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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21646 | |||||||||
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タイトル | IL-23 receptor complex | |||||||||
マップデータ | IL-23 receptor complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Glassman CR / Mathiharan YK / Panova O / Skiniotis G / Garcia KC | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2021 タイトル: Structural basis for IL-12 and IL-23 receptor sharing reveals a gateway for shaping actions on T versus NK cells. 著者: Caleb R Glassman / Yamuna Kalyani Mathiharan / Kevin M Jude / Leon Su / Ouliana Panova / Patrick J Lupardus / Jamie B Spangler / Lauren K Ely / Christoph Thomas / Georgios Skiniotis / K Christopher Garcia / 要旨: Interleukin-12 (IL-12) and IL-23 are heterodimeric cytokines that are produced by antigen-presenting cells to regulate the activation and differentiation of lymphocytes, and they share IL-12Rβ1 as a ...Interleukin-12 (IL-12) and IL-23 are heterodimeric cytokines that are produced by antigen-presenting cells to regulate the activation and differentiation of lymphocytes, and they share IL-12Rβ1 as a receptor signaling subunit. We present a crystal structure of the quaternary IL-23 (IL-23p19/p40)/IL-23R/IL-12Rβ1 complex, together with cryoelectron microscopy (cryo-EM) maps of the complete IL-12 (IL-12p35/p40)/IL-12Rβ2/IL-12Rβ1 and IL-23 receptor (IL-23R) complexes, which reveal "non-canonical" topologies where IL-12Rβ1 directly engages the common p40 subunit. We targeted the shared IL-12Rβ1/p40 interface to design a panel of IL-12 partial agonists that preserved interferon gamma (IFNγ) induction by CD8 T cells but impaired cytokine production from natural killer (NK) cells in vitro. These cell-biased properties were recapitulated in vivo, where IL-12 partial agonists elicited anti-tumor immunity to MC-38 murine adenocarcinoma absent the NK-cell-mediated toxicity seen with wild-type IL-12. Thus, the structural mechanism of receptor sharing used by IL-12 family cytokines provides a protein interface blueprint for tuning this cytokine axis for therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21646.map.gz | 14.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21646-v30.xml emd-21646.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21646_fsc.xml | 5.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21646.png | 32.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21646 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21646 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21646.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | IL-23 receptor complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : IL-23 receptor extracellular domain complex
全体 | 名称: IL-23 receptor extracellular domain complex |
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要素 |
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-超分子 #1: IL-23 receptor extracellular domain complex
超分子 | 名称: IL-23 receptor extracellular domain complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: IL-23 (IL-23p19,p40), IL-12Rb1 (with affinity enhancing Y109S and Q132L mutations), IL-23R |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
