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- EMDB-21907: 50S subunit of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21907
タイトル50S subunit of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement
マップデータ50S subunit of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement
試料
  • 複合体: Enterococcus faecalisエンテロコッカス・ファエカリス
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 25種
  • リガンド: x 1種
キーワード70S / ribosome (リボソーム) / pathogen (病原体) / antibiotic development / antibiotic resistant (抗微生物薬耐性)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / tRNA binding / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type ...Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / : / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL6 ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33C / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32C / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jogl G / Khayat R
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094157 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)G12MD007603 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / : 2020
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 70S ribosome from Enterococcus faecalis.
著者: Eileen L Murphy / Kavindra V Singh / Bryant Avila / Torsten Kleffmann / Steven T Gregory / Barbara E Murray / Kurt L Krause / Reza Khayat / Gerwald Jogl /
要旨: Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ...Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ineffective. Here, we report the cryo-EM structure of the E. faecalis 70S ribosome to a global resolution of 2.8 Å. Structural differences are clustered in peripheral and solvent exposed regions when compared with Escherichia coli, whereas functional centres, including antibiotic binding sites, are similar to other bacterial ribosomes. Comparison of intersubunit conformations among five classes obtained after three-dimensional classification identifies several rotated states. Large ribosomal subunit protein bL31, which forms intersubunit bridges to the small ribosomal subunit, assumes different conformations in the five classes, revealing how contacts to the small subunit are maintained throughout intersubunit rotation. A tRNA observed in one of the five classes is positioned in a chimeric pe/E position in a rotated ribosomal state. The 70S ribosome structure of E. faecalis now extends our knowledge of bacterial ribosome structures and may serve as a basis for the development of novel antibiotic compounds effective against this pathogen.
履歴
登録2020年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月4日-
マップ公開2020年11月4日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6wu9
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈50S subunit of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.097 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.0851723 - 0.2261516
平均 (標準偏差)-0.00046657008 (±0.009041678)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 482.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0971.0971.097
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z482.680482.680482.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0850.226-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Enterococcus faecalis

全体名称: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
要素
  • 複合体: Enterococcus faecalisエンテロコッカス・ファエカリス
    • RNA: 23S rRNA23SリボソームRNA
    • RNA: 5S rRNA5SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Enterococcus faecalis

超分子名称: Enterococcus faecalis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#27
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 2.5 MDa

+
分子 #1: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 942.67575 KDa
配列文字列: UUAAGUGAAU AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG GAGCCGAUGA AGGACGGGAC UAACACCGAU AUGCUUUGGG GAGCUGUAA GUAAGCUAUG AUCCAGAGAU UUCCGAAUGG GGGAACCCAA UAUCUUUUAU AGGAUAUUAC UUUUCAGUGA A UACAUAGC ...文字列:
UUAAGUGAAU AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG GAGCCGAUGA AGGACGGGAC UAACACCGAU AUGCUUUGGG GAGCUGUAA GUAAGCUAUG AUCCAGAGAU UUCCGAAUGG GGGAACCCAA UAUCUUUUAU AGGAUAUUAC UUUUCAGUGA A UACAUAGC UGAUUAGAGG UAGACGCAGA GAACUGAAAC AUCUUAGUAC CUGCAGGAAG AGAAAGAAAA UUCGAUUCCC UG AGUAGCG GCGAGCGAAA CGGGAAGAGC CCAAACCAAC AAGCUUGCUU GUUGGGGUUG UAGGACUCCG AUAUGGUAGU CUG UUAGUA UAGUUGAAGG AUUUGGAAAA UUCCGCUAAA GAGGGUGAAA GCCCCGUAGA CGAAAUGCUG ACAACACCUA GGAG GAUCC UGAGUACGGC GGAACACGAG AAAUUCCGUC GGAAUCCGCG GGGACCAUCC CGCAAGGCUA AAUACUCCCU AGUGA CCGA UAGUGAACCA GUACCGUGAG GGAAAGGUGA AAAGCACCCC GGAAGGGGAG UGAAAUAGAU CCUGAAACCG UGUGCC UAC AACAAGUCAA AGCUCGUUAA UGAGUGAUGG CGUGCCUUUU GUAGAAUGAA CCGGCGAGUU ACGAUUGCAU GCGAGGU UA AGUCGAAGAG ACGGAGCCGC AGCGAAAGCG AGUCUGAAUA GGGCGAAUGA GUAUGUAGUC GUAGACCCGA AACCAUGU G AUCUACCCAU GUCCAGGUUG AAGGUGCGGU AAAACGCACU GGAGGACCGA ACCCACGUAC GUUGAAAAGU GCGGGGAUG AGGUGUGGGU AGCGGAGAAA UUCCAAACGA ACUUGGAGAU AGCUGGUUCU CUCCGAAAUA GCUUUAGGGC UAGCCUCGGA AUUGAGAAU GAUGGAGGUA GAGCACUGUU UGGACUAGGG GCCCAUCUCG GGUUACCGAA UUCAGAUAAA CUCCGAAUGC C AUUCAUUU AUAUCCGGGA GUCAGACUGC GAGUGAUAAG AUCCGUAGUC GAAAGGGAAA CAGCCCAGAC CACCAGCUAA GG UCCCAAA AUAUAUGUUA AGUGGAAAAG GAUGUGGGGU UGCACAGACA ACUAGGAUGU UGGCUUAGAA GCAGCCACCA UUU AAAGAG UGCGUAAUAG CUCACUAGUC GAGUGACCCU GCGCCGAAAA UGUACCGGGG CUAAACAUAU UACCGAAGCU GUGG ACUAC ACCAUUAGGU GUAGUGGUAG GAGAGCGUUC UAAGGGCGUU GAAGGUCGAU CGUGAGGACG GCUGGAGCGC UUAGA AGUG AGAAUGCCGG UAUGAGUAGC GAAAGACAGG UGAGAAUCCU GUCCACCGUA UGACUAAGGU UUCCUGGGGA AGGCUC GUC CGCCCAGGGU UAGUCGGGAC CUAAGCCGAG GCCGAUAGGC GUAGGCGAUG GACAACAGGU UGAUAUUCCU GUACCAG UU GUUUUUGUUU GAGCAAUGGA GGGACGCAGU AGGCUAAGGA AUGCAUGCGA UUGGAAGUGC AUGUCCAAGC AAUGAGUC U UGAGUAGAGU UAAAUGCUUU ACUCUUUAAG GACAAGUUGU GACGGGGAGC GAAAUAAUAG UAGCGAAGUU CCUGACGUC ACACUGCCAA GAAAAGCUUC UAGUGAGAAA ACAACUGCCC GUACCGUAAA CCGACACAGG UAGUCGAGGA GAGUAUCCUA AGGUGAGCG AGCGAACUCU CGUUAAGGAA CUCGGCAAAA UGACCCCGUA ACUUCGGGAG AAGGGGUGCU GACUUCGGUC A GCCGCAGU GAAUAGGCCC AAGCGACUGU UUAUCAAAAA CACAGGUCUC UGCAAAAUCG UAAGAUGAAG UAUAGGGGCU GA CGCCUGC CCGGUGCUGG AAGGUUAAGA GGAUGGGUUA GCUUCGGCGA AGCUCAGAAU UGAAGCCCCA GUAAACGGCG GCC GUAACU AUAACGGUCC UAAGGUAGCG AAAUUCCUUG UCGGGUAAGU UCCGACCCGC ACGAAAGGCG UAACGAUUUG GGCA CUGUC UCAACGAGAG ACUCGGUGAA AUUUUAGUAC CUGUGAAGAU GCAGGUUACC CGCGACAGGA CGGAAAGACC CCAUG GAGC UUUACUGUAG UUUGAUAUUG AGUGUUUGUA CCACAUGUAC AGGAUAGGUA GGAGCCGAUG AGACCGGAAC GCUAGU UUC GGAGGAGGCG CUGGUGGGAU ACUACCCUUG UGUUAUGAAC CCUCUAACCC GCACCACUAA UCGUGGUGGG AGACAGU GU CAGAUGGGCA GUUUGACUGG GGCGGUCGCC UCCUAAAAGG UAACGGAGGC GCCCAAAGGU UCCCUCAGAA UGGUUGGA A AUCAUUCGAA GAGUGUAAAG GCAGAAGGGA GCUUGACUGC GAGACCUACA AGUCGAGCAG GGACGAAAGU CGGGCUUAG UGAUCCGGUG GUUCCGCAUG GAAGGGCCAU CGCUCAACGG AUAAAAGCUA CCCUGGGGAU AACAGGCUUA UCUCCCCCAA GAGUCCACA UCGACGGGGA GGUUUGGCAC CUCGAUGUCG GCUCGUCGCA UCCUGGGGCU GUAGUCGGUC CCAAGGGUUG G GCUGUUCG CCCAUUAAAG CGGCACGCGA GCUGGGUUCA GAACGUCGUG AGACAGUUCG GUCCCUAUCC GUCGCGGGCG UU GGAAAUU UGAGAGGAGC UGUCCUUAGU ACGAGAGGAC CGGGAUGGAC UUACCGCUGG UGUACCAGUU GUUCUGCCAA GGG CAUUGC UGGGUAGCUA UGUAGGGAAG GGAUAAACGC UGAAAGCAUC UAAGUGUGAA GCCCACCUCA AGAUGAGAUU UCCC AUUUC UUUAAGAAAG UAAGACCCCU GAGAGAUGAU CAGGUAGAUA GGUUGGAAGU GGAAGGCUAG UGAUAGUUGG AGCGG ACCA AUACUAAUCG GUCGAGGACU UAAC

