[日本語] English
万見
- EMDB-21645: IL-12 receptor complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21645
タイトルIL-12 receptor complex
マップデータIL-12 receptor complex.
試料
  • 複合体: IL-12 receptor extracellular domain complex
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 receptor subunit beta-2
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 subunit alphaインターロイキン-12
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 receptor subunit beta-1
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Glassman CR / Mathiharan YK / Panova O / Skiniotis G / Garcia KC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R37AI051321 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structural basis for IL-12 and IL-23 receptor sharing reveals a gateway for shaping actions on T versus NK cells.
著者: Caleb R Glassman / Yamuna Kalyani Mathiharan / Kevin M Jude / Leon Su / Ouliana Panova / Patrick J Lupardus / Jamie B Spangler / Lauren K Ely / Christoph Thomas / Georgios Skiniotis / K Christopher Garcia /
要旨: Interleukin-12 (IL-12) and IL-23 are heterodimeric cytokines that are produced by antigen-presenting cells to regulate the activation and differentiation of lymphocytes, and they share IL-12Rβ1 as a ...Interleukin-12 (IL-12) and IL-23 are heterodimeric cytokines that are produced by antigen-presenting cells to regulate the activation and differentiation of lymphocytes, and they share IL-12Rβ1 as a receptor signaling subunit. We present a crystal structure of the quaternary IL-23 (IL-23p19/p40)/IL-23R/IL-12Rβ1 complex, together with cryoelectron microscopy (cryo-EM) maps of the complete IL-12 (IL-12p35/p40)/IL-12Rβ2/IL-12Rβ1 and IL-23 receptor (IL-23R) complexes, which reveal "non-canonical" topologies where IL-12Rβ1 directly engages the common p40 subunit. We targeted the shared IL-12Rβ1/p40 interface to design a panel of IL-12 partial agonists that preserved interferon gamma (IFNγ) induction by CD8 T cells but impaired cytokine production from natural killer (NK) cells in vitro. These cell-biased properties were recapitulated in vivo, where IL-12 partial agonists elicited anti-tumor immunity to MC-38 murine adenocarcinoma absent the NK-cell-mediated toxicity seen with wild-type IL-12. Thus, the structural mechanism of receptor sharing used by IL-12 family cytokines provides a protein interface blueprint for tuning this cytokine axis for therapeutics.
履歴
登録2020年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月24日-
マップ公開2021年2月24日-
更新2021年3月3日-
現状2021年3月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0124
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0124
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21645.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21645.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 24.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IL-12 receptor complex.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0124 / ムービー #1: 0.0124
最小 - 最大-0.011500457 - 0.06579747
平均 (標準偏差)0.00035982102 (±0.003126017)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ186186186
Spacing186186186
セルA=B=C: 316.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.71.71.7
M x/y/z186186186
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.200316.200316.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS186186186
D min/max/mean-0.0120.0660.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : IL-12 receptor extracellular domain complex

全体名称: IL-12 receptor extracellular domain complex
要素
  • 複合体: IL-12 receptor extracellular domain complex
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 receptor subunit beta-2
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 subunit alphaインターロイキン-12
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 receptor subunit beta-1

-
超分子 #1: IL-12 receptor extracellular domain complex

超分子名称: IL-12 receptor extracellular domain complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: IL-12 (IL-12p35,p40), IL-12Rb1 (with affinity enhancing Y109S and Q132L mutations), IL-12Rb2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 153 kDa/nm

-
分子 #1: Interleukin-12 receptor subunit beta-2

分子名称: Interleukin-12 receptor subunit beta-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: IL-12Rb2 (24-317), 6xHis / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: KIDACKRGDV TVKPSHVILL GSTVNITCSL KPRQGCFHYS RRNKLILYKF DRRINFHHGH SLNSQVTGLP LGTTLFVCKL ACINSDEIQI CGAEIFVGVA PEQPQNLSCI QKGEQGTVAC TWERGRDTHL YTEYTLQLSG PKNLTWQKQC KDIYCDYLDF GINLTPESPE ...文字列:
KIDACKRGDV TVKPSHVILL GSTVNITCSL KPRQGCFHYS RRNKLILYKF DRRINFHHGH SLNSQVTGLP LGTTLFVCKL ACINSDEIQI CGAEIFVGVA PEQPQNLSCI QKGEQGTVAC TWERGRDTHL YTEYTLQLSG PKNLTWQKQC KDIYCDYLDF GINLTPESPE SNFTAKVTAV NSLGSSSSLP STFTFLDIVR PLPPWDIRIK FQKASVSRCT LYWRDEGLVL LNRLRYRPSN SRLWNMVNVT KAKGRHDLLD LKPFTEYEFQ ISSKLHLYKG SWSDWSESLR AQTPHHHHHH