分子量 | 理論値: 153 kDa/nm |
-分子 #1: Interleukin-23 receptor
分子 | 名称: Interleukin-23 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: hIL-23R (25-309), 3C protease site, Protein C tag, 8xHis 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ITNINCSGHI WVEPATIFKM GMNISIYCQA AIKNCQPRKL HFYKNGIKER FQITRINKTT ARLWYKNFLE PHASMYCTAE CPKHFQETLI CGKDISSGYP PDIPDEVTCV IYEYSGNMTC TWNAGKLTYI DTKYVVHVKS LETEEEQQYL TSSYINISTD SLQGGKKYLV ...文字列: ITNINCSGHI WVEPATIFKM GMNISIYCQA AIKNCQPRKL HFYKNGIKER FQITRINKTT ARLWYKNFLE PHASMYCTAE CPKHFQETLI CGKDISSGYP PDIPDEVTCV IYEYSGNMTC TWNAGKLTYI DTKYVVHVKS LETEEEQQYL TSSYINISTD SLQGGKKYLV WVQAANALGM EESKQLQIHL DDIVIPSAAV ISRAETINAT VPKTIIYWDS QTTIEKVSCE MRYKATTNQT WNVKEFDTNF TYVQQSEFYL EPNIKYVFQV RCQETGKRYW QPWSSPFFHK TAAALEVLFQ GPGAAEDQVD PRLIDGKHHH HHHHH |
-分子 #2: Interleukin-23 subunit alpha
分子 | 名称: Interleukin-23 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: IL23A (28-189) / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: PAWTQCQQLS QKLCTLAWSA HPLVGHMDLR EEGDEETTND VPHIQCGDGC DPQGLRDNSQ FCLQRIHQGL IFYEKLLGSD IFTGEPSLLP DSPVGQLHAS LLGLSQLLQP EGHHWETQQI PSLSPSQPWQ RLLLRFKILR SLQAFVAVAA RVFAHGAATL SP |
-分子 #3: Interleukin-12 subunit beta
分子 | 名称: Interleukin-12 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: IL12B (23-328), Biotin Acceptor Peptide, 6xHis / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: IWELKKDVYV VELDWYPDAP GEMVVLTCDT PEEDGITWTL DQSSEVLGSG KTLTIQVKEF GDAGQYTCHK GGEVLSHSLL LLHKKEDGIW STDILKDQKE PKNKTFLRCE AKNYSGRFTC WWLTTISTDL TFSVKSSRGS SDPQGVTCGA ATLSAERVRG DNKEYEYSVE ...文字列: IWELKKDVYV VELDWYPDAP GEMVVLTCDT PEEDGITWTL DQSSEVLGSG KTLTIQVKEF GDAGQYTCHK GGEVLSHSLL LLHKKEDGIW STDILKDQKE PKNKTFLRCE AKNYSGRFTC WWLTTISTDL TFSVKSSRGS SDPQGVTCGA ATLSAERVRG DNKEYEYSVE CQEDSACPAA EESLPIEVMV DAVHKLKYEN YTSSFFIRDI IKPDPPKNLQ LKPLKNSRQV EVSWEYPDTW STPHSYFSLT FCVQVQGKSK REKKDRVFTD KTSATVICRK NASISVRAQD RYYSSSWSEW ASVPCSGRLH HILDAQKMVW NHRHHHHHH |
-分子 #4: Interleukin-12 receptor subunit beta-1
分子 | 名称: Interleukin-12 receptor subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: IL12RB1 (25-542) Y109S Q132L, 6xHis / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: RTSECCFQDP PYPDADSGSA SGPRDLRCYR ISSDRYECSW QYEGPTAGVS HFLRCCLSSG RCCYFAAGSA TRLQFSDQAG VSVLSTVTLW VESWARNQTE KSPEVTLLLY NSVKYEPPLG DIKVSKLAGQ LRMEWETPDN QVGAEVQFRH RTPSSPWKLG DCGPQDDDTE ...文字列: RTSECCFQDP PYPDADSGSA SGPRDLRCYR ISSDRYECSW QYEGPTAGVS HFLRCCLSSG RCCYFAAGSA TRLQFSDQAG VSVLSTVTLW VESWARNQTE KSPEVTLLLY NSVKYEPPLG DIKVSKLAGQ LRMEWETPDN QVGAEVQFRH RTPSSPWKLG DCGPQDDDTE SCLCPLEMNV AQEFQLRRRQ LGSQGSSWSK WSSPVCVPPE NPPQPQVRFS VEQLGQDGRR RLTLKEQPTQ LELPEGCQGL APGTEVTYRL QLHMLSCPCK AKATRTLHLG KMPYLSGAAY NVAVISSNQF GPGLNQTWHI PADTHTEPVA LNISVGTNGT TMYWPARAQS MTYCIEWQPV GQDGGLATCS LTAPQDPDPA GMATYSWSRE SGAMGQEKCY YITIFASAHP EKLTLWSTVL STYHFGGNAS AAGTPHHVSV KNHSLDSVSV DWAPSLLSTC PGVLKEYVVR CRDEDSKQVS EHPVQPTETQ VTLSGLRAGV AYTVQVRADT AWLRGVWSQP QRFSIEVQAA AHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.04 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |