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万見- EMDB-21907: 50S subunit of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21907 | |||||||||
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タイトル | 50S subunit of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement | |||||||||
マップデータ | 50S subunit of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement | |||||||||
試料 |
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キーワード | 70S / ribosome (リボソーム) / pathogen (病原体) / antibiotic development / antibiotic resistant (抗微生物薬耐性) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / tRNA binding / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Jogl G / Khayat R | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020 タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 70S ribosome from Enterococcus faecalis. 著者: Eileen L Murphy / Kavindra V Singh / Bryant Avila / Torsten Kleffmann / Steven T Gregory / Barbara E Murray / Kurt L Krause / Reza Khayat / Gerwald Jogl / 要旨: Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ...Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ineffective. Here, we report the cryo-EM structure of the E. faecalis 70S ribosome to a global resolution of 2.8 Å. Structural differences are clustered in peripheral and solvent exposed regions when compared with Escherichia coli, whereas functional centres, including antibiotic binding sites, are similar to other bacterial ribosomes. Comparison of intersubunit conformations among five classes obtained after three-dimensional classification identifies several rotated states. Large ribosomal subunit protein bL31, which forms intersubunit bridges to the small ribosomal subunit, assumes different conformations in the five classes, revealing how contacts to the small subunit are maintained throughout intersubunit rotation. A tRNA observed in one of the five classes is positioned in a chimeric pe/E position in a rotated ribosomal state. The 70S ribosome structure of E. faecalis now extends our knowledge of bacterial ribosome structures and may serve as a basis for the development of novel antibiotic compounds effective against this pathogen. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21907.map.gz | 302.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21907-v30.xml emd-21907.xml | 40.9 KB 40.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21907.png | 85 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21907.cif.gz | 9.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21907 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21907 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6wu9MC 0656C 0657C 0658C 0659C 0660C 6o8wC 6o8xC 6o8yC 6o8zC 6o90C 6w6pC 6wuaC 6wubC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 50S subunit of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.097 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Enterococcus faecalis
+超分子 #1: Enterococcus faecalis
+分子 #1: 23S rRNA
+分子 #2: 5S rRNA
+分子 #3: 50S ribosomal protein L3
+分子 #4: 50S ribosomal protein L4
+分子 #5: 50S ribosomal protein L5
+分子 #6: 50S ribosomal protein L6
+分子 #7: 50S ribosomal protein L13
+分子 #8: 50S ribosomal protein L14
+分子 #9: 50S ribosomal protein L15
+分子 #10: 50S ribosomal protein L16
+分子 #11: 50S ribosomal protein L17
+分子 #12: 50S ribosomal protein L18
+分子 #13: 50S ribosomal protein L19
+分子 #14: 50S ribosomal protein L20
+分子 #15: 50S ribosomal protein L21
+分子 #16: 50S ribosomal protein L22
+分子 #17: 50S ribosomal protein L23
+分子 #18: 50S ribosomal protein L24
+分子 #19: 50S ribosomal protein L27
+分子 #20: 50S ribosomal protein L28
+分子 #21: 50S ribosomal protein L29
+分子 #22: 50S ribosomal protein L30
+分子 #23: 50S ribosomal protein L32
+分子 #24: 50S ribosomal protein L33
+分子 #25: 50S ribosomal protein L34
+分子 #26: 50S ribosomal protein L35
+分子 #27: 50S ribosomal protein L36
+分子 #28: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Vol = 4 uL, BT = 4 sec, BF = 0, DT = 0, WT = 8 sec. |
詳細 | Sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.63) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.63) / 使用した粒子像数: 335675 |
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 177 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient | ||||||
得られたモデル | PDB-6wu9: |