP VIN PGSAFS QAPWGSTTEG TRLTQGASEK AIYDWSHGDD QPGARETWWQ NNQHATGQTD WAPKNAHTSE LNNNVPAATH FWKN SYHNT FSPFTAVDDH GPQYPWGAIW GKYPDTTHKP MMSAHAPFLL HGPPGQLFVK LAPNYTDTLD NGGITHPRIV TYGTF WWSG KLVFKGKLRT PRQWNTYNLP SLDKRETMKN TVPNEVGHFE LPYMPGRCLP NYTL

UniProtKB: VP2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 75.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 15296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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