-
分子 #2: Interleukin-12 subunit alpha

分子名称: Interleukin-12 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: IL-12a (22-212) / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: RNLPVATPDP GMFPCLHHSQ NLLRAVSNML QKARQTLEFY PCTSEEIDHE DITKDKTSTV EACLPLELTK NESCLNSRET SFITNGSCLA SRKTSFMMAL CLSSIYEDLK MYQVEFKTMN AKLLMDPKRQ IFLDQNMLAV IDELMQALNF NSETVPQKSS LEEPDFYKTK ...文字列:
RNLPVATPDP GMFPCLHHSQ NLLRAVSNML QKARQTLEFY PCTSEEIDHE DITKDKTSTV EACLPLELTK NESCLNSRET SFITNGSCLA SRKTSFMMAL CLSSIYEDLK MYQVEFKTMN AKLLMDPKRQ IFLDQNMLAV IDELMQALNF NSETVPQKSS LEEPDFYKTK IKLCILLHAF RIRAVTIDRV MSYLNAS

-
分子 #3: Interleukin-12 subunit beta

分子名称: Interleukin-12 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: IL-12b (23-328), Biotin Acceptor Peptide, 6xHis / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: IWELKKDVYV VELDWYPDAP GEMVVLTCDT PEEDGITWTL DQSSEVLGSG KTLTIQVKEF GDAGQYTCHK GGEVLSHSLL LLHKKEDGIW STDILKDQKE PKNKTFLRCE AKNYSGRFTC WWLTTISTDL TFSVKSSRGS SDPQGVTCGA ATLSAERVRG DNKEYEYSVE ...文字列:
IWELKKDVYV VELDWYPDAP GEMVVLTCDT PEEDGITWTL DQSSEVLGSG KTLTIQVKEF GDAGQYTCHK GGEVLSHSLL LLHKKEDGIW STDILKDQKE PKNKTFLRCE AKNYSGRFTC WWLTTISTDL TFSVKSSRGS SDPQGVTCGA ATLSAERVRG DNKEYEYSVE CQEDSACPAA EESLPIEVMV DAVHKLKYEN YTSSFFIRDI IKPDPPKNLQ LKPLKNSRQV EVSWEYPDTW STPHSYFSLT FCVQVQGKSK REKKDRVFTD KTSATVICRK NASISVRAQD RYYSSSWSEW ASVPCSGRLH HILDAQKMVW NHRHHHHHH

-
分子 #4: Interleukin-12 receptor subunit beta-1

分子名称: Interleukin-12 receptor subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: IL-12Rb1 Y109S Q132L (25-542), 6xHis / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: RTSECCFQDP PYPDADSGSA SGPRDLRCYR ISSDRYECSW QYEGPTAGVS HFLRCCLSSG RCCYFAAGSA TRLQFSDQAG VSVLSTVTLW VESWARNQTE KSPEVTLLLY NSVKYEPPLG DIKVSKLAGQ LRMEWETPDN QVGAEVQFRH RTPSSPWKLG DCGPQDDDTE ...文字列:
RTSECCFQDP PYPDADSGSA SGPRDLRCYR ISSDRYECSW QYEGPTAGVS HFLRCCLSSG RCCYFAAGSA TRLQFSDQAG VSVLSTVTLW VESWARNQTE KSPEVTLLLY NSVKYEPPLG DIKVSKLAGQ LRMEWETPDN QVGAEVQFRH RTPSSPWKLG DCGPQDDDTE SCLCPLEMNV AQEFQLRRRQ LGSQGSSWSK WSSPVCVPPE NPPQPQVRFS VEQLGQDGRR RLTLKEQPTQ LELPEGCQGL APGTEVTYRL QLHMLSCPCK AKATRTLHLG KMPYLSGAAY NVAVISSNQF GPGLNQTWHI PADTHTEPVA LNISVGTNGT TMYWPARAQS MTYCIEWQPV GQDGGLATCS LTAPQDPDPA GMATYSWSRE SGAMGQEKCY YITIFASAHP EKLTLWSTVL STYHFGGNAS AAGTPHHVSV KNHSLDSVSV DWAPSLLSTC PGVLKEYVVR CRDEDSKQVS EHPVQPTETQ VTLSGLRAGV AYTVQVRADT AWLRGVWSQP QRFSIEVQAA AHHHHHH

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
0.05 %C14H28O6octyl beta glucoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 62.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 120293
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 11646
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る