GENBANK: GENBANK: CP002621.1

+
分子 #2: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 37.433188 KDa
配列文字列:
UGUGGUGGCG AUAGCGAGAA GGAUACACCU GUUCCCAUGC CGAACACAGA AGUUAAGCUU CUUAGCGCCG AUUGUAGUGA AGGGUUUCC CUUUGUGAGA GUAGGACGUC GCCACGC

GENBANK: GENBANK: CP002621.1

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 22.498104 KDa
配列文字列: TKGILGKKVG MTQIFTESGE LIPVTVVEAT PNVVLQVKTV ETDGYEAIQV GYQDKREVLS NKPAKGHVAK ANTAPKRFIK EFKNVELGE YEVGKEIKVD VFQAGDVVDV TGTTKGKGFQ GAIKRHGQSR GPMSHGSRYH RRPGSMGPVA PNRVFKNKRL A GRMGGDRV ...文字列:
TKGILGKKVG MTQIFTESGE LIPVTVVEAT PNVVLQVKTV ETDGYEAIQV GYQDKREVLS NKPAKGHVAK ANTAPKRFIK EFKNVELGE YEVGKEIKVD VFQAGDVVDV TGTTKGKGFQ GAIKRHGQSR GPMSHGSRYH RRPGSMGPVA PNRVFKNKRL A GRMGGDRV TIQNLEVVKV DVERNVILIK GNIPGAKKSL ITIKSAVKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 22.384504 KDa
配列文字列: PNVALFKQDG TQNGEITLNE EIFGIEPNES VVYDAIIMQR ASLRQGTHAV KNRSAVRGGG RKPWRQKGTG RARQGSIRSP QWRGGGVVF GPTPRSYSYK LPKKVRRLAM KSVLSDKVAE NNLVAVEGLS FDAPKTKEFK QVLANLSIDT KVLVVLENGN D FAALSARN ...文字列:
PNVALFKQDG TQNGEITLNE EIFGIEPNES VVYDAIIMQR ASLRQGTHAV KNRSAVRGGG RKPWRQKGTG RARQGSIRSP QWRGGGVVF GPTPRSYSYK LPKKVRRLAM KSVLSDKVAE NNLVAVEGLS FDAPKTKEFK QVLANLSIDT KVLVVLENGN D FAALSARN LPNVSVVTSD NVSVLDVVSA NKVLATQTAL TQIEEVLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 19.863113 KDa
配列文字列:
NRLKEKYIKE VTPSLVEKFN YSSVMQTPKV DKIVINMGVG DAVSNAKNLD KAVEELALIT GQKPLITKAK KSIAGFRLRE GMPIGAKVT LRGERMYEFL DKLVTVSLPR VRDFHGVSKK AFDGRGNYTL GIKEQLIFPE VDYDLVDKVR GMDIVIVTTA N TDEESREL LAQLGMPFQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 19.164871 KDa
配列文字列:
SRIGNKVVVL PAGVEIKQDG NNITVKGPKG ELTREFSSDI KMNIEGNEVT FTRPNDSKEM KTIHGTTRAN FNNMVVGVSE GFQKALELI GVGYRAQVQG NKLTLNVGYS HPVEMTAPEG VTFEVPANTQ VIVKGINKEV VGELAANIRG VRPPEPYKGK G IRYVGEFV RRKEGKTG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 16.099585 KDa
配列文字列:
MRTTYMAKAG EVERKWYVVD ATDVPLGRLS AVVASVLRGK NKPTFTPHVD TGDFVIVINA DKVKLTGKKA TDKIYYRHSM YPGGLKSVT AGELRDKNSR RLIETSVKGM LPKNTLGRKQ FTKLNVYGGA EHPHAAQQPE VLDITN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 13.165275 KDa
配列文字列:
MIQQESRLRV ADNSGAREIL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV ATVKQATPGG VVKKGEVVKA VIVRTKSGAR RADGSYIKFD ENAAVIIRD DKSPRGTRIF GPVARELREN NFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 15.602868 KDa
配列文字列:
MKLHELKPAE GSRQVRNRVG RGTSSGNGKT AGRGQKGQKA RSGGGVRLGF EGGQTPLFRR LPKRGFTNIN RKDYAVVNLD TLNRFEDGT EVTPVVLKEA GIVKNEKAGI KVLADGELTK KLTVKAAKFS KSAQEAIEAA GGSIEVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 15.960901 KDa
配列文字列:
MLVPKRVKHR REFRGKMRGE AKGGKEVAFG EWGLQATESH WITNRQIEAA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP HKSYTSKAIG VRMGKGKGA PEGWVSPVKR GKIMFEIAGV PEEVAREALR LASHKLPVKT KIVKREEMGG ES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 14.156251 KDa
配列文字列:
YRKLGRTSSQ RKAMLRDITT DLIINERIVT TEARAKEVRS TVEKMITLGK RGDLHARRQA ATFVRNEVAS VREEDESIVV ESALQKLFN DLGPRFAERQ GGYTRILKTE PRRGDAAPMV VIEFV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 12.806634 KDa
配列文字列:
ITKPDKNKTR QKRHRRVRNK ISGTAECPRL NIFRSNKNIY AQVIDDVAGV TLASASALDK EISGGTKTET AAAVGKLVAE RAAEKGIKK VVFDRGGYLY HGRVQALAEA ARENGLEF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 13.113282 KDa
配列文字列:
NPLIQELTQE QLRTDIPAFR PGDTVRVHAK VVEGTRERIQ LFEGVVIKRR GAGISETYTV RKVSNGVGVE RTFPLHTPRV AQIEVVRYG KVRRAKLYYL RALHGKAARI KEIRR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 13.542957 KDa
配列文字列:
ARVKGGTVTR KRRKKVLKLA KGYYGSKHTL FKSAKEQVMN SYYYAFRDRR QKKRDFRKLW IARINAAARM NGLSYSKLMH GLKLAEIDI NRKMLADLAV NDAAAFTALA EQAKDALSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 11.166986 KDa
配列文字列:
MYAIIKTGGK QVKVEVGQAI YVEKLNVEAG EKVVFDEVIL VGGESTKVGA PTVAGATVEG TVEKHGKQKK VVTFQYKPKK HSHRKQGHR QPYTKVMIEA INA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 12.126077 KDa
配列文字列:
QITSAKATAK TVRTSPRKAR LVIDLIRGKS VADAISILKF TPNKSAGIIE KVLMSAVANA ENNFDLDVES LVVSEAFVNE GPTMKRFRP RAKGSASPIN KRTSHITVVV TEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.297111 KDa
配列文字列:
ELLDVIKRPV ITEKSMLAMD EKKYTFEVDT RANKTLVKQA VESAFDVKVA NVNILNVRPK FKRMGKYAGY TKKRRKAIVT LTEDSKEIQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.892797 KDa
配列文字列:
MFVKKGDKVK VITGKDKNKE GVVLAAFPKQ DKVIVEGVNV VKKHQKPNQA APQGGILEVE APIHVSNVMV IDPSNGEATK VAFKEVDGK KVRVSKKTGE VL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 8.146118 KDa
配列文字列:
STSNGRDSES KRLGAKSADG QTVTGGSILY RQRGTKIYPG VNVGIGGDDT LFAKVDGVVR FERKGRDKKQ VSVYPV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.072187 KDa
配列文字列:
AKVCYFTGRK TSSGNNRSHA MNSTKRTVKP NLQKVRVLID GKPKKVWVSA RALK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 7.211366 KDa
配列文字列:
KVKEIRELTT AEMLDKEKQL KEELFNLRFQ LATGQLENTA RIKEVRQSIA RIKTVLREQA N

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.234273 KDa
配列文字列:
AELKITLKRS VIGRPQNQRA TVKALGLGKV NSTVTKPANE AIKGMVNTIS HLVDVEEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.217372 KDa
配列文字列:
AVPARRTSKA KKAKRRTHYK LTIKGLNACS NCGEMKKSHH VCPACGHYDG KDVMSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.052027 KDa
配列文字列:
MRVNITLECT SCKERNYLTN KNKRNNPDRL EKQKYCPRER KVTLHRETK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 5.373507 KDa
配列文字列:
MKRTYQPNKR KRQKVHGFRK RMSTKNGRRV LASRRRKGRK VISA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 7.466941 KDa
配列文字列:
PKQKTHRGLA KRVKRTGGGG LKRGRAFTSH RFHGKTKKQR RQLRKASMVA KGDYKRIRQQ LARM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 4.440534 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPM CEHCKVIRRK GRVMVICPAN PKHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #28: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 3 / : ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Vol = 4 uL, BT = 4 sec, BF = 0, DT = 0, WT = 8 sec.
詳細Sample was monodisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.63)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.63) / 使用した粒子像数: 335675

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 177 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient
得られたモデル

PDB-6wu9:
50S subunit of